Planeet A-Eskwadraat

During the last few months, despite filtering and thread-scoring, I'm having trouble keeping up with the continuous flood of emails that come my way. I'm now spending way too much of my time dealing with both email and other background noise (hello, web 2.0 services). To cope with this, I've now dropped off a couple dozen mailing lists, unsubscribed from a similar number of RSS feeds and left a few IRC channels. I'm slowly working working my way through the backlog of emails and merge requests that I still have to deal with. If you need me to participate in a mailing list discussion, please CC me.

cp: Agalloch - Our Fortress Is Burning, pt. 1

Onderstaand stuk thermodynamica is mijn vertaling van een bewerking van een inleiding van een ingezonden stuk. Het wetenschappelijke tijdschrift Applied Optics (1972, 11 A14) schijnt dit eens gepubliceerd te hebben. Het origineel stamt uit de jaren 1950. Er bestaat een tegenbericht op deze argumentatie die gepubliceerd schijnt te zijn in het Journal of Irreproducible Results in 1979. Dit stuk is uit de zelfde categorie als De Thermodynamica van de Hel.

Waarom de Hemel warmer is dan de Hel

De temperatuur van de Hemel kan vrij accuraat berekend worden. Onze autoriteit is de Bijbel; Jesaja 30:26 stelt:

En het licht der maan zal zijn als het licht der zon, en het licht der zon zal zevenvoudig zijn als het licht van zeven dagen; ten dage als de HEERE de breuk Zijns volks zal verbinden, en de wonde, waarmede het geslagen is, genezen.

Dus, de hemel ontvangt van de maan evenveel straling als de aarde van de zon. En daarbij zeven maal zeven (49) maal méér als de aarde van de zon, dus vijftig maal in totaal. Het licht dat we van de maan ontvangen is ongeveer een tienduizendste van het licht dat we van de zon ontvangen, dus dat verwaarlozen we. Dit is eigenlijk al genoeg om de temperatuur in de Hemel te kunnen berekenen. De straling die op de Hemel valt, zal de Hemel opwarmen tot een punt waarbij de warmte die verloren gaat door straling, gelijk is aan de warmte die ontvangen wordt door straling [voor de kenners: dit heet een steady state]. In andere woorden, de hemel verliest vijftig maal meer warmte dan de aarde door straling. We gaan nu de Stefan-Boltzmann vierdemachtswet voor straling gebruiken, , waarbij E de absolute temperatuur is van de aarde (300 K, 27 °C [iets boven standaardtemperatuur, 25 °C]) en H de absolute temperatuur van de Hemel, 798 K (ofwel, 525 °C).

De exacte temperatuur van de Hel kan niet berekend worden, maar moet wel minder zijn dan 444.6°C (het kookpunt van zwavel). Openbaring van Johannes 21:8 stelt:

Maar voor hen die laf en trouweloos zijn geweest, die zich hebben ingelaten met gruwelijke dingen, met moord, ontucht, toverij of afgodendienst, voor allen die de leugen hebben gediend: hun deel is de vuurpoel met brandende zwavel, dat is de tweede dood.

Een meer van gesmolten zwavel betekent dat de temperatuur lager moet zijn dan het kookpunt. Onder het kookpunt is een stof een vloeistof, daarboven een gas. Het meer is een vloeistof, dus de temperatuur moet onder de 444.6°C zijn.

Daarom kunnen wij concluderen dat de temperatuur van de Hemel 525°C is, welke hoger is dan de temperatuur van de Hel, 445°C. De Hemel is warmer dan de Hel.

Afgelopen maandag heeft Aldo al geprobeerd om de vraag “Wat is chemie?” te beantwoorden. Een paar honderd jaar geleden wist men het antwoord op die vraag helemaal niet: scheikunde bestond nog niet eens, hoogstens alchemie. Men dacht nog dacht dat de vier elementen waren — lucht, aarde, water en vuur — en deed verwoede pogingen om lood in goud te veranderen. Aan dit lijstje voegen wij graag nog dingen toe als ether, energie en flogiston.

In een driedelige serie getiteld “Chemistry: A Volatile History” gaat de BBC terug naar die periode. In de serie wordt uit de doeken gedaan hoe de pioniers van de scheikunde de elementen ontdekten en hoe ze daarmee een nieuwe tak van wetenschap creëerden.

