Planeet A-Eskwadraat

Als rasechte scheikundige kun je niet met een gerust hart de deur uitstappen zonder een periodiek systeem bij je te hebben. Zo heb ik al vrij vlot, nadat ik scheikunde ging studeren, een periodiek systeem voorin mijn map met collegeaantekeningen gestopt. Maar die map heb ik lang niet altijd (meer) bij me. Mijn iPod touch heb ik juist wél altijd bij me, dus een periodiek systeem in de vorm van een iPhone/iPod touch-app leek mij wel handig. (Voor een iPhone ben ik natuurlijk te arm.)

Lange tijd kon ik geen app vinden die aan mijn wensen voldeed, zoals het kunnen weergeven van elektronenconfiguraties en werkzaam zijn zonder internetverbinding. En dat allemaal zo gratis mogelijk. The Elements van Theodore Grey is weliswaar erg mooi, maar alleen beschikbaar voor de iPad en iPhone 4 en niet erg goedkoop.

Recentelijk kwam ik een app tegen van het chemiebedrijf Merck (de Duitse Merck wel te verstaan, niet de Amerikaanse van de bekende Merck Index), die doet wat ik wil en is bovenal helemaal gratis. Het gaat hier om PSE HD, wat natuurlijk staat voor Periodic System of the Elements.

Wanneer je PSE HD opstart, verschijnt er een groot periodiek systeem. Druk je op een element, dan verschijnt er een popupje met meer informatie. Vanuit hier kun je ook doorklikken naar lijstjes met bijvoorbeeld smelt- en kookpunt, dichtheid, oxidatietoestanden, elektronenconfiguratie en atoomstraal. Van veel elementen kun je bovendien een plaatje te zien krijgen en staat er informatie over de ontdekker bij. Merck is een commercieel bedrijf, dus geven ze ook een linkje naar “Products for analytical testing.” Tja, het geld moet ergens vandaan komen natuurlijk.

Als je op het Merck-logo linksboven drukt, verschijnt er een lijst met extra opties. Sommige opties zijn een beetje cryptisch omschreven. Met “Search” kun je alleen op naam zoeken, terwijl het knopje “Classification” je juist laat zoeken op eigenschappen zoals toestand bij kamertemperatuur of classificatie (alkalimetaal, overgangsmetaal, etc). En gek genoeg laat het knopje “State at room temperature” je juist overzichtelijk zien wat de aggregatietoestand van alle elementen is bij een willekeurig te kiezen temperatuur.

Een andere handige feature vind je bij “Property ranking.” Dit geeft je een overzichtelijke tabel met allerlei eigenschappen van de elementen. Je kunt uiteraard sorteren op een willekeurige kolom, dus als je bent vergeten welk element de hoogste dichtheid heeft, dan is dat met deze tabel zo te vinden.

Samengevat, PSE HD is een mooie en handige app. Hoewel hij een paar eigenaardigheden heeft, mogen we voor de prijs (gratis) zeker niet klagen. PSE HD is verkrijgbaar in de App Store en werkt op de iPhone, iPod touch én iPad. En voor iedereen zonder iShizzle is er ook een online versie.

Welkom in het nieuwe (academische) schooljaar. Sinds maandag zie ik steeds meer fresh meat dus het zal wel weer zo laat zijn. Sommige mensen hebben in de zomer lekker doorgewerkt, dus kunnen met frisse moed weer beginnen aan een nieuwe serie Scheikundejongens. Uw portie scheikunde, in hapklare brokken, elke maan-, woens- en vrijdag.

We beginnen rustig, met een quizje waarop ik werd geattendeerd door mijn favoriete wiskundige. De quiz stond NRC Handelsblad (21 augustus 2010) en antwoorden konden ingestuurd worden tot vorige week woensdag. Supersorry.

Ik had ze alle acht in een verdacht korte tijd (maar ik houd ook wel van een goeie woordgrap), dus ik daag jullie uit. Als je op de afbeelding klikt, wordt hij groter. Wil je hieronder antwoord geven en ben je geen klootzak? Zet dan even [spoiler]-tags om je antwoord.

Dank voor de tip Ionica.

De Scheikundejongens houden wel van goeie muziek. De Amsterdamse band Moss heeft een heerlijk (debuut!)album genaamd “Never Be Scared/Don’t Be A Hero”. Een van de leukere dingen aan deze band is dat ze helemaal niet zo Nederlands klinken. Niet dat dat iets slechts is, maar ze zijn zo goed dat ze voor een 3VOOR12AWARD genomineerd zijn.

In deze turbulente periode van zon, vakantie en veel chemisch onderzoek, laten we jullie graag meegenieten onze summer vibes. Een mooie live opname van hun nieuwe single, een nummer dat op ons op’t lijf is geschreven.

www.youtube.com/watch?v=wyn26XTQnZ4

Wat vinden jullie ervan?

De Scheikundejongens hebben hun bachelorgraad gehaald in Utrecht. De Universiteit Utrecht (UU) is de grootste scheikundeopleiding in Nederland en heeft een prima en breed bachelorprogramma. Nu wil het geval dat de SJs ook aan voorlichting doen voor de UU. Op open dagen, voor vwo’ers die een middag op het lab komen en zo nog wat klusjes. Geweldig werk met veel lachen. Bijkomend voordeel van dit werk is dat we nog wel eens wat horen.

Het aantal vooraanmeldingen van dit jaar is historisch laag (43, -42% t.o.v. vorig jaar). Er hebben zich sinds jaren niet zo weinig middelbare scholieren aangemeld voor de opleiding scheikunde. Niet alleen in Utrecht, overal in Nederland gaat het een beetje rot. 2006 was een Utrechts topjaar (90 eerstejaars), maar sindsdien gaat het niet zo lekker meer.

Ik zou nu een lange verhandeling kunnen houden over hoe dat nou komt. Klassieke bètastudies hebben natuurlijk te lijden onder concurrentie van studies met hippere namen (Natuurwetenschap & Innovatiemanagement en Life Sciences and Technology). Natuurlijk hangen de tegenvallende aanmeldingen ook samen met de nieuwe opzet van het VWO. Er zijn ongeveer evenveel scholieren met een N&G-profiel en een N&T-profiel als voorheen, maar tegenwoordig kan niet iedere N&G-scholier zomaar scheikunde studeren. Natuurkunde en wiskunde B zijn geen verplicht onderdeel meer van het N&G-profiel, maar wel noodzakelijk voor een studie scheikunde. In reactie daarop vereist de UU dat een toekomstige student, natuurkunde en wiskunde B in zijn/haar pakket heeft (er wordt vanuit gegaan dat als je scheikunde wil studeren, dat je dat dan ook al volgde op de middelbare school). Hierdoor vallen wellicht een hoop scholieren buiten de boot.

Het doel van scheikunde-opleidingen is zoveel mogelijk mensen die geschikt zijn voor de studie, ervan te overtuigen die studie te gaan volgen. Wat de UU of andere universiteiten in deze tijden van cri[censuur] in gedachten hebben, dat weet ik niet, maar de Vrije Universiteit van Amsterdam vind blijkbaar dit een mooi moment voor zelfreflectie. Hoe maken we het onderwijs beter?

Wat is er zo speciaal aan deze tijd? Precies, wij leven in het digitale tijdperk. En welke leeftijdscategorie komt hier verreweg het meest mee in aanraking? Precies, jongeren. Dus als je ze ergens mee wil lokken, houd je ze iets voor dat ze mooi vinden. Een gratis iPad. Simpel he? Voorwaarde: maak je bachelor scheikunde af.

Nu hoor ik jullie al denken: “Je denkt toch niet dat die scholieren daarin trappen?” of “Zo’n apparaat is toch helemaal niet nuttig voor een studie scheikunde?” Dat eerste is natuurlijk niet waar. Ik hoop dat middelbare scholieren natuurlijk kijken naar het niveau van de opleiding zelf, maar als ik iets geleerd heb van al die jaren voorlichting, is het dat bijkomende zaken als huisvesting, persoonlijke ondersteuning en de (locatie van de) stad verschrikkelijk belangrijk. Het niveau van de verschillende scheikunde-opleidingen in Nederland is niet zo heel verschillend, dus dan gaan dit soort secundaire dingetjes wel snel zwaar meewegen.

Hoe nuttig is een iPad voor een scheikundestudent? Als het beeldscherm een beetje goed tegen ethanol en aceton zou kunnen, zou ik me kunnen voorstellen dat dit een prima vervanging (of in ieder geval aanvulling) is van een labjournaal. Een siliconenhoes beschermt prima tegen de meeste chemicaliën. Een tweede punt zijn de studieboeken. Ik zou willen dat ik mijn boeken digitaal aangeboden kreeg, zodat ik die niet meer mee hoefde te zeulen en altijd kon raadplegen. De iPad is veel lichter dan mijn lichtste studieboek en iBooks (het programma waarmee je boeken en PDF’jes kan lezen) werkt prima. Met iBooks kun je snel door pagina’s heen scrollen, highlights aanbrengen, notities maken (en bewerken) en bladwijzers toevoegen. En dan zijn er ook nog een aantal verschrikkelijk interessante apps.

Dus, lieve mensen van universiteiten, hoe gaan we dit aanpakken? Gaan we studies hippe Engelse namen geven (Molecular Science & Technology), gaan we de studie anders inrichten, komen we met goedkope lokkertjes of gaan we echt eens kijken wat de moderne techniek ons te bieden heeft? De Apple iPad is stiekem niet een heel duur lokkertje (iPad is € 500; voor de crappy laptop die de UU mij 4 jaar geleden aanbood, betaalde ik € 800) maar de mogelijkheden zijn verschrikkelijk gevarieerd. Neem twee of drie programmeurs in dienst die handig zijn met Objective C en laat wat masterstudenten Science Teacher Education eens serieus nadenken over een aantal goeie apps voor de iPad. Programma’s voor de iPod, iPhone en iPad kunnen trouwens prima in elkaar gezet worden met behulp van Apple’s iOS SDK. Enig idee op hoeveel vlakken je hier winst kan halen?

Mijn punt is dat er mogelijkheden genoeg zijn om de studie scheikunde te vernieuwen, maar ik krijg het gevoel dat mensen te lang blijven hangen bij oude ideeën. En probeer door de hele iPad-hype heen te prikken. Ik wil absoluut geen Apple-missionaris zijn, maar ervoor zorgen dat onderwijsmensen bezig blijven met het ontwikkelen van het onderwijs. En volgens mij is scheikunde nou weer typisch iets waarbij creativiteit het belangrijkst is.

Maar goed, totdat mijn ideeën hier een beetje opgepikt worden, kan ik jullie in ieder geval geruststellen: de Scheikundejongens-weblog doet het prima op de iPad.

Kijk hier op de site van de VU voor meer informatie over de iPad-regeling; kijk hier op een blog van de VU over het gebruik van een iPad in het onderwijs; lees hier op het forum van Tweakers.net over de chemische nadelen van een iPad in het scheikunde-onderwijs.

Funambol is a great platform for synchronising files, calendars, and contacts between multiple applications and devices. A few months ago, I configured my very own Funambol server to synchronise my calendar between my mobile phone (HTC Touch Pro2) and my Thunderbird Lightning calendars on multiple locations. I didn’t take much time to get things to work, but after upgrading Thunderbird to verison 3 (apt-get dist-upgrade to Ubuntu Lucid) things stopped working. Apparently, a ‘plug and play’ extension for Thunderbird 3 is not yet available. However, it is possible to build the extension from scratch! After the break you can find out how to build your very own Funambol extension for Thunderbird 3 on your Ubuntu Lucid installation. Obviously you can use the instructions to build the extension on any other platform, but that might require some more skills from your side.

The easiest way to get everything set up is by building both Thunderbird and the Funambol extension from source. Undoubtedly, there exists a way to use the Thunderbird version coming with Ubuntu Lucid together with an extension built from source, but I didn’t get it to work… But there’s a bright side to compiling Thunderbird yourself: you get to use version 3.1.1!

First, we need to make sure the build dependencies for Thunderbird are properly set up:

apt-get build-dep thunderbird
apt-get install mercurial libasound2-dev libcurl4-openssl-dev libnotify-dev libiw-dev autoconf2.13 libtool

Next, we need to find a build location and download the sources from the Mozilla repositories. I chose /tmp/funambol-mozilla as check out location:

mkdir /tmp/funambol-mozilla
cd /tmp/funambol-mozilla
hg clone http://hg.mozilla.org/releases/comm-1.9.2/ comm-central
cd comm-central
python client.py checkout

Note that this will provide you with Gecko version 1.9.2 – that’s the Thunderbird 3.1.x engine, not the bleeding edge (trunk) version. The trunk is broken since July, according to the Mozilla website.