De presentator, prof. Jim Al-Khalili, is grappig genoeg een theoretisch fysicus, maar geeft wel direct toe dat zijn kennis van de sub-atomaire wereld nooit had bestaan zonder scheikunde. Dat is natuurlijk waar, maar het omgekeerde is naar mijn mening natuurlijk net zo waar: zonder natuurkunde (en laten we ook de wiskunde niet vergeten) was de scheikunde nooit zo ver gekomen en was er nooit zoveel begrip geweest.

Maar eigenlijk vind ik het denken in termen als ‘natuurkunde’, ‘wiskunde’, ‘biologie’ en ‘scheikunde’ een beetje onzinnig. Er is maar één natuur en die trekt zich niets aan van de labeltjes die wij verzonnen hebben. Maar dat is weer een hele andere discussie…

Als iemand me zou vragen ‘Wat is chemie?’ dan zou ik iets moeten antwoorden als ‘de leer van het herschikken van atomen’.

Ik heb al eens eerder wat verteld over theoretische chemie. Die hoek — en dan vooral de kwantumchemie — van de chemie gaat dieper dan diep in, op de oorsprong van reacties. En wat is een reactie ook alweer? Het herschikken van atomen. Het breken en maken van bindingen.

Maar wat is een binding eigenlijk? Een molecuul bestaat uit atomen. Een atoom bestaat uit een kern en daar omheen elektronen. Voor het gemak kunnen we een atoom tekenen als de 2D Bohr representatie, maar die is wat lomp. Ook kunnen we een molecuul tekenen als 2D of 3D staafjes en bolletjes, maar ook die heeft wat rare implicaties. Wat er wel aan klopt is de gemiddelde locatie van de atoomkernen. En het streepje voor de binding? Sja… Er is een ‘binding’, maar een theoretisch chemicus wordt altijd wat ongemakkelijk van gewoon een streepje.

Een van de grootste gewaarwordingen uit de kwantumtheorie is dat deeltjes ook beschreven kunnen worden als golven. Je kan met de wetten van Newton de baan van een vallende knikker berekenen, dat wil zeggen, je voorspelt met behulp van wiskunde de locatie en snelheid van de knikker. Maar wat nu als die knikker geen voorwerp is, maar een golf? Als je genoeg natuurkunde en wiskunde hebt gevolgd, weet je dat golffuncties formules zijn met sinussen, cosinussen en exponenten. Het rekenen met die dingen vind ook ik altijd wat lastig, maar de dingen die je ermee kan zijn wel enorm gaaf.

Goed. De kwantumtheorie vertelt ons dat een elektron niet alleen een deeltje is, maar ook ook als golf beschreven kan worden. Als je dit lastig vindt om je voor te stellen, ga nu dan even rustig zitten. De kwantumtheorie vertelt ons ook dat we nooit zeker kunnen weten waar een elektron precies is. Of, ik moet eigenlijk zeggen, we kunnen nooit de snelheid van een elektron bepalen op een bepaalde plaats. Dus als je zegt dat een elektron ergens is, betekent dat eigenlijk helemaal niet zoveel. Maar, waar komen dan die bindingslijntjes vandaan? We kunnen toch zeggen: “Kijk, dáár is mijn elektron”?

Helaas, dat kunnen we niet. We kunnen hoogstens zeggen: “Ik weet dat het grootste gedeelte van de tijd dat het elektron dáár is”. Dat ‘daar’ is een groter gebied dan dat dunne lijntje dat je tekent.

Een theoretisch chemicus (ofwel, een kwantumchemicus) berekent waar elektronen zijn en waar ze mee bezig zijn. Hij/Zij weet dat je een elektron beter kan beschrijven als een golf. De wetten van Newton werken slecht voor voorwerpen met een kleine massa en een hoge snelheid. Als de kwantumchemicus dan ook in gedachten houdt dat een reactie (spontaan) kan verlopen als de (vrije) energie van een (gesloten) systeem verlaagd wordt, is hij eigenlijk al bijna klaar.

Is het antwoord op de vraag ‘Wat is chemie?’ nu volledig beantwoord? Ik denk het wel. Sterker nog, veel te nauwkeurig. Door de eeuwen heen hebben chemici een enorme set aan (empirische) vuistregels en minder exacte theorieën opgezet. En dat is prima, want waarom zou je willen berekenen waar de elektronen blijven, als je de baan van een vallende knikker wil berekenen?

Film van Molecular Modeling Basics

In de wondere wereld van de nanomaterialen is George Whitesides een grote naam. Hij produceert enorm veel artikelen, is een originele wetenschapper en is niet te beroerd om een praatje te geven aan niet-wetenschappers. En het mooie? Zijn artikelen lezen goed weg en zijn praatjes zijn duidelijk. Deze zag ik op TED talks.

Professor Whitesides vertelt hier over welke problemen er zich voordoen in de wereld van de lage-kosten wetenschap. Als iemand ziek is, zou elke dokter graag wat testjes doen. In onze moderne en rijke wereld is dat meestal geen probleem. Lang leve ziektekostenverzekering. Maar als we de Derde Wereld ook mee willen laten genieten van de (onze) welvaart, zullen er een aantal dingen drastisch moeten veranderen. Drie typische zaken die je nodig hebt om een onderzoek te doen zijn geld voor materiaal, een laboratorium en iemand die verstand heeft van het onderzoek.

Iedereen kan een goedkope thermometer bedienen en als hij/zij weet wat (ab)normale lichaamstemperaturen zijn, gaat diagnostisering goed. Je kan deze ‘test’ uitvoeren zonder laboratorium, dus is hij goedkoop en voor iedereen bruikbaar. Een test waar vroeger nog wel een dokter voor nodig was, maar tegenwoordig niet meer, is een zwangerschapstest. Bij de drogisterij zijn kleine zwangerschapstests te koop die eigenlijk een klein laboratoriumpje zijn. Meestal zitten er op zo’n kleine-schaal-lab twee indicatoren: eentje die toont of de test werkt en eentje geeft de uitslag van de (zwangerschaps)test. Uitgebreidere tests zoals naar aanwezigheid van ziekmakende virussen of bacteriën vereisen praktisch altijd geschoolde onderzoekers, een lab en instrumenten. En een dokter die bloed heeft afgenomen van de patiënt.

Terug naar prof. Whitesides. Hij vertelt dat het tijd wordt dat er meer geld en onderzoek moet gaan naar een laboratoria op postzegelschaal. En dan bedoelt hij niet alleen de grootte-schaal, maar ook de kosten van productie. Alleen op die manier kan onderzoek op grote schaal mogelijk worden.

Dit vind je misschien een wat overduidelijke intro voor een logisch verhaal, maar het is nodig. We moeten minder materialen verbruiken en kennis (in dit geval in de vorm van een simpele test) gelijkmatiger verdelen als we de Derde Wereld mee willen laten doen.

Het zoeken naar de kortste weg door een doolhof is iets dat we allemaal vrijwel dagelijks doen, waarschijnlijk zelfs zonder er bij na te denken. Bijvoorbeeld als je naar je school of werk fietst. Of als je door de supermarkt loopt op zoek naar al je boodschappen. Ook computers worden regelmatig ingezet voor de wat moeilijkere doolhof-problemen, bijvoorbeeld als je een route via de bus of trein plant via 9292ov.nl.

Maar wat heeft dat in vredesnaam met scheikunde te maken? In eerste instantie niets, zou je zeggen. Maar niets is minder waar, want op Ars Technica las ik dat wetenschappers van de Northwestern University (Illinois, USA) er in zijn geslaagd om een oliedruppeltje zelfstandig de kortste route door een doolhof te laten vinden door slim gebruik te maken van zuren en basen in een doolhofje zoals in onderstaand figuur. Het doolhofje werd gevuld met een waterige kaliumhydroxide (KOH) oplossing met een pH tussen de 12,0 en 12,3.

Bij de ‘uitgang’ van het doolhof zetten ze een stukje agarose-gel dat een tijdje in zoutzuur (pH van 1,2) had gelegen. Hierdoor ontstond er na korte tijd een gradiënt in de pH in het doolhof: de pH was laag vlakbij het blokje en liep op naarmate je er verder uit de buurt was. Bij de ‘ingang’ (hoge pH) van het doolhof werd een oliedruppeltje neergezet dat op het water bleef drijven. Dit oliedruppeltje bestond verder nog voor 20–60% uit een organisch zuur, namelijk 2-hexyldecaanzuur (afgekort HDA), en een beetje rode kleurstof voor de zichtbaarheid.

HDA is oppervlakte-actief. Dat wil zeggen dat het graag aan een oppervlak tussen twee fasen gaat zitten (een grensvlak), bijvoorbeeld aan het olie-lucht of olie-water grensvlak. Hiermee verlaagt het de oppervlaktespanning en daarmee de energie die het kost om zo’n grensvlak te maken. De slimmigheid is nu dat HDA vooral oppervlakte-actief is als de zuurgroep van dit molecuul nog geprotoneerd is. Oftewel, HDA is vooral oppervlakte-actief in een zure omgeving en niet in de basische omgeving waar het druppeltje start.