Before we can commence building Thunderbird from source, we need to set up a “.mozconfig” file. Edit the file “/tmp/funambol-mozilla/comm-central/.mozconfig” with your favourite editor and make sure it looks like this:

mk_add_options MOZ_MAKE_FLAGS="-j4"
ac_add_options --enable-application=mail
ac_add_options --enable-extensions=default
ac_add_options --enable-calendar
ac_add_options --enable-static
ac_add_options --disable-debug
ac_add_options --disable-shared
ac_add_options --disable-tests
ac_add_options --disable-installer

Now we can start compiling. Be patient, this is going to take a long, long time:

cd /tmp/funambol-mozilla/comm-central
make -f client.mk

After the build process has completed, there’s two results of which are of major interest:

• There’s a “thunderbird” executable in /tmp/funambol-mozilla/comm-central/mozilla/dist/bin/thunderbird. Try it out!
• IDL files have been converted to C++ header files, which we will need to be able to compile the Funambol plugin

If you want to, you can create a symbolic link to your home brew Thunderbird:

ln -s /tmp/funambol-mozilla/comm-central/mozilla/dist/bin/thunderbird /usr/local/bin

Next time you want to start Thunderbird, just typing “thunderbird” in a console should suffice.

The next step is to download the Funambol Client SDK and the Funambol extension sources:

cd /tmp/funambol-mozilla
svn co https://mozilla-plugin.forge.funambol.org/svn/mozilla-plugin/trunk mozilla-plugin
  (username: 'guest', empty password)
wget http://download.forge.objectweb.org/sync4j/funambol-client-sdk-8.7.0.zip
  (or check https://www.forge.funambol.org/download/ for a more recent version)
unzip funambol-client-sdk-8.7.0.zip

Now, we’ll have to put it all nicely together in a build environment which will enable the build process to find the Mozilla libraries (which we’ve just built) and the Funambol Client SDK:

cd /tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin
ln -s ../Funambol/sdk
ln -s ../comm-central/mozilla/dist

Next step is to prepare the build process for the Funambol client library:

cd /tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/funambol-mozilla-plugin/funambol-api/build/autotools
./autogen.sh

If you are running a 64-bit version of Ubuntu (you can execute “uname -m” to check), execute the following configure command:

./configure --disable-shared --prefix=/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/sdk --with-transport-agent=mozilla --with-mozilla-sdk-path=/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/dist --with-pic

If you are not running the 64-bit version of Ubuntu, execute the following configure command:

./configure --disable-shared --prefix=/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/sdk --with-transport-agent=mozilla --with-mozilla-sdk-path=/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/dist

After having configured the sources of the Funambol client library, initiate the build process:

make
make install

The next step is to build the XPCom component – the Thunderbird extension:

cd /tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/funambol-mozilla-plugin/syncmlcomponent/build/posix
make

Now the extension has been compiled, an XPI (extension) archive with the result of the extension build process needs to be created. If you are using 64-bit Ubuntu, you will need to apply a little hack: open “/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/funambol-mozilla-plugin/extension/install-linux.rdf” using your favourite text editor and look for the line saying:

<em:targetPlatform>Linux_x86-gcc3</em:targetPlatform>

Change it to:

<em:targetPlatform>Linux_x86_64-gcc3</em:targetPlatform>

(if you’re not using the 64-bit version of Ubuntu, you don’t have to change anything)

Now, call the extension build script:

cd /tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/funambol-mozilla-plugin/extension/build
./buildLinux

The XPI extension archive is now waiting in “/tmp/funambol-mozilla/mozilla-plugin/funambol-mozilla-plugin/extension/build” to be installed! You can do so by starting thunderbird (/tmp/funambol-mozilla/comm-central/mozilla/dist/bin/thunderbird) and selecting “Addons” from the “Tools” menu. Happy syncing! Note that it might be a good idea to copy the /tmp/funambol-mozilla directory to somewhere safe, like your home directory.

After reading this post, you might be interested in more details about the Mozilla Thunderbird (and Lightning) build process: https://developer.mozilla.org/en/Simple_Thunderbird_build

Na wekenlang hard werken (zie m’n vorige blogpost) was het op 14, 15 en 16 juni dan eindelijk zover: de examens! In Oxford kent men geen mid-terms of andere tussentijdse toetsen: het examen is het enige wat telt en daar word je op afgerekend. De examens waren dan ook het focal point van het jaar. In Oxford gaan de tentamens dan ook met heel wat tradities gepaard.

Alledrie m’n examens vielen in de ochtend, iedere dag van negen tot twaalf uur. Voor de examens geldt een heuse dresscode: full academic dress, dat wil dus zeggen een zwart pak, zwarte schoenen, zwarte sokken, een wit overhemd, een wit strikje en een mortarboard (zo’n vierkante hoed). Voldoe je niet aan de dresscode, dan kunnen de Proctors (de ‘universiteitspolitie’) je hierop aanspreken en eventueel een sanctie opleggen. Het is hierdoor nogal een carnavaleske bedoening, maar het geeft het geheel wel wat extra sfeer: nu gaat het erom.

Daarnaast is het de traditie om een corsage te dragen tijdens de tentamens. De kleur van deze corsage verandert in de loop van de tentamens: in het begin maagdelijk wit, daarna roze en tenslotte, als je door alle tentamens zo toegetakeld en bebloed bent, rood. Deze corsage koop je niet zelf, maar wordt door iemand anders voor jou gekocht om je succes te wensen. In mijn geval hadden de tweedejaars economiestudenten van Balliol College deze corsage gekocht.

M’n outfit, inclusief de bloemen voor de corsage.

De examens vinden plaats in een apart gebouw aan de High Street, de Examination Schools. Vanwege de drukte rond het einde van het jaar (vele examens vinden dan hier plaats), moet je eerst buiten wachten in een grote partytent (de marquee), alwaar de zaal van je tentamen omgeroepen wordt. Vervolgens loop je in colonne naar de examens toe, welke plaatsvinden in grote examenzalen. Meerdere examens vinden er tegelijkertijd plaats; zo zat ik in een zaal waar ook een tentamen Orientaalse Talen plaatsvond, alsmede nog wat scheikundevakken. De tafelschikking is vast, je kunt dus niet zomaar overal gaan zitten. Een flesje water of andere versnapering mag je ook niet meenemen; alleen een doorzichtige etui en je mortarboard (die je overigens niet op mag doen, maar wel bij je moet dragen).

Examens worden in Oxford anoniem beoordeeld, door een examencommissie die zelfstandig de vragen voor de tentamens selecteert. De docenten van de vakken dragen vragen aan voor het tentamen, maar het tentamen zelf wordt door deze commissie samengesteld en docenten weten dus niet van tevoren welke vragen aan bod komen. Je naam op je tentamen schrijven mag niet, je mag alleen je kandidaatsnummer opschrijven. In beroep gaan tegen een uitslag, of je tentamen inzien kan of mag niet, dus de beoordeling kan soms een beetje een ‘black box’ zijn. Aan de andere kant wordt wel ieder tentamen door twee personen bekeken.

Het cijfersysteem werkt in Oxford anders dan in Nederland. Alles boven de 50 is een voldoende. Over het algemeen is een score van 65 de mediaan (dus 50% heeft lager of gelijk aan 65, 50% heeft hoger of gelijk aan 65); en alles boven de 70 is ‘very good’ of ‘excellent’ en alles boven de 80 is ‘exceptional’, maar scores boven de 80 worden zelden tot nooit gegeven. Het schijnt zelfs praktisch onmogelijk te zijn een score hoger dan 85 te halen, aangezien dit over het algemeen als maximum score wordt gehanteerd. Om door te kunnen stromen naar een promotietraject moet je een score van boven de 65 halen voor de meeste examens.

Nog even een laatste blik op m’n aantekeningen voor het begin van de tentamens.

Op de examens zelf hoef je niet alle vragen te beantwoorden: van de acht vragen moet je er drie beantwoorden. Er zijn twee typen vragen: essayvragen, waar je een vraag hebt van bijvoorbeeld een alinea, en waar je een essay van rond de vier tot zes kantjes moet schrijven, en reken- en uitwerkvragen, waar je bepaalde (wiskundige) relaties moet kunnen aantonen en hierop commentaar geven. Je moet minstens één essayvraag beantwoorden en minstens één rekenvraag. Slim is het natuurlijk om bij de voorbereiding alvast een keuze te maken in welke onderwerpen je wel herhaalt en welke niet; zo kun je meer gefocust studeren en hoef je niet alles van het hele jaar te herhalen. In totaal heb ik zelf rond de zestig procent van ieder vak bestudeerd voor ieder examen.

Ontlading

De periode voor de tentamens is aan de ene kant best boeiend, omdat je in deze periode veel herhaalt en daardoor de stof beter leert begrijpen, maar aan de andere kant ook behoorlijk vermoeiend en soms stressvol: er is veel te herhalen (veel te veel om fatsoenlijk in de tijd te kunnen doen) en, omdat de tentamens maar één keer per jaar zijn, hangt er veel van af. De ontlading na het einde van de tentamens was dan ook groot: we zijn meteen de pub ingedoken (wederom de Turf Tavern) waar we het grootste deel van de dag hebben gezeten en later op de avond zijn we nog naar een andere pub gegaan. Het is een heerlijk gevoel om eventjes niets meer te moeten en te hoeven, en van Oxford te genieten zonder de examendruk.

Na je laatste tentamen is het de traditie om ‘getrasht’ te worden; vrienden wachten je op en bestoken je met slingers en confetti, maar soms ook met meel, water en champagne: het is traditie om goed ‘vies’ te worden na het tentamen. Zelf heb ik het maar even redelijk schoon gehouden!

De dagen na de examens hebben we dan ook maar aangegrepen om even goed te genieten. Zo zijn we nog wezen ‘punten’ bij Magdalen College (punten is een soort gondelen, waarbij je je boot met een stok afzet tegen de bodem). Klapper was hierbij nog een reis naar Sicilië: drie dagen na de tentamens vertrok ik met een groepje medestudenten richting Sicilië om daar nog een weekje bij te komen. We verbleven hierbij twee nachten in Cefalu, een prachtig plaatsje aan zee in Noord-Sicilië, vervolgens in Trapani (in het westen), toen nog twee nachten in Agrigento (in het zuiden, nabij Griekse tempels) en tenslotte nog een laastste nachtje in Trapani. Zoals altijd in Italië was het eten fantastisch: de Siciliaanse keuken is erg goed en toch weer erg anders dan de rest van Italië, zo wordt er veel aubergine gebruikt en natuurlijk zijn er ook vele visgerechten (hoewel ik niet echt een visliefhebber ben).

In ieder geval hebben we toen nog even lekker van het zonnetje, de zee en het strand kunnen genieten, wat toch wel erg fijn was na de tentamens. Het Siciliaanse verkeer was soms wel wat stressvol (we hadden zelf een autootje gehuurd en ik was een van de chauffeurs), maar toch ook wel avontuurlijk.

Het uitzicht vanaf het dakterras in Cefalu.

Uitzicht vanaf een rots vlakbij Cefalu.

Scala dei Turchi; een door de wind uitgeslepen rotsformatie, aan de zuidkust.

Griekse tempel in de Valley of Temples, nabij Agrigento

Erice, een plaats bovenop een berg, vlakbij Trapani.

In de laatste week van juni kwam Femke ook nog langs voor een weekje en hebben we nog even de toerist in Oxford en omgeving uitgehangen. We zijn nog een dagje naar Stratford-upon-Avon, de geboorteplaats van Shakespeare, geweest (toch wel een beetje een tourist trap: het is een schattig plaatsje, maar wel erg toeristisch) en nog een dagje naar Londen alvorens met de Eurostar weer naar Nederland te reizen, net op tijd voor alle Oranjegekte hier.

Stratford-upon-Avon, de geboorteplaats van William Shakespeare.

De tentamens heb ik overigens allemaal vrij ruim gehaald en ik mag zeker niet klagen over m’n resultaten; het eerste jaar is dus in ieder geval afgerond!