Hierdoor heeft het druppeltje in een basische veel oppervlakte energie en in een zure omgeving minder.  Het druppeltje kan zijn energie dus verlagen door naar de zure kant te bewegen en dit zal hij ook zeker doen. Omdat de pH gradiënt het grootste is langs de kortste route door het doolhof, neemt het druppeltje ook nog eens automatisch de kortste route door het doolhof met het zure blokje met agarose-gel als het lokaas. En dat zonder ook maar iets te rekenen. Dus de volgende keer als je in een doolhof zit opgesloten en de Minotaurus zit achter je aan, zorg dat je genoeg water en gootsteenontstopper bij je hebt om een doolhof mee te vullen.

De wetenschappers hebben hun resultaten gepubliceerd in het Journal of the American Chemical Society (JACS). Op de website van het JACS zijn ook een aantal gave filmpjes te vinden van de bewegende oliedruppels. Zeker het bekijken waard.

Als je iets creatiefs gemaakt hebt, kun je dat verkopen op Etsy. Dat is zoiets als de Amerikaanse Marktplaats voor zelfgemaakte dingetjes. Die dingetjes kunnen van alles zijn. Speelgoed, tassen, boeken, kaarsen, muziek, patronen, kleding, geekery en sieraden. Je voelt het al aankomen: iemand tipte me over de sieraden die daar verkocht worden. En ja, allemaal handgemaakt! Als je favoriete molecuul cafeïne is, theobromine (interessantste stof in chocolade) of je wil een setje kopen, dan is dit je site. Prijzen variëren van tientallen tot honderden dollars.

Bedankt voor de tip Inger.

Whenever you load a Haskell file into GHCi, it will either tell you your modules loaded fine, or that there were some errors. Sebas came with the awesome idea of coloring these messages green and red, respectively. Here is how to do this:

Create a script that looks like this:

#!/usr/bin/env bash

GREEN=`echo -e '\033[92m'`
RED=`echo -e '\033[91m'`
RESET=`echo -e '\033[0m'`

/usr/bin/ghci "${@}" |\
  sed "s/^Failed, modules loaded:/${RED}&${RESET}/g;s/^Ok, modules loaded:/${GREEN}&${RESET}/g"

If your ghci is not located in /usr/bin, change the path in the script accordingly. If you want, you can name your script ghci so that it takes over the original one. Just make sure its location appears in your PATH variable before the location of the true ghci.

If all goes well, you should now see colors whenever you load your modules:

% ghci Sirenial.Merge
...
Failed, modules loaded: Sirenial.Query.

And then when the bug has been fixed:

% ghci Sirenial.Merge
...
Ok, modules loaded: Sirenial.Merge, Sirenial.Query.

This has only been tested on Terminal.app in Snow Leopard. If it doesn’t work for your system, please leave a comment, with—if possible—a fix.

There is a small issue: sometimes sed delays the colored parts a bit, causing your prompt to be printed before the success or error message. Again, if you know a fix, please comment.

Op de site van Periodic Videos verscheen enkele dagen terug onderstaand filmpje van een chemisch stoplicht. Er wordt een oplossing van glucose, natriumhydroxide en indigokarmijn gemaakt die de kleuren blauw, groen, rood en geel krijgt. Alsof het magie is, wordt de oplossing weer rood als je even flink schudt. Super vet natuurlijk, maar hoe werkt dit? Dat leggen ze niet uit!

Na diep nadenken, vermoed ik dat het volgende aan de gang is. In het filmpje worden eerst oplossingen van glucose en van natriumhydroxide (NaOH) gemaakt. Bij de glucoseoplossing wordt indigokarmijn gedaan, een zuur-base indicator. Heeft een oplossing een pH lager dan 11,5, dan geeft de indicator de oplossing een blauwe kleur. Is de pH hoger dan 14, dan wordt de oplossing geel. Tussen een pH van 11,5 en 14 is de indicator groen.

De glucoseoplossing heeft een pH van ongeveer 7, dus indigokarmijn is dan blauw. Dit is ook te zien in het filmpje. Vervolgens wordt hierbij een natriumhydroxide oplossing gedaan en de oplossing wordt groen. Natriumhydroxide is een base en de oplossing heeft nu dus een pH groter dan 7. De NaOH concentratie is zo gekozen dat de pH tussen de 11,5 en 14 ligt, waardoor een groene oplossing ontstaat. Een publicatie uit School Science Review bevestigt dit (pagina 6).