Inmiddels zit weer een weekje hier in Nederland, weer op m’n vertrouwde kamer in de Kerkstraat. In ieder geval blijf ik in Nederland tot eind september (ik ga nog stage lopen in augustus en september), begin oktober vertrek ik dan weer naar Oxford. Maar vooralsnog vind ik het wel lekker om weer even ‘thuis’ te zijn…

Home sweet home… (de oplettende lezer ziet dat deze foto niet in de zomer gemaakt is… )

Ik ga op vakantie en neem mee:

• Agalloch - Ashes Against the Grain
• Aimee Mann - Lost In Space
• Anathema - Alternative 4
• Arch Enemy - Burning Japan
• Blackfield_-_Blackfield
• Camel - Coming of Age
• Dream Theater - Black Clouds And Silver Linings
• Evanescence - Fallen
• Gazpacho - Tick Tock
• Green Day - American Idiot
• Heather Nova - Redbird
• Isis - Wavering Radiant
• Karnivool - Sound Awake
• Karnivool - Themata
• Kashmir - The Good Life
• Mostly Autumn- Glass Shadows
• Muse - Black Holes And Revelations
• Orgy - Vapor Transmission
• Redemption - Snowfall on Judgement Day
• Red Sparowes - The Fear Is Excruciating, But Therein Lies the Answer
• Riverside - Anno Domini
• Sophie Ellis Bextor - Trip The Light Fantastic
• Sylvan - Posthumous Silence
• The Mars Volta - The Bedlam in Goliath
• Third Eye Blind - Out Of The Vein
• This Town Needs Guns - This Town Needs Guns
• Threshold - Critical Mass
• Trivium - Ascendancy
• We Are Scientists - Barbara
• Zero 7 - The Garden

In other words, I'm off for two weeks of camping. The final destination of our annual cycling tour is either Slovenia or Croatia, in 10 stages of about 130 km each.

Ook dit jaar houden de Scheikundejongens een zomerstop. Dat betekent dat we tot woensdag 1 september geen enkele garanties meer geven op uw wekelijkse hoeveelheid ontspannen chemie. We wensen jullie allemaal een zalige zomer toe met veel standaardomstandigheden (25 ºC, 1 atm) en een niet al te hoge partiële waterdampdruk. Lijkt mij lekker.

Maar jullie hoeven ons niet helemaal te missen in de zomer. We hebben een opdracht voor jullie. Wie maakt de leukste promo-poster voor de SJs? Ga los met Photoshop, Illustrator, InDesign, Paint, Skitch of wat je maar wilt. Gebruik, als je wil, de posters die al op de Promo-pagina staan. Resultaten van jullie creativiteit kunnen jullie insturen met het contactformulier. Enige eis is dat jullie resultaat niet groter is dan 5 MB.

Natuurlijk hebben we misschien wel een leuke prijs. Een blokje cadmium ofzo. Of wat koningswater. Bij wijze van goedbedoelde aanmoediging zal ik jullie mijn aller eerste Photoshop ervaring delen. Enjoy.

Today Chris Eidhof, Sebastiaan Visser and I got our master’s diplomas, all on Haskell-related generic programming subjects. The diploma speeches, given by Andres Löh, Johan Jeuring, and José Pedro Magalhães, were very flattering. The picture above, taken by my sister Tamar, shows yours truly signing his diploma.

Next week I start working full-time at Q42 in The Hague. I hope to move a bit closer to work somewhere in the next few months. Right now I spend over 3 hours travelling each day to get to and from work; that has to change.

Dat drank en scheikunde goed samengaan, wist de grondlegger van het Periodiek Systeem der Elementen, Dmitri Mendeleev, ons al te vertellen — alhoewel alcohol drinken op het lab natuurlijk uit den boze is. Toch is drank op het lab wel nuttig, want je blijkt er de meest prachtige plaatjes mee te kunnen maken. En daar hebben de onderzoekers achter BevShots hun werk van gemaakt. Hieronder zie je een voorbeeld van een van hun kunstwerken.

Hoe komt BevShots tot deze prachtige, bijna psychedelische plaatjes? Door veel te experimenteren met drank, natuurlijk. Om te beginnen nemen ze een voorwerpglaasje met daarop een beetje van hun favoriete drankje — bij het plaatje hierboven is dat stout. Dat laten ze vervolgens rustig drogen, oftewel het water en de ethanol verdampen. Hierbij ontstaan kristalletjes van verscheidene stoffen in de drank. Ik gok dat hierbij vooral koolhydraten belangrijk zijn.

Het voorwerpglaasje met het opgedroogde drankje wordt vervolgens bekeken — waarschijnlijk onder een polarisatiemicroscoop — maar hier blijkt BevShots niet al te veel over kwijt te willen. Dat is natuurlijk het geheim van de smid. Het geheim van polarisatiemicroscopie is dat, wanneer een materiaal in verschillende richtingen een verschillende brekingsindex heeft (dubbelbreking), het oplicht. Vaak ontstaan hierbij als gevolg van interferentie, ook nog allerlei kleuren. Als je een zonnebril hebt met polariserende glazen, heb je vast wel eens bij spiegelende autoruiten de kleuren van de regenboog gezien. Dit is hetzelfde effect. Materialen met een gelijke brekingsindex in alle richtingen lichten niet op onder een polarisatiemicroscoop. Polarisatiemicroscopie wordt overigens veel gebruikt voor het bestuderen van mineralen en vloeibare kristallen.

Hieronder zie je nog een aantal van de kunstwerken van BevShots. Klik voor een grotere afbeelding.

De kunstwerken van BevShots zijn te bestellen op hun site in allerlei formaten. Het is dat ik nog lang niet jarig ben, want anders had ik het wel geweten. Voor op je lijstje dus. Proost!

And one more update due to a paper I wrote for the Models of Computation course. I'd like to attend you all to a very beautiful model of computation called interaction nets. One application this model is used for is to optimally implement lambda calculus in a certain theoretical sense.

The paper I wrote connects the Post correspondence problem (PCP) to interaction nets, by reducing PCP in a number of steps to an interaction net and giving some suggestions for the other way around. (Thereby proving interaction nets at least Turing complete, and leaving the suggestion for Turing equivalence.)

The reverse proof is much more involved, needing multiple reduction steps, possibly through the chemical abstract machine I referenced.

I hope some of you will be inspired by interaction nets.


You can find the paper here.

A pair of slides this time. Again for Models of Computation I held a presentation, this time about the Church-Turing Thesis and some interesting variants of it. As a computer scientist one should really know the general ideas surrounding it.

And finally slides for a Philosophy of AI course about Gödel's Incompleteness Theorems (mostly the first theorem). In the slides I tackle some possible misconceptions when interpreting the theorem and try to convince you that Gödel's Incompleteness Theorems, although very interesting, are not very usable in a philosophical argument, but can be used as a starting point for devising new philosophical theories.


I hope you'll find it interesting and comments are always welcome.

The slides for the Church-Turing Thesis can be downloaded here.
The slides for Gödel's Incompleteness Theorems can be downloaded here.

Slides Church-Turing Thesis (MoC)


Slides Gödels Incompleteness Theorems


The slides for the Church-Turing Thesis can be downloaded here.
The slides for Gödel's Incompleteness Theorems can be downloaded here.

Wereldverbeteraars verenigt u, want ook dit jaar houdt Imagine een wedstrijd voor middelbare scholieren. Vorig jaar schreven we er ook iets over. Die wedstrijd werd toen gewonnen door de Biozak. Een idee om in Guatemala houtkap te reduceren en de levensomstandigheden te verbeteren, door met een vergister gas uit afval te winnen. Met biochemie redt je de wereld.

Dit jaar is er weer een wedstrijd. Zit je op de middelbare school, doe je een NG of NT profiel en begin je vanaf september aan je profielwerkstuk? Imagine heeft een aantal projectvoorstellen waaraan je mee kan doen in groepjes van 2–5 scholieren. Die projecten hebben stuk voor stuk te maken met hoe je Life Science & Technology gebruikt om de bevolking van een ontwikkelingsland te helpen. Zo kun je denken aan brandstof maken voor auto’s met behulp van algen, of nieuwe geneesmiddelen halen uit planten. Je kunt overigens ook deelnemen zonder dat je het businessplan op school als profielwerkstuk inlevert.

Om de benodigde informatie te verzamelen, ga je met een wetenschapper het lab in om proefjes te doen. In de loop van februari moet je profielwerkstuk af zijn. Een jury selecteert op basis van de profielwerkstukken de finalisten. Tijdens de finale presenteer je je plan aan een expertjury, begeleid door een promotiefilmpje. Het groepje met de beste presentatie en het beste verslag wint Imagine en mag op bezoek in het land waar hun project wordt uitgevoerd.

Als scholier vind je hier meer informatie; als docent hier.

Maar wacht, er is meer. Ben je vakspecialist en lijkt dit je leuk? Stichting Imagine Life Sciences zoekt ook nog wetenschappers die hen kunnen steunen en enthousiasme voor hun vak willen uitdragen door middel van het indienen van een projectvoorstel. Als wetenschapper houd je o.a. een practicum voor de leerlingen, waarin ze kennis maken met de in het projectplan voorgestelde technologie. Meer informatie lees je hier.

For about 6 months now I've been working for Canonical on the Soyuz component of Launchpad. Like most other engineers at Canonical I don't work at the office but from a desk at home, as our nearest office is in London, not really a distance that is feasible for a commute. I do work at regular hours during work days and stay in touch with my colleagues using IRC and voice over IP.

I did have some experience working on contracts and study assignments from home previously, but working a fulltime regular job has turned out to be a bigger challenge. It seems easy enough. No travel time, every day is casual Friday, being able to listen to obscure death metal all day without driving coworkers crazy. Awesome, right?

Well, not entirely. I can't say I wasn't warned beforehand (I was) but I still ran head-first into some of the common mistakes.

I can work well by myself and I appreciate the occasional solitude, but it does get kinda lonely when you're physically sitting by yourself for 8 hours a day, five days a week.

Fortunately we regularly have sprints at different locations around the world and, apart from appealing to the travel junkie in me, that brings some essential face time with coworkers. Electronic communication mechanisms such as mailing lists, IRC, Skype and, more recently, mumble also help make the rest of the company feel closer, but it's still very different from being able to talk to people at the water cooler (the point of which, btw, still escapes me. What's wrong with proper cold tap water?).

What also seems to help is going into the city and meeting up with others for lunch, or even just to get groceries.

One of the nice things about working at home is that you're quite flexible in planning your days; it's possible to interrupt work to run an errand if necessary. The downside of it is that it is also really easy to get distracted, and there's something I do very well: procrastinating. I initially ended up getting distracted quite often and then would end up working into the evening to make up for that lost time. The result being that, while only spending 8 hours doing actual work, it felt like having been at work for 12 hours in the end and having lost all spare time. Or as a friend summarized it accurately: working at home is all about boundaries.

This is at least partially related to the fact that I am a compulsive multi-tasker; I always do several things at once and context-switch every minute or so (prompted by e.g. having to wait for code to compile), including checking email and responding to conversations on IRC and Google Talk. This, among other things, has the effect that I respond quite slowly in IRC/IM conversations; if you've ever chatted with me you've probably noticed it. Multi-tasking has always worked well for me - despite research suggesting otherwise - because software development always involves a lot of waiting (for vcses, compilers, testsuites, ...).

Recently I've tried to eliminate some of the other distractions by signing out off Skype, Empathy (Google Talk, MSN, etc) and Google reader completely and only checking email a couple of times per day.

What has perhaps surprised me most of all was how essential the satisfaction of getting something done is. After spending about a day staring at Python code it's important for your mood to have accomplished *something*. This appears to be a vicious circle, as lack of progress kills the fun of work, which kills motivation, which causes a lack of progress.

I am hard core, so during my first months I used my lunch breaks and evenings to hack on other free software projects, triaging bug reports that had come in or reviewing patches. Despite the fact that this is indeed technically a break from Launchpad, it didn't (surprise!) seem to work as well as stepping away from the computer completely. Also, it turns out that spending 14 hours a day programming doesn't make you all that much more productive than working a couple of hours less.

What I've discovered recently is that getting at least one branch done by the end of each day, even if it's just by fixing a trivial bug, helps tremendously in giving me some sense of accomplishment. Julian also wrote a blog post with some useful hints on feeling productive a while ago.

What is your experience working from home? Any good tips?

cp: Sieges Even - Unbreakable

Ik ben er van overtuigd dat alle soorten wetenschap begrijpelijk uitgelegd kunnen worden. Natuurlijk kan dit ten koste gaan van details omdat die de uitleg alleen maar moeilijker maken. De Scheikundejongens proberen begrijpelijk én netjes te blijven.

Hier een korte en krachtige uitleg over hoe de International Thermonuclear Experimental Reactor (ITER) werkt. Kosten noch inspiratie zijn gespaard gebleven om de lezer een inzicht te geven waar hij de rest van de met zon overgoten dag nog lang over kan napraten. Met geveinsde trots presenteren wij u: Een Wetenschapsmachine.

Afbeelding van The Onion, via Chemistry Blog

Update: oeps, waar ik ‘LHC’ schreef, bedoelde ik natuurlijk ‘ITER’. Aangepast. Dank voor de tip, Niek.

Every now and then datatype fixpoints come up, especially in the context of generic programming:

newtype Fix f = In { out :: f (Fix f) }

Most explanations of this datatype I have read or heard start with this definition and then proceed to explain it, using various examples. In today’s post I will also introduce you to this datatype, but I want to take a different approach: I will show you a problem to which the Fix datatype is the natural solution, deriving its definition along the way.

The Haskell code in this post does not use very advanced features: there are no type functions or even type classes, only datatypes and parameters. If you are familiar with datatypes, type parameters and their syntax, it should not be hard to follow. If you have any questions, feel free to post them!

The problem

Let’s take our trusty old friend the arithmetic expression datatype:

data BareExpr
  = Num Int
  | Add BareExpr BareExpr
  | Sub BareExpr BareExpr
  | Mul BareExpr BareExpr
  | Div BareExpr BareExpr

I’ve called it BareExpr here for a reason: we are going to change it in such a way that we can also store position information in it, resulting in type PosExpr, so that when a PosExpr is produced by a parser, we can trace back where in the original source code the tree nodes were. This is useful in various applications. For example, compilers that output error messages generally provide position information about where the error occurred exactly. It is also useful in tools that need to understand text selections in the source code, such as editors that feature refactoring.

Adding position information to a single datatype is not very difficult. After we have done so for BareExpr, we will look at the real problem: how to do this for any datatype.

Expressions with positions

There are several ways to add position information to a datatype. In our case we will couple every occurrence of BareExpr with a location. Let’s call the type of locations SrcSpan and the annotated version of the expression datatype PosExpr:

type PosExpr = (SrcSpan, PosExpr’)
data PosExpr'
  = Num Intr’
  | Add PosExpr PosExpr
  | Sub PosExpr PosExpr
  | Mul PosExpr PosExpr
  | Div PosExpr PosExpr

In a series of steps, we will reach our final solution.

Step 1: Capture the similarities between BareExpr and PosExpr

BareExpr and PosExpr' are very similar: they both contain five constructors, and each constructor has the same number of fields. Can we capture this structure somehow? Yes, we can: the two types only differ in the types of their recursive positions, and in a very regular way. We can do here what we would do in any similar case: make the parts that differ arguments, and then express the original entities in terms of this new, general entity by providing specific arguments.

Haskell allows us to do that with datatypes: simply introduce a new type argument r. We call the resulting type ExprF:

data ExprF r
  = Num Int
  | Add r r
  | Sub r r
  | Mul r r
  | Div r r

The F in ExprF stands for functor, and such a datatype is usually called a base functor. Base functors determine the shape of the top level of a tree, but the shape of their children is determined by the type argument.

Step 2: Express BareExpr in terms of ExprF

Now we need to recover BareExpr and PosExpr by expressing them in terms of ExprF. For BareExpr, we want the child positions of ExprF also to be bare expressions. This leads to an infinite type:

BareExpr ~ ExprF (ExprF (ExprF ...))

This says that to get bare expressions back, we want to take ExprF and have its children be ExprFs again, and those children’s children to be ExprFs again, and so on. In Haskell we can encode infinite types by introducing new datatypes (we reuse the name BareExpr here):

newtype BareExpr = BareExpr { runBareExpr :: ExprF BareExpr }

If you repeatedly expand this definition, you will see that it results in the infinite type above.

Step 3: Express PosExpr in terms of ExprF

For PosExpr we can think of a similar infinite type:

PosExpr ~ (SrcSpan, ExprF (SrcSpan, ExprF ...))

Again, we write this down using a new datatype:

newtype PosExpr = PosExpr  { runPosExpr  :: (SrcSpan, ExprF PosExpr) }

Step 4: Generalize BareExpr

Currently BareExpr works only for the ExprF shape. Let’s create such a ‘bare’ version for any shape instead of just ExprFs. We can do this by making the base functor an argument:

newtype BareExpr f = BareExpr { runBareExpr :: f (BareExpr f) }

On the right-hand side, we have replaced ExprF by the argument f. In step 2 we supplied the type we were defining as argument to ExprF; in this new version we do the same to f, but since this new version has a type argument, we need to supply this argument in the recursive position as well.

But… this datatype is no longer specific for arithmetic expressions, so the name BareExpr is not very appropriate. In fact, the type we have just defined is the famous Fix disguised under a different name!

newtype Fix f = In { out :: f (Fix f) }

So now you know what Fix does: it takes a base functor, such as ExprF, and recursively applies it to itself, creating a tree that is of the same shape at every level.

Our new definition of BareExpr doesn’t need to introduce any new datatypes but can now be a simple type synonym:

type BareExpr = Fix ExprF

Step 5: Generalize PosExpr

For PosExpr we can make two generalizations. The first is to not just store source locations, but allow any type of annotation:

newtype AnnExpr x = AnnExpr { runAnnExpr :: (x, ExprF (AnnExpr x)) }

The second is similar to the one we made to BareExpr: have it work for any base functor instead of just ExprFs:

newtype AnnFix x f = AnnFix { runAnnFix	:: (x, f (AnnFix x f)) }

To recover PosExpr, we give AnnFix the two appropriate type arguments:

type PosExpr = AnnFix SrcSpan ExprF

Step 6: Express AnnFix in terms of Fix

The Fix type captured the idea of take a functor and applying it to itself recursively. AnnFix does something similar. Can we perhaps express AnnFix in terms of Fix to make this explicit?

It turns out we can, if we introduce a helper datatype Ann:

data Ann x f a = Ann x (f a)
type AnnFix x f	= Fix (Ann x f)

Ann couples an annotation x with a functor value. It’s kind of a tuple type, lifted to a higher order on the right side.

Summing up

We have seen many (intermediate) definitions of datatypes, but in the end only two of them matter:

newtype Fix f     = In { out :: f (Fix f) }
data    Ann x f a = Ann x (f a)

And of course, we have our expression example expressed in terms of these two building blocks:

type BareExpr = Fix ExprF
type PosExpr  = Fix (Ann SrcSpan ExprF)

With just these two building blocks, we can express generically annotated trees and unannotated trees. What is the point of generalizing this far? Well, by making these types not specific to a particular tree shape (such as ExprF), you can build all sorts of tools that work on many kinds of trees. In my Masters thesis I explore this concept further, developing parser combinators that automatically insert the position information for you at the appropriate places, catamorphisms that automatically couple errors with position information, conversions between text selections and tree selections and a couple of other things.

Read more

If you’re interested in datatype fixpoints and would like to know more, here is a collection of interesting tutorials, applications and papers:

• Mark Dominus explains data Mu f = In (f (Mu f))
• Indirect composite on the Haskell wiki
• A more formal description by Edward Kmett
• The classic 1990 Recursive types for free! by Philip Wadler
• Another classic: the 1991 Functional Programming with Bananas, Lenses, Envelopes and Barbed Wire by Erik Meijer, Maarten Fokkinga and Ross Paterson

Afgelopen donderdag zag ik op televisie een aflevering van Nova over een experimenteel vaccin tegen nicotine. Het geneesmiddel, dat NicVAX heet, heeft als doel om te voorkomen dat nicotine in de hersenen komt en daar de gebruikelijke kick geeft. Het idee is dat, als nicotine geen kick meer geeft, het voor een roker vanzelf niet meer interessant wordt om door te roken.

Ik verbaasde mij een beetje: een vaccin tegen nicotine? Wat moet dat betekenen? Is die naam pure marketing, of zit hier echt iets achter?

Het blijkt dat het vaccin het immuunsysteem poogt aan te zetten tot het maken van antilichamen tegen nicotine. Normaal gebeurt dit niet, omdat nicotine daarvoor een te klein molecuul is. Door nu een sterk op nicotine lijkend molecuul aan een stukje eiwit te zetten, gaat het immuunsysteem wél antilichamen maken. Deze antilichamen binden niet alleen aan het vaccin, maar blijkbaar ook aan gewoon nicotine.

Het gevormde complex van antilichaam en nicotine is te groot om de bloed-hersenbarrière te passeren. Het nicotine komt dus niet in de hersenen en de roker krijgt geen kick. Waar de nicotine vandaan komt, maakt dus ook niet uit: sigaretten, nicotinekauwgom of nicotinepleisters zijn allemaal even zinloos.

Interessant aan deze aanpak is dat, wanneer een persoon eenmaal gevaccineerd is, hij of zij geen medicatie meer hoeft te nemen, maar toch ‘beschermd’ blijft: het immuunsysteem produceert in feite het medicijn. De kans dat iemand terugvalt omdat hij of zij geen medicatie meer neemt, lijkt kleiner. Aan de andere kant wordt vaak gezegd dat het probleem van stoppen met roken voornamelijk het veranderen van je gewoontes is, en daar helpt dit vaccin natuurlijk niet bij.

Het vaccin is, zoals eerder gezegd, nog experimenteel, maar wordt al wel getest op mensen. Hou je van experimenteren? Het Maastricht Universitair Medisch Centrum en het Slotervaart ziekenhuis in Amsterdam zoeken nog proefpersonen.

Bekijk de aflevering op hieronder of ga naar Uitzendingemist.nl. Het item over NicVAX begint op 27:00.

Bekijk de video in andere formaten.

Ruim een jaar geleden schreef ik mijn derde bericht op de Scheikundejongens over het toneelstuk Kopenhagen. Een goeie vriend nodigde me uit om daarheen te gaan met de woorden: “De toegangsprijs staat vast, de inhoud is daarmee volledig ongedefinieerd. Zin om mee te gaan?”. Vijftien maanden later (een paar dagen geleden) kreeg ik een mailtje van het Nationaal Toneel:

Beste Scheikundejongens (& meisjes!),

Van 31 aug t/m 18 sept 2010 spelen wij de succesvolle voorstelling Kopenhagen nogmaals. Deze is dan exclusief te zien in de Koninklijke Schouwburg in Den Haag. Op jullie website is al eerder een zeer positieve recensie verschenen. Kunnen jullie de herneming van Kopenhagen onder de aandacht brengen?

Jongeren onder de 26 kunnen voor 11 euro naar de voorstelling!

Ik hoor heel graag wat de mogelijkheden zijn.

Groet,
Dieke

het Nationale Toneel

Zeker een aanrader. Ik herinner me nog dat het goed bezocht werd en dat ik enorm heb gelachen om de verborgen grappen. Wat ik me ook goed kon herinneren, is dat alle cultuurjuppen die om me heen zaten niet begrepen waar ik zo hard om lachte.

www.youtube.com/watch?v=R1m_5tBO_uA

Ik zag Kopenhagen in een “intieme” zaal van de Utrechtse Stadsschouwburg, maar deze keer speelt het stuk alleen in de Koninklijke Schouwburg in Den Haag. De voorstelling wordt gespeeld vanaf 31 augustus tot 18 september 2010, dus als de zomervakantie net voorbij is. Kaarten bestellen kan hier. Ik wil er zeker nog eens naartoe, dus ik nodig iedereen van harte uit om mee te gaan. Wanneer gaan we?

NB. Een uitgebreide beschrijving van de inhoud van het toneelstuk lees je hier.

De afgelopen twee dagen moeten voor veel eindexamenleerlingen heel spannend zijn geweest: de eindexamenuitslagen werden bekendgemaakt. Woensdag hoorden de vmbo’ers of zij geslaagd waren en gister was het de beurt aan de leerlingen van het havo en vwo. Bij dezen willen de Scheikundejongens alle geslaagden van harte feliciteren!

Laten we even terugblikken op het eindexamen scheikunde. Ik schreef al dat ik het een examen van hoog niveau vond dat bovendien vrij lang was. De scholieren vonden dit blijkbaar ook en hebben maar liefst 5451 klachten ingediend. Ook de zogeheten N-term (zie ook wikipedia) laat dit te zien. De N-term is een normeringsfactor tussen de 0 en 2 die gebruikt wordt bij het berekenen van de cijfers. Een hogere N-term betekent dat je voor hetzelfde aantal punten een hoger cijfer krijgt. Voor scheikunde bedroeg de N-term dit jaar 1,6, een stuk hoger dan de afgelopen jaren (in 2006–2009 voor scheikunde-1,2 gemiddeld 0,9). Een moeilijk examen dus.

Er zijn echter nog méér mensen die een felicitatie verdienen. Van 3 tot en met 10 juni vond namelijk de 31^e Nationale Scheikundeolympiade plaats. De twintig beste scholieren uit de voorrondes streden om deelname aan de Internationale Scheikundeolympiade en natuurlijk om de eerste plaats.

De beste vier scholieren mogen Nederland gaan vertegenwoordigen bij de Internationale Scheikundeolympiade, die dit jaar in Tokyo (Japan) plaatsvindt van 19 t/m 28 juli. De eerste vier plaatsen zijn voor:

1. Alex Blokhuis (Pleincollege van Maerlant, Eindhoven)
2. Istvan Kleijn (Emelwerda College, Emmeloord)
3. Anatoliy Babic (Stedelijk Lyceum Zuid, Enschede)
4. Manuel van Rijn (RSG Tromp Meesters, Steenwijk)

Allemaal van harte gefeliciteerd en veel plezier in Tokyo! Kun je niet genoeg krijgen van al die moeilijke vragen? Bekijk dan de opgaven van de voorronde van de Scheikundeolympiade.

P.S. Ionica, ook van harte gefeliciteerd, dubbel!

Het is alweer een tijdje geleden sinds ik een fatsoenlijk filmpje zag dat goed uitlegde wat nanotechnologie is. Deze is met Stephen Fry. Super dik! Goed voor docenten en leuk voor iedereen.

Mijn ochtendoverpijnzing: waarom zijn er zoveel filmpjes die panisch proberen uit te leggen wat nanotechnologie is, maar zo weinig die andere wetenschappen proberen uit te leggen? Organische chemie bijvoorbeeld? Of wat fysische chemie? Kwantummechanica-filmpjes ken ik wel, maar dan weer niks over kwantumchemie. Waarom is dit zo uit balans?

Misschien heb je wel eens gehoord van Chemie is Overal. Dit is een imagotraject dat wil laten zien wat chemie is, wat je ermee kunt en waarom het belangrijk is. Ze willen de chemie promoten door toegankelijkheid. Chemie is Overal is een initiatief van Regiogroep Chemie.

Het leukste onderdeel van Chemie is Overal — en waar we al eens eerder over schreven — is het spel Mijn Chemie. Door het beantwoorden van vragen, kun je atomen verzamelen, waartegen je producten kan fabriceren. Die producten zijn punten waard en daarmee kun je het spel winnen.

Naast het spel, besteedt Chemie is Overal ook aandacht aan onderwijs, onderzoek en carrière. Er wordt goed, kort en duidelijk uitgelegd waar chemie om draait, waarin onderzoek gedaan wordt en wat voor carrièremogelijkheden je dus hebt als chemicus. Drie voorbeelden waar kort over wordt gesproken zijn de analist, de veiligheidsadviseur en de assistent-plantmanager. Natuurlijk moet ik opmerken dat dit de chemie te kort doet, omdat er nog veel meer mogelijkheden zijn voor een professioneel chemicus.

Sinds februari heeft de Chemie is Overal-website een nieuw onderdeel dat vorige week werd aangekondigd: een weblog. De mannen achter de weblog brengen “grappige, inspirerende en leerzame actualiteiten die duidelijk maken dat chemie overal is.” De blog geeft hapklare brokjes chemie die laten zien wat chemie is. Of zoals ik iemand al positief hoorde opmerken: “Kennislink op fastfoodniveau.” Dit kunnen leuke opmerkelijkheden zijn, interessante features, maar ook Periodic Video’s en de Scheikundejongens worden geregeld aangehaald.

Sportief als we zijn, willen we — als medebewoners van de blogosphere — de mannen achter de Chemie is Overal weblog heel veel succes en plezier wensen.

In het Universiteitsmuseum van de Universiteit Utrecht is tot en met 8 mei 2011 de tentoonstelling Master the Universe te zien. In deze tentoonstelling ga je mee op expeditie met Nobelprijswinnaar prof. Gerard ’t Hooft naar de wereld van het extreme. Je ontdekt fenomenen zoals supergeleiding en zwarte gaten en gaat op zoek naar “een theorie van alles.” Een theorie om de vier fundamentele natuurkrachten (elektromagnetische kracht, sterke kernkracht, zwakke kernkracht en zwaartekracht) te verenigen.

www.youtube.com/watch?v=TL5zrOxoSao

Aanstaande dinsdag- en donderdagavond (15 en 17 juni) is er een avondopenstelling van het Universiteitsmuseum, speciaal voor studenten en medewerkers van de faculteit betawetenschappen van de UU. Het museum is dan geopend van 17.00 tot 22.00 uur. Zoals gebruikelijk is de toegang tot het museum ook dan gratis voor studenten en medewerkers van de UU.

Voor alle andere geïnteresseerden is het museum elke dag geopend van 11 tot 17. Toegang tot het museum kost je € 7,- als je 18 jaar of ouder bent. Voor meer toegangsprijzen kijk je hier. Het museum is gevestigd aan de Lange Nieuwstraat 106 in Utrecht. Er is ook een routebeschrijving.

As I have done in previous years, I am again participating in the Google Summer of Code as mentor for the Samba project.

Last year I Andrew and I co-mentored three students with mixed results. In the end we had to drop one of our students but the other two did well. I've only taken on one student this year for various reasons.

The amount of time required to mentor a student varies wildly depending on the student and is hard to predict based on their application. Some students seem to require quite a lot of mentoring while others are self-motivated and self-learning. This has not just been my experience, I've heard similar stories from fellow mentors on other projects.

Last summer Ricardo worked on SWAT for Samba 4 and he is still actively working on the project, even after the Summer of Code has finished. I hope to find the time to package SWAT in time for Debian Squeeze. At the moment SWAT just supports managing shares but Ricardo is working on user management.

In 2009 Calin worked on the GTK+ frontends for Samba, in particular changing them to be Python-based rather than C-based. This year his work is going to be continued by Sergio, hopefully with the some user-ready tools as the end result.

cp: Gazpacho - 117

It's done: today I heard about the last (passing) mark for the last course I need to follow for my Master in Applied Computing Science, at Utrecht University: a paper about RFID security and privacy as part of the Cryptography course.

Besides some small paper still due for (ahum) my Bachelor, the only thing left is my thesis with associated research. Today I got an invitation for my first working day at ORTEC in Gouda, next month, where I'll be doing research (and implementation) on some exciting new route planning algorithms. It'll require some getting used to it, five days a week, 8 hours a day, for the rest of the year. One of the biggest challenges will be getting up in time every single day, but I'm sure I'll be fine with that – eventually. I have confidence that the interesting research will make up for it completely!

Already this Friday I'll be going to FOSDEM with Thijs, partly by train, and partly hitchhiking a ride from Joost. Too bad my laptop practically died... But reading mail etc. not the most important thing in FOSDEM, you can do that at home too — I hope to meet yet again a whole lot of old and new Debian people over there.

For the first time in 3 years no talk from me, other duties took too much time lately. I'll need to discover how much time I'll be able to spend on Debian as a full-time employee, but I think it'll make it easier for me to divide my time: I really missed doing Debian stuff from time to time, and I need to fix up a number of neglected areas real soon now.

Good night!

June is the last month before summer holidays, and at this phase in my study, courses take a lot of time: practical assignments, seminars to give, multiple exams. And mid-June, I'll be attending DebConf in Edinburgh, including delivering a talk about Mole, the subject of my Google Summer of Code project.

In the period of April/May students participating in the Summer of Code project had the time to get more familiar with the project they were going to work for. Because I'm already somewhat familiar with Debian, I opted to organize an Etch release party together with some friends, because, well, what better way is there to get to know the community?

During the past two weeks I've been really starting with the project. I updated the wiki page, added a new development page where I keep track of my work – listing the subtasks I'm working on and their status. The first month will be mostly work on the internals, but starting with the second month I'll also be working on the web interface, meaning that there should be some stuff to show off.

At the moment I'm refactoring some bits of Mole that are currently implemented in a hacky way, in order to make it all as extensible as it should be. This includes defining a config file format for mole tables, so that it's no longer necessary to modify the python code for new tables. It also involves some better way of stacking tables to each other, so that the package file extraction code can be moved away from the core of mole into a separate worker – to keep mole itself pure and simple – and generally applicable.

I'll post irregular updates to my blog. I'm looking forward to seeing a lot of you again this Thursday, when I'll arrive in EDI!

Sinds deze week zijn de Scheikundejongens niet alleen te volgen via Twitter@SJs_nl, maar ook via Facebook. Je zal daar bericht-updates vinden, maar er is hoofdzakelijk ruimte voor jullie. Dus wordt fan van ons door op het “Vind ik leuk”-knopje te klikken en voel je vrij een berichtje achter te laten op ons Prikbord.

Seeing this makes me very happy. It's taken us a couple of years to get to this point but we've finally made it, mostly thanks to the dedication and persistence of Julien and Brad.

Woensdag aanstaande mogen we weer stemmen en omdat de Scheikundejongens scheikundigen zijn, willen we dat er gelet wordt op onderzoek en onderwijs. Nu zouden we natuurlijk een mooie opsomming kunnen geven van wat elke partij daarvan vindt, maar iedere weldenkende partij vindt onderzoek (tot op een bepaalde hoogte) natuurlijk een goed idee. Er is ten hoogste discussie over de onderwerpen van het onderzoek. En wat is nou het interessantste voor ons? Precies, nanotechnologie.

Er is al veel onzinnigs geroepen over nanotechnologie en teveel mensen die hier te weinig vanaf weten, hebben over nanotechnologie een mening. Vinden wij. Lang verhaal kort, de Scheikundejongens hebben alle partijprogramma’s gedownload en eens gezocht op ‘nano-’ en dit zijn onze bevindingen.

Te beginnen met een opsomming van partijen die niks over nano(technologie) in hun partijprogramma hebben: SP, GroenLinks, PvdA, PvdD, CDA, Christen Unie, VVD, TON, PVV, Piratenpartij, Heel NL, Nieuw Nederland en Lijst 17. Voor de oplettende lezer met een tel-obsessie: lijst 11 doet niet mee aan de verkiezingen. De volgende partijen hebben wel iets te melden over nanotechnologie: D66, SGP, MenS en Partij één.

D66
Nederland is een land van ondernemen, handel en bedrijvigheid. De ‘parels’ van onze economie zijn waterbeheer en innovatieve voeding, maar ook hightech materialen & -systemen en creatieve producten. En tegenwoordig ook nano-technologie, gaming en industriële design-producten. Deze sterktes van ons land kunnen en moeten we in de toekomst uitbouwen. Daar gaan we ons geld mee verdienen in de toekomst. Nederland als onmisbaar knooppunt in het internationale bedrijfsleven.
(…)
Investeren in innovatie. D66 wil innovatie in biomedische ontwikkelingen zoals biobanken, nanotechnologie en stamcelonderzoek ruim baan geven door een ruimhartig beleid en door onderzoeks- en implementatiegelden ter beschikking te stellen. Zorgconsumenten moeten nauw bij innovaties betrokken zijn.

SGP
De voortschrijdende potentie van bijvoorbeeld nano- en biotechnologie roept in heel de maatschappij fundamentele vragen op: Wat is leven eigenlijk? Waar de moderne mens zichzelf tot maat van alle dingen heeft verklaard en niet goed raad weet met deze fundamentele vragen, heeft de SGP hier wel een duidelijke en waardevolle visie op. God heeft het leven geschapen. Zijn Woord is de maat van alle dingen.
Concreet:
- De SGP is tegen genetische modificatie van dieren. De SGP is ook tegen genetische modificatie van gewassen als genen van niet aanverwante soorten ingezet worden. Bij zwaarwegende humane, medische redenen kan hierop een uitzondering gemaakt worden.
- De overheid moet zorg dragen voor een voedselketen die vrij is van genetisch gemodificeerd materiaal.
- Het octrooirecht op genen en plantenrassen moet herzien worden.
- Het maatschappelijk debat over de ontwikkeling en toepassing van technologieën die vergaande invloed hebben op het leven op aarde moet vroegtijdig geïnitieerd en gevoerd worden.

MenS
Nieuwe technologieën
Nieuwe technologieën zijn in ontwikkeling. Zij zijn echter zo ingewikkeld dat het maatschappelijk debat erover stil valt. Te denken valt aan gentechnologie, chiptechnologie en nanotechnologie. Deze wetenschap kan leiden tot nieuwe technieken, maar brengt ook gevaren en risico’s met zich mee. Bij de ontwikkeling en inzet van deze technologieën is wijsheid essentieel. Een dialoog moet op gang worden gebracht aan de hand van simpele, alledaagse voorbeelden en scenario’s, zodat goed overdacht gen-, chip- en nanobeleid kan worden geformuleerd. Het voorzorgsprincipe dient hier altijd het uitgangspunt te zijn.

Partij één
Exponentiele Trends
Steeds meer wetenschappers en longterm trend watchers zijn er van overtuigd dat veel van de meest belangrijke ontwikkelingen niet liniair zijn maar exponentieel zijn van aard. Ray Kurzweil onderbouwt deze theorie in zijn boek ‘The Singularity is Near’. Kurzweil doet belangrijke voorspellingen over de ontwikkeling van technologie die de koers van de mensheid voorgoed zullen veranderen.
Zo zullen we volgens Kurzweil al voor 2030 computers hebben van één000 euro of minder waarvan de prestaties het menselijk brein evenaren. De groei in computerprestaties is exponentieel, dat wil zeggen dat hij steeds sneller gaat doordat hij vermenigvuldigd wordt met een bepaalde factor. Maar niet alleen in de snelheid van computers zien we deze accelererende groei. Ook bijvoorbeeld in biomedisch wetenschap, nano-technologie, wereldbevolkingsgroei, of milieuvervuiling en het opmaken van grondstoffen.

De Juiste Houding
Kenmerkend aan exponentiële groeitrends is dat ze steeds steiler gaan lopen. En als de trend zich zo voortzet word de situatie onhoudbaar en onvoorspelbaar. Dit betekent dat wij, binnen ons huidige systeem van denken en doen, geen antwoord hebben op waar deze trends heen gaan en wat we moeten doen tegen de tijd dat het zo ver is. Als we erkennen dat belangrijke ontwikkelingen exponentieel zijn, kunnen we op drie mogelijke manieren reageren: één) Ontkennen dat er iets aan de hand is; 2) ontwikkelingen tegen proberen te houden, oftewel vasthouden aan het oude bekende; 3) ontwikkelingen erkennen, en onze paradigma’s aanpassen. Deze laatste reactie is de enige juiste en zal leiden tot het identificeren van nieuwe kansen en zal de deur openen voor welvaart en groei.

Wat hebben we nou geleerd? Er zijn veel partijen die zich niet druk maken over nanotechnologie. Dat kan zijn omdat ze er niks vanaf weten, of omdat ze door hebben hoe nanotechnologie zich verhoudt tot natuur- en scheikunde.

D66 wil nanotechnologie ruim baan geven, maar zegt wel iets raars over nanotechnologie. Ze noemen het een biomedische ontwikkeling — en dat is nanotechnologie natuurlijk niet helemaal.

De SGP heeft wat mij betreft een wat lastig verhaal en ik krijg het idee dat ze hun standpunt over nanotechnologie niet helemaal (helemaal niet) uiteenzetten.

MenS heeft wat mij betreft een wat amateuristisch partijprogramma, maar eerlijk is eerlijk, hun standpunt over nanotechnologie is erg realistisch: “Nieuwe technologieën (…) zijn zo ingewikkeld dat het maatschappelijk debat erover stil valt.” Nu kun je jezelf afvragen hoe terecht dit is. Simpele voorbeelden over teddyberen die giftig zouden kunnen zijn zijn wel beeldend, maar niet representatief.

Van Partij één moet ik een beetje huilen. Afgezien van dat er iets mis is gegaan met een find-replace actie, hebben ze geen idee over wat exponentieel betekent. Ze zullen wel de taalkundige ‘exponentieel’ bedoelen, dat zoiets als ‘eerst veel en daarna nog meer’ betekent? Typische voorbeelden van zaken die exponentiële groei vertonen zijn niet wetenschap, technologie, milieuvervuiling en het opmaken van grondstoffen. Ik denk dat als we al deze zaken zouden kwantificeren (op welke manier dan ook), dan een fit met een exponentiële functie op niks uitloopt. Toch schattig geprobeerd. En wat hun punt nou is? Ik denk dat we dat boek moeten gaan lezen en accepteren dat er dingen om ons heen veranderen. Lijkt me een slecht idee. Stoffen die niet gecontroleerd zijn op toxiciteit maar potentieel gevaarlijk zijn, toevoegen aan voedingsmiddelen lijkt me een slecht idee. Ons oude paradigma werkt hier prima: nieuwe dingen moet je testen.

Hebben we jullie interesses in de partijprogramma’s gewekt? Dan kunnen jullie ze hier downloaden. Voor interviews over nanotechnologie met een aantal partijen verwijs ik jullie graag door naar de Kennislink Nanotechnologie vakpagina. Tot slot wil ik jullie allemaal oproepen om te stemmen. Blanco stemmen is altijd beter dan niet stemmen.

Trinity Term is inmiddels in volle gang. En over bijna twee weken is het zover voor mij: de examens komen eraan. Het Oxfordse systeem is zo ingericht dat je maar één keer per jaar examens hebt en de resultaten van deze examens bepalen je eindresultaat. Eerder ingeleverde opdrachten tellen niet mee en dienen hooguit als oefening. Nu komt het er op aan…

Gelukkig hebben ze er bij de inroostering van de cursussen wel rekening mee gehouden: de afgelopen drie weken heb ik praktisch geen colleges meer gehad en heb ik dus de meeste tijd in de bibliotheek kunnen studeren. En gelukkig kent Oxford nogal wat bibliotheken, dus er is altijd wel ergens een plekje te vinden. De Radcliffe Camera en de Bodleian Library zijn wat dat betreft architectonische hoogtepunten, maar niet altijd even praktisch in gebruik (een flesje water mee mag niet en over het gebruik van ‘personal stereos’, iPods dus, wordt moeilijk gedaan).

De Radcliffe Camera, met daarachter de Bodleian Library

Gelukkig is er meer keuze uit bibliotheken. Het departement economie kent zelf ook nog een bibliotheek, de Social Sciences Library, met goede studiefaciliteiten (aparte werkruimtes voor masterstudenten!) en ligt bovendien bij me om de hoek. Het is wel een vrij ‘grijs’ gebouw; na een dag studeren krijg je er bijna een sick building syndrome van.

Een andere bibliotheek waar ik soms ook nog wel te vinden ben, is de bibliotheek van de Oxford Union, de debatvereniging van de universiteit, die voor leden een eigen bibliotheek beheert. Een prachtige en rustige plek om te werken en ook nog eens lekker centraal in het stadscentrum, vlakbij de drukke winkelstraat Cornmarket Street.

Al deze bibliotheken hebben we als nadeel dat ze sluitingstijden hebben, hoewel een aantal ook op zondag open zijn. Gelukkig heeft Balliol College ook nog een eigen bibliotheek, die 24 uur per dag open is. Voor de uiterste noodgevallen…

Tussen de boeken in de Balliol College Library…

Examengebruiken

De examens vinden plaats in de zogenaamde Examination Schools, een gebouw van de universiteit speciaal voor examens. Omdat examens officiële academische gebeurtenissen moeten examenkandidaten in academische kledij de tentamens maken: dat betekent dus dat ik mijn sub fusc weer aan moet (zie ook mijn eerdere blogposting). Mijn examens zullen plaatsvinden van maandag 14 juni tot woensdag 16 juni, iedere dag van 9.30 tot 12.30.

Hoewel de examens in principe over de stof van het hele jaar gaan, betekent dat niet dat je álles tot in de puntjes hoeft te kennen: je mag namelijk je vragen uitkiezen op het examen. De examens bestaan deels uit (reken)opgaven en deels uit essayvragen, waar je een essay moet schrijven naar aanleiding van een vraag. Een dergelijke vraag kan vrij breed zijn (”waarom bestaan bedrijven?”) of specifieker, verwijzend naar een specifiek model.

Het tentamen halen schijnt niet heel moeilijk te zijn (de afgelopen jaren zijn er maar weinig mensen gezakt); goed scoren op een tentamen is daarentegen lastiger. Ik hou dus nog maar even een slag om de arm, maar hopelijk komt het wel goed!

De Examination Schools, op High Street.

Na de tentamens

Woensdag 16 juni ben ik dus klaar met m’n tentamens en kan ik het weer even wat rustiger aan gaan doen. Eerst ga ik nog een weekje met een aantal studiegenoten de zon opzoeken in Sicilië en vervolgens komt Femke nog een weekje langs. Rond 3 juli ga ik dan weer richting Nederland, waar ik tot in ieder geval eind september blijf en ook nog twee maanden stage ga lopen.

Helaas is dat nu nog eventjes ver weg, en moet ik nog zeker zo’n tweeënhalve week doorwerken, maar gelukkig is er zo nu en dan ook wel tijd voor wat afleiding. Femke is afgelopen weekend nog langsgeweest en we zijn toen nog naar het prachtige Blenheim Palace geweest, hier vlakbij Oxford, wat zeker de moeite waard is…

Blenheim Palace, groot paleis in Woodstock, vlakbij Oxford

Het paleis is eigendom van de hertog van Marlborough (afkomstig van de familie Spencer-Churchill), die het van de koninklijke familie heeft gekregen voor militaire prestaties tijdens onder andere de slag bij Blenheim (1704); Winston Churchill, die ook tot de familie van de hertog behoorde, is in dit paleis geboren.

So I held a presentation for my course Models of Computation and I thought I'd share the slides with you.

The presentation is about the classic recursively unsolvable problem called Post's Correspondence Problem. I hope you find it interesting.


Slides MoC

Updated:
You can get the slides here.
I now completed the course and completed a paper related to this presentation. You can find that here.

Yesterday I started writing up a quick review of my new phone/tablet, a Nokia N900. Unfortunately it has since broken down by what appears to be a hardware issue. It does still work to a certain degree, as the leds still flash and I can access it as a USB mass-storage device, but the screen hasn't shown anything since I woke up this morning. The timing could not have been worse, as I'm currently abroad and having a phone (as well as a GPS) would be useful, especially considering the ash cloud situation in Iceland.

[Update: 4 weeks after dropping my phone off at the Nokia care center I have received a new N900; they weren't able to tell me what was wrong with my old one]

Anyway, my thoughts about the N900. Please note that I haven't used a lot of other smartphones, so I can't really compare this to e.g. Android phones.

The integration between the different components of the phone is really well done. Nokia has invested heavily in Telepathy, which is used for all voice and text messaging, and it shows. Skype and regular telephony are very nicely integrated with telepathy, albeit through proprietary daemons. There is one global status for all protocols. Skype and SIP conferencing work well.

The address book is another thing that is very nicely integrated with the rest of the device. It combines IM addresses, phone numbers, email addresses and other information for a contact and there are third party applications that can help keep that information up to date.

Both the Ovi maps app and its data are free, and it's possible to copy the maps onto the device so you don't need to stream them all from the internet when you're abroad. It's pretty quick compared to e.g. a Garmin GPS, but lacks features. It can't load GPX files, can't show points of interest, track your movements, etc.

The music player is neat and automatically indexes all audio and video files that are copied onto the device. The camera and photo manager work well, and are pretty snappy.

The web browser displays all pages I've accessed so far without rendering issues, including flash.

There are quite a lot of neat third-party free software applications available - eCoach, Hermes, grr, mBarcode, Mauku, tubes, tuner, fahrplan.

Maemo is Linux-based and it has a lot of similarities to your average Debian-derived distribution. Despite that, it contains a lot of proprietary software. In particular, the Skype and POT plugins for telepathy, the address book and things like Ovi Maps are proprietary. This means it's impossible for me to fix little annoyances (see below) in these packages, but more importantly, it's impossible for others to fix these little annoyances or port these apps to the desktop and other devices (where there's an even larger pool of potential bug fixers).

The GPS doesn't work very well. This might be due to the fact that the hardware is substandard, but I suspect it has got more to do with the fact that if it does not find a signal within 30 seconds it will switch itself off. I assume this is to save energy, but this behaviour can not be switched off anywhere. A workaround is to close and reopen Ovi Maps every 15 seconds or so, but that's pretty annoying. I'm sure somebody with access to the source (I don't!) can fix it.

I'm sure the calendaring app is nice, but it lacks support for synchronization with Google calendar, which makes it unusable for me.

The standard email client does work, but it scales pretty badly. It will lock up at times while trying to index mailboxes. I've tried using claws mail for a while, but its interface is just too cumbersome - in general, but in particular on such a small screen.

The battery lifetime sucks. If I'm lucky I'll make it through a single day with a fully charged battery. The format factor is also still a minor issue for me, but I doubt that bit can be fixed in software.

Overall I'm pretty happy with the N900, although I'm not sure if I would pick it over an Android phone next time.

This period I did the course Advanced Functional Programming and I had to choose a subject from a set list of subjects to present. I chose typed transformations of typed abstract syntax (TTTAS). (See this webpage for the technical report and associated library by Arthur Baars, Doaitse Swierstra and Marcos Viera.)

I already expected the subject to be one of the harder ones and I also had a restriction for the presentation due to practical issues, namely we could only use handouts (or your own laptop) and not a beamer because of multiple presenters.

Thus I made some handouts in a tutorial like fashion. It might save you some typing of the code found in the paper and hopefully get you interested in the subject. You might also find it useful to get some motivation for the use of GADTs and transformations of EDSLs in general.

The handouts:
The PDF file is here.
The lhs can be found here.

Erik, Tom, Sebas, Chris, Sjoerd and I are in Zürich, attending the Haskell Hackathon. Yesterday we climbed the Üetliberg, a mountain (hill?) right next to the city. The view from there is spectacular; we’re especially liking the snow-topped mountains in the background.

Right now we’re all in the Google HQ, enjoying hacking in a spacious room with a fridge full of drinks. Thanks, Google!

Erik, Tom, Sebas, Chris and Sjoerd.	River Limmat seen from the Lindenhof. In the background us the Predigerkirche.	Zürich Großmünster seen from the Lindenhof.	...
A brook in the forests around the Üetliberg.		Sitting on top of a ruin on the slope of the Üetliberg.
	View from the top of the mountain, near the station.

During the last few months, despite filtering and thread-scoring, I'm having trouble keeping up with the continuous flood of emails that come my way. I'm now spending way too much of my time dealing with both email and other background noise (hello, web 2.0 services). To cope with this, I've now dropped off a couple dozen mailing lists, unsubscribed from a similar number of RSS feeds and left a few IRC channels. I'm slowly working working my way through the backlog of emails and merge requests that I still have to deal with. If you need me to participate in a mailing list discussion, please CC me.

cp: Agalloch - Our Fortress Is Burning, pt. 1

Whenever you load a Haskell file into GHCi, it will either tell you your modules loaded fine, or that there were some errors. Sebas came with the awesome idea of coloring these messages green and red, respectively. Here is how to do this:

Create a script that looks like this:

#!/usr/bin/env bash

GREEN=`echo -e '\033[92m'`
RED=`echo -e '\033[91m'`
RESET=`echo -e '\033[0m'`

/usr/bin/ghci "${@}" |\
  sed "s/^Failed, modules loaded:/${RED}&${RESET}/g;s/^Ok, modules loaded:/${GREEN}&${RESET}/g"

If your ghci is not located in /usr/bin, change the path in the script accordingly. If you want, you can name your script ghci so that it takes over the original one. Just make sure its location appears in your PATH variable before the location of the true ghci.

If all goes well, you should now see colors whenever you load your modules:

% ghci Sirenial.Merge
...
Failed, modules loaded: Sirenial.Query.

And then when the bug has been fixed:

% ghci Sirenial.Merge
...
Ok, modules loaded: Sirenial.Merge, Sirenial.Query.

This has only been tested on Terminal.app in Snow Leopard. If it doesn’t work for your system, please leave a comment, with—if possible—a fix.

There is a small issue: sometimes sed delays the colored parts a bit, causing your prompt to be printed before the success or error message. Again, if you know a fix, please comment.

I’m not sure what’s the problem exactly with the Windows Mobile e-mail feature, but it seems that Microsoft didn’t really succeed in implementing a fully functional SMTP client. The one shipped with Windows Mobile 6.1 was extremely buggy (one failure to connect -EVER- would prevent you from sending e-mail forever) and the one shipped with WM 6.5 isn’t that good either. I just can’t get it to work reliably using TLS, authentication and SMTP port 587 (sometimes referred to as the “submission port”). Especially the fact that I’m unable to connect to my mail server running on port 587 in a reliable way is extremely annoying, since I’m roaming (= using other mobile or wireless networks) a lot. Since most providers don’t allow you to connect to an arbitrary SMTP server using port 25, I keep on reconfiguring my e-mail account on WM to be able to send e-mails…

Past year, I’ve been getting more and more angry about this, which made me decide do implement a workaround: a Windows Mobile SMTP proxy called MobileHermes. Completely free and licenced under the GPL, open source!

The SMTP proxy is a very small application (around 30K) written in C# using Visual Studio 2008. You can keep it running in the background of your WM device, it will do no harm nor eat much memory. After installing MobileHermes, it will show up in your application menu. Start it and look at the “Configuration” tab, which shows the three most important configuration options (among a few others):

• SMTP server hostname: specify your SMTP server hostname, e.g.: smtp.gmail.com
• SMTP server port: specify your SMTP server port, e.g.: 587
• Require secure communication: check this option whenever you only want to allow communication with the SMTP server using an encrypted connection. Note that MobileHermes doesn’t implement any kind of encryption, it will only refuse proxying data over a plain communication channel.

After setting these three options on the “Configuration” tab, you might want to press the button which says “Save configuration”. After that, start the proxy by pressing the button labelled “Start SMTP proxy” on the “Control” tab. Next, press button “Test SMTP proxy” to test whether your settings will actually allow you to connect to a mail server.

Last, but not least: you’ll have to configure your mail client (probably the built-in Windows Mobile one) to use “localhost” as SMTP server. To do that, open the mail client and click “Menu”, “Tools”, “Options…” and select the mail account to edit. Click through all options until you see “Outgoing (SMTP) mail server”. That’s where you configure “localhost” (without any port configuration, just “localhost”). Most probably, you’d want to check the checkboxes “Outgoing server requires authentication” and “Use the same user name and password for sending e-mail”, but that completely depends on the configuration of your external SMTP server.

Now, try to send a message from the mail client. If everything works like it’s supposed to, you’ll see two lines popping up on the status log of MobileHermes:

17:04:12 Accepted new connection from 127.0.0.1:1446
17:04:20 Connection from 127.0.0.1:1446 closed.

Since communication between your mail client and the external SMTP server might be encrypted, MobileHermes doesn’t show you any detailed information about the connection. You might want to check “show detailed log information” on the “Configuration” tab to see more details about the data coming in and going out.

That’s it! To be able to use MobileHermes, you’ll have to install Microsoft’s .NET Compact Framework version 3.5 (or higher). After having installed that, you can install MobileHermes by downloading the CAB-file to your mobile device from: https://guust.tuxes.nl/~bas/MobileHermes/MobileHermes-1.0.cab and opening it. If you’re interested in the source code (don’t expect it to be very neat, optimal or bug-free!), you can download that too: https://guust.tuxes.nl/~bas/MobileHermes/MobileHermes-1.0.rar. Feel free to modify it, but be aware of the fact MobileHermes is licensed under the GPL!

Around June 2009 my HTC Touch Pro2 arrived. Since then, I’ve been trying to get it to work with Postfix on my mail server, using TLS and authentication. The last few weeks I have ben working on a Windows Mobile SMTP proxy application to debug the problem. Tonight, I finally found out what did prevent Windows Mobile from sending mail to Postfix…

It’s very hard to find out what exactly is going wrong. The only thing Windows Mobile tells you is:

The message(s) could not be sent. Check that you have network coverage and that your account information is correct. Then try sending again.

According to the Postfix logs, Windows Mobile disconnects directly after having established a TLS connection (using StartTLS). My transparent SMTP proxy for Windows Mobile confirms this observation:

20:48:40 s->c: 220 guust.tuxes.nl ESMTP Postfix (Debian/GNU)
20:48:40 c->s: EHLO Inbox
20:48:40 s->c: 250-guust.tuxes.nl
250-PIPELINING
250-SIZE 52428800
250-VRFY
250-ETRN
250-AUTH DIGEST-MD5 CRAM-MD5
250-ENHANCEDSTATUSCODES
250-8BITMIME
250 DSN
20:48:41 c->s: QUIT
20:48:41 s->s: 221 2.0.0 Bye

Note the “QUIT” issued by the client directly after Postfix’ 250 response to the client’s EHLO.

Entirely disabling authentication solves the communication problems, indicating that there might be a compatibility problem with the authentication mechanisms offered by Postfix (or, actually, by SASL). I’m using SASL authentication, configured in /etc/postfix/sasl/smtpd.conf:

pwcheck_method: auxprop
auxprop_plugin: sasldb
log_level: 3
mech_list: cram-md5 digest-md5

These mechanisms work perfectly with regular modern MUA’s (Mail User Agents) like Mozilla Thunderbird and Outlook… Might Windows Mobile be unable incapable of using cram-md5 or digest-md5? The answer to that question turns out to be “YES”. After adding “login” to the mech_list, Windows Mobile didn’t complain anymore!

Now, there’s still the problem that it seems to be impossible to specify an outgoing SMTP server port in the Windows Mobile messaging tool. Even specifying “guust.tuxes.nl:587″ will not prevent WM from connecting to port 25 on host “guust.tuxes.nl”. I’m on the road a lot and sometimes I’m using my phone’s internal WLAN radio to connect to the internet. Most providers (both mobile and internet service providers) restrict outbound traffic on port 25 as an anti-spam measure, should I reconfigure my mail client everytime I want to send an e-mail?

No! That’s why I wrote an SMTP proxy for Windows Mobile, called “MobileHermes”. It sits in the background, listening on port 25 and proxies traffic to a predefined mail server on a predefined port (which can be other than 25). Final version to be released soon. Very soon.

_smtpProxyMaster.stopServer();
updateMainButtons();

Het tweede Oxfordse trimester, Hilary, is alweer in volle gang. In Oxford gebruikt men nauwelijks de gewone kalender, maar wordt de academische kalender gebruikt om alle data in uit te drukken. Op dit moment is het dan ook donderdag van de vijfde week van Hilary Term. De afgelopen weken waren, zoals gebruikelijk, behoorlijk druk; heb veel tijd doorgebracht in de bibliotheek om te werken aan Problem Sets, maar uiteraard is er in Oxford genoeg afleiding te vinden om even bij te komen van het studeren. Een terugblik op de afgelopen weken:

Sneeuw

Net als in Nederland stond januari hier ook in het teken van sneeuw. Misschien nog wel meer dan Nederlanders weten Engelsen hier bijna geen raad mee: de zoutvoorraden waren al bijna op toen dit in Nederland ook begon te spelen. Bovendien wordt het vrij spaarzaam toegepast: op de stoep was het vooral dan ook een glijpartij, mede dankzij het gegeven dat ook maar weinig mensen hun stoep schoonvegen.

Het gehele dagelijkse leven lijkt hier dan ook stil te vallen als er ook maar een beetje sneeuw ligt of het ook maar even dreigt te sneeuwen. Zo sloot de Social Sciences Library eerder haar deuren vanwege de “severe weather conditions”, ook al had het die dag alleen in de ochtend (licht) gesneeuwd en was een groot deel van de sneeuw alweer verdwenen.

Aan de andere kant leverde de sneeuw natuurlijk wel weer de nodige ijspret op: op de hoofdlocatie van Balliol College was een heuse, levensgrote iglo gebouwd.

IJspret op Balliol: een levensgrote iglo

Veel straten waren door de sneeuw ook vrij onbegaanbaar

Mijn straat in de sneeuw

Burns Night: we hae meat and we can eat

Balliol College is in 1263 opgericht door John de Balliol, en is daarmee een van de oudste colleges van Oxford (in het promotiemateriaal staat zelfs dat “Balliol has a reasonable claim to be called the oldest College of Oxford”, maar over het algemeen wordt aangenomen dat University College en Merton College toch nét iets ouder zijn). John de Balliol was een Schotse edelman en vader van de latere Schotse koning John of Scotland (1292-1296). Balliol College is nog steeds trots op de Schotse roots en om deze reden wordt Burns Night, een belangrijke Schotse feestdag ter ere van de Schotse dichter Robert Burns, nog steeds uitgebreid gevierd in het College.

Some hae meat and canna eat,

And some wad eat that want it;

But we hae meat, and we can eat,

Sae let the Lord be thankit.

Met deze woorden van de Selkilk Grace werd het diner in de College Hall begonnen. Hoofdgerecht van de avond was de haggis, een traditioneel Schots vleesgerecht. Geheel volgens de traditie werd de haggis onder begeleiding van een doedelzak de Hall binnengedragen en gezegend met een Ode aan de Haggis.

Van tevoren had ik behoorlijk wisselende verhalen gehoord over haggis. Een aantal studenten vonden het niet om te eten, en namen als alternatief maar de vegetarische variant, terwijl ik van anderen begreep dat het best lekker was om te eten. Zelf vond ik het best smakelijk en zeker iets om aan anderen aan te raden om uit te proberen. En waar het van is gemaakt? Niet te lang over nadenken, en zeker niet opzoeken op Wikipedia.

De avond ging verder met verschillende (satirische) speeches, onder andere een toast to the lassies (een toast op de vrouwen), gevolgd door een nog satirischer antwoord van de vrouwen. Na de avond in de Hall, waarin whiskey natuurlijk niet mocht ontbreken, zijn we achter de doedelzakspeler in optocht gelopen naar Holywell Manor, waar het feest zich voortzette met traditionele Schotse volksdansen, die meer weg hebben van rugby dan van stijldansen; maar erg vermakelijk waren, zeker aangezien er ook een liveband folkmuziek aan het spelen was.

De doedelzak mocht natuurlijk niet ontbreken

De haggis, met aardappelpuree.

Een glaasje Schotse whiskey mocht niet ontbreken

Op weg naar Holywell Manor, met doedelzakmuziek

Céilidh, een traditionele Schotse volksdans mocht niet ontbreken.

Meer foto’s zijn te vinden in het fotoalbum van Wojtek.

Verder is Femke nog een weekje langsgeweest eind januari; en zijn we nog een weekendje naar Londen geweest. Een van de hoogtepunten was toch wel het bezoek aan de Tower of Londen, waar we werden rondgeleid door een beefeater, een van de oud-soldaten die door de koningin is aangewezen om te dienen als bewaker van het kasteel (en als gids te fungeren). De volgende foto, genomen in de Tower of London wilde ik jullie niet onthouden:

Fem en ik in de Tower of London

Beefeater bij de Tower of London

Naast de Tower of London zijn we ook naar Oliver!, de West End musical geweest; zeer de moeite waard! En verder hebben we natuurlijk ook nog in Oxford de toerist uitgehangen…

Groeten uit Oxford!

In a setup where we use Apache FastCGI with PHP through mod_fcgid and suEXEC, we experienced the problem that long running scripts always resulted in a 500 Internal Server Error after exactly 40 seconds. This is due to the IPCCommTimeout setting, but changing that setting didn't seem to yield any effect.

I stumbled on a blog entry saying that they only work within the VirtualHost block. I tried this for my test-vhost but it also didn't work. It took me a while to find the complete solution (workaround): you need to specify IPCCommTimeout in every VirtualHost block, because a later VirtualHost will globally reset your setting in a previous one.

So until this bug is fixed the neat workaround is to place the mod_fcgid settings in a separate configuration file and Include that file inside each VirtualHost.

Today everyone in the Netherlands received a letter about the new national electronic health record (EPD) and the possibility to object against registration. EPD aims to provide access to one's patient data to every care provider through a central information broker. I have submitted the form to disallow my data to be accessed through this system.

First of all, there's no clear benefit for me, and I think that goes for the large majority of people. The possible situation where someone has a critical condition and isn't treated by his regular doctor and is unable to inform the stand-in of this and the stand-in has the time to delve through the entire EPD and actually finds and correctly interprets the necessary information seems extremely small for anyone, let alone the big majority that doesn't suffer such critical conditions in the first place. Hence, making it the default for everyone seems very inappropriate. See also this interesting article, written in Dutch by my uncle.

Interestingly the same minister was recently opposed to a default-allow for organ donorship, which may address a problem that is much more real.

The other concern is security. I am not worried by the technical security of the system, it seems to be of acceptable standard (see this report by my friend Niels). I am more concerned about access restrictions: these are implemented post hoc, that is, anyone can access my file and I can check who accessed my it and whether they had the right to. However, this procedure involves sending in paper forms which I think in practice will not bring about much review.

Combined this project reminds me of voting computers - introducing new concerns while solving no actual problems.

Yesterday I attended a lecture by professor D.J. Bernstein, best known for his products like qmail, owner of one of the coolest domain names in the world and for his often controversial but always interesting visions.

His talk focused on why the majority of internet traffic still is not encrypted. We protect our email passwords but the 95% of other things we do is completely unprotected from a sniffer. He then narrowed it down to DNS. The problems with DNSSEC are evident and it's still a question of whether it will ever be implemented (after 15 years the design is still in flux, let alone that it's properly implemented or actually used).

On a more constructive side he presented his own solution: DNSCurve: using elliptic curve cryptography to not only sign but also encrypt DNS traffic, and do so on the fly rather than the cumbersome precomputation approach of DNSSEC. Bernstein shows that the extra cost of on the fly cryptography is, even for root servers, very minor compared to the costs of the entire system, but it does significantly reduce the administrative burden compared to DNSSEC. As usual he has made an interesting case, a worthwhile read.

Our friend Jaap is besides a mathematical researcher also an aviator. Last weekend he took Erik, Judith and me on a flight from Hoogeveen (EHHO) in Drenthe to the island of Ameland (EHAL). It's a really nice experience to plan the flight on the map, fly over land, the Waddensea and the North Sea, hear the radio communications; and the check-in was a lot more relaxed compared to EHAM (Schiphol). On the other hand the on-board catering left something to be desired.

all pictures are here

A few weeks ago we released version 2.2.0, and now version 2.2.1 of DOMjudge, our programming contest jury system. I'm actually very satisfied with the 2.2 branch because it implements some important wishes that users of the system had, especially moving nearly all state into the one central database instead of spread over db, files and hosts. It is getting more and more complete on the functionality side.

Our next target, 3.0, will focus on a different part: installing the system and getting it running is not quite trivial. The system has grown organically, and the current setup procedure tries to install everything at once, from building the judging environment, setting up the web interface to generating the documentation. We aim to pull that apart so it gets easier and the administrator keeps better oversight. But that's all for the next contest season. Meanwhile, the 2.2.x branch will be maintained for bugfixes at least until ultimo 2008.

This morning's newspaper featured a front page article reporting that elementary schools are bad at math. The third paragraph states:

"The quality of arithmetic education has a strong variation. Nearly a quarter of all schools is weak, over a quarter are strong. Exactly half scores 'average'."

Maybe I've been badly educated, but don't those statistics match what should be expected? If it's a normal (gaussian) distribution, both the lower and higher scoring chunks should be about the same size and indeed, the average part should be by far the largest. Of course I could be misunderstanding it all, probably due to me also being educated under this system.

The msttcorefonts package, downloader of the Microsoft Core Fonts for the Web, has been renamed to ttf-mscorefonts-installer to be more in line with other TrueType font packages (this is in testing since today).

But better news is that it hopefully is losing relevance: a few weeks ago, the ttf-liberation package entered testing. The Liberation fonts are good replacements for Arial, Courier New and Times New Roman, created by RedHat and released under a free licence. Users requiring these three fonts can just install the ttf-liberation package from main, rather than use the (necessarily) convoluted downloader from contrib. Quite a win for Debian's compatibility with the Windows World.

Recently my Nikon D70s, when using a new Sigma lens, displayed the following error in the aperture display: fEE. As it took me some time to find out the cause and fix it, I'll explain it here perhaps for the benefit of others.

What does it mean? Some lenses require that the aperture is set to smallest when they are connected to the body (the largest f-number; this is usually coloured orange). fEE is indicated when the lens is connected wrongly and the camera refuses to operate until the lens is reconnected.

If like me you still get the fEE even though you've connected the lens correctly, then obviously something is broken. The camera "knows" whether the aperture ring is set to the right value due to a notch on the lens (rightmost picture) and a switch on the body ("EE Servo Coupling Post", left picture). In my case the switch on the body had broken off.

You can of course send your camera in for repair, but for me it was easily repaired by sticking a hairpin in the switch. A little piece of plastic and some superglue could work as well.

Wat. een. deceptie.

This weekend will see the second Bug Squashing Party hosted in Utrecht, this time to help get Debian Lenny released. Stichting NLnet has generously provided funding for the cost of food and drink. For all details see the wiki page.

Here's a selection of pictures from a recent visit to the Efteling.

Click the icons for full versions or view full set. I'm still planning on making yet another web photo album software of my own based on a revolutionary idea. Maybe I will actually do it sometime, who knows.

For a project I was looking for a way to use GNU Mailman for mailinglist management (especially its powerful web based moderation, bounce handling and attachment scrubbing features) but storing the mailinglist member information in a SQL database. That's useful when you want to relate mailinglist members to extra information already in a database and functionality on an interactive website, and it's possible on a per-mailinglist basis. This turned out to be not very difficult but just not that clearly documented.

What I used:

• Mailman. I used the 2.1.x version packaged in Debian etch: an "open" system is just one apt-get away!
• The MySQL Member Adaptor available from rezo.net. There are several versions of MySQLMemberAdaptor around the web, but this one seems the most recent.

This explanation assumes you know how to work with Mailman in a regular setup, and things like creating databases and users under MySQL. Take the following steps:

1. Install and set up mailman as you would otherwise.
2. Put the MysqlMemberships.py file into the dir that is Mailman's base, this normally already has files like MemberAdaptor.py in it. For Debian this is /usr/lib/mailman/Mailman. You only need to add MysqlMemberships.py, the other files from rezo.net are not needed.
3. The create table query in MysqlMemberships.py does not work with MySQL 5, I had to apply this patch which I've sent to MySQLMembership's author in the meantime. This patch has been applied by Fil.
4. For bounce handling to work well, you may need this patch aswell: patch for Bouncer.py; it has been applied in Mailman 2.1.11 and up.
5. Create a database and a MySQL user, and add that information into your mm_cfg.py, like this:

   MYSQL_MEMBER_DB_NAME = "mailman"
   MYSQL_MEMBER_DB_USER = "mailman"
   MYSQL_MEMBER_DB_PASS = "somethingrandom"
   MYSQL_MEMBER_DB_HOST = "localhost"
   MYSQL_MEMBER_TABLE_TYPE = "wide"        # wide means one table per list, flat = one large table

6. Create a mailinglist like you normally would (e.g. via newlist). To enable the MySQL backend for just that list, create a file extend.py under /var/lib/mailman/lists/listname with the following content:

   from Mailman.MysqlMemberships import MysqlMemberships
   
   def extend(list):
           list._memberadaptor = MysqlMemberships(list)
   

   (whitespace is significant in Python).
7. It should work now! Upon receiving the first request for your list, the database table will be created automatically, which you can then populate. You may need to restart the mailman qrunner after you make further changes to your setup.

My previous entry features the first ever comment on this blog to arrive over IPv6. Fantastic! I guess this will be the final breakthrough that the protocol needed!!

A survey has shown that 16% of youth doesn't know why we're celebrating the 5th of May. According to quality news show Editie NL, this is a worrying fact. Well, is it? I find it rather reassuring that apparently 84% of the younger generation do know that 5 May is about the liberation from German occupation (I remember now that I forgot to thank the Canadians when I was there two weeks ago). 16% is not much: if you get a 16% discount you're usually not making a great deal. Actually, I would be very surprised of a survey that would show that less than 16% of people are completely ignorant of the world around them. These same people probably wouldn't know the connection between the colour of the national team's shirts and the royal house, or be able to tell whether St Nicolaas is a protestant or catholic. Or the ones that claim money because -6 is larger than -5.

Every country has its fair share of "challenged" people. Also in recent news is that Barack Obama is losing votes because he admitted to eating rucola (arugula) from time to time. Voter's "reasoning" boils down to "if I don't know what that is, then a president that eats it can't be trusted". It gets even more sad when you realise that these people probably do know it, but don't realise they call it rocket. Great way to lose votes.

There is some discussion again about what should be on topic for Planet Debian, whether it should be used for Debian-related announcements and what the archival policy should be. I believe that this discussion is rooted in two circulating views of what Planet Debian should be:

1. A forum for DD's to post Debian-related thoughts and ideas, to be used for those cases where they think a mailing list post may be less appropriate;
2. A way to collect stories about what DD's do and think in any context, the human interest angle: get to know your Debian peers more than just in technical matters.

Although I always regarded Planet Debian to be the latter and I appreciate reading posts telling me about someone's job or other interests, either one isn't an invalid approach per se. They do however prompt different choices about listing policy (Debian-only feeds vs. everything goes), how much effort it is to keep up with them and perhaps archival.

The best way to match the expectations of those two groups would be to create two "planets", one for each group. Create an aggregator where any DD can add any of their feeds, and another one with a strict listing policy: only feeds that carry posts actually related to Debian development matters (probably a subset of the first). Then only the question remains which one will get to carry the Planet Debian name...