Maar dan wordt de oplossing ineens rood en daarna geel! Wat hier gebeurt is niet helemaal duidelijk, maar mijn gok is het volgende. Glucose is in basisch milieu een reductor, wat betekent dat het elektronen kan afstaan. (Dit wordt ook gebruikt bij bijvoorbeeld de ‘blue bottle reaction’.) Glucose gaat een redoxreactie aan met indigokarmijn. Hierbij wordt de glucose omgezet in gluconzuur en het indigokarmijn wordt blijkbaar eerst gereduceerd tot een rode stof en daarna tot een gele, maar wat hier precies gebeurt is mij onbekend.

Wat ik wel weet, is dat zuurstof uit de lucht een oxidator is. Het kan dus elektronen opnemen. Bubbel je zuurstof door de oplossing zoals in het filmpje wordt gedaan, dan gaat de reactie dus weer terug. Je maakt dus weer de (mij onbekende) rode verbinding. Stop je met bubbelen en wacht je weer eventjes, dan neemt de reductie door glucose weer de overhand en wordt de oplossing weer geel.

Verder dan dit komen wij ook niet. Wie kan ons hier meer over kan vertellen?

Yes! Gevonden. Hét periodieke systeem der elementen, op een douchegordijn. Op ThinkGeek zijn een heleboel van dit soort dingen te vinden, ook koelkastmagneetjes en iets dat heet ‘The Game of Life’. Helemaal fantastisch.

Hoe ik hierop ben gekomen? SheldonShirts.com! Supervette meuk, waaronder (de links naar) het Star Trek 3D schaakbord, enorm veel shirts die ook in The Big Bang Theory gedragen worden, Howards belt buckles en wat saaie (Sheldon) quotes. De fansite die iedere TBBT fan gezien moet hebben.

Magnesium is een wat vreemd metaal. Het is lichter dan aluminium en het brandt. En een metaalbrand moet je niet blussen met een CO₂-blusser. Helaas kun je brandend magnesium ook niet blussen met water, omdat het reageert tot (brandbaar) waterstofgas. En waterstofgas in de buurt van vuur, geeft meer vuur.

Kleine hoeveelheden magnesium zijn niet lastig te ontsteken, maar grote blokken zijn enorm lastig. Een kleine schilfer warmt snel op, maar een groot blok niet. De warmtecapaciteit en de geleiding zijn groot genoeg. Dit wordt gedemonstreerd door een paar ‘tong-in-wang’ secretaresses in het volgende filmpje.

Gezien op Boing Boing

I’m not sure what’s exactly the problem with the Windows Mobile e-mail feature, but it seems that Microsoft didn’t really succeed in implementing a fully functional SMTP client. The one shipped with Windows Mobile 6.1 was extremely buggy (one failure to connect -EVER- would prevent you from sending e-mail forever) and the one shipped with WM 6.5 isn’t that good either. I just can’t get it to work reliably using TLS, authentication and SMTP port 587 (sometimes referred to as the “submission port”). Especially the fact that I’m unable to connect to my mail server running on port 587 in a reliable way is extremely annoying, since I’m roaming (= using other mobile or wireless networks) a lot. Since most providers don’t allow you to connect to an arbitrary SMTP server, I keep on reconfiguring my e-mail account on WM to be able to send e-mails…

Past year, I’ve been getting more and more angry about this, which made me decide do implent a workaround: a Windows Mobile SMTP proxy called MobileHermes. Completely free and licenced under the GPL, open source!

The SMTP proxy is a very small application (around 30K) written in C# using Visual Studio 2008. You can keep it running in the background of your WM device, it will do no harm nor eat much memory. After installing MobileHermes, it will show up in your application menu. Start it and look at the “Configuration” tab, which shows the three most important configuration options (among a few others):

• SMTP server hostname: specify your SMTP server hostname, e.g.: smtp.gmail.com
• SMTP server port: specify your SMTP server port, e.g.: 587
• Require secure communication: check this option whenever you only want to allow communication with the SMTP server using an encrypted connection. Note that MobileHermes doesn’t implement any kind of encryption, it will only refuse proxying data over a plain communication channel.

After setting these three options on the “Configuration” tab, you might want to press the button which says “Save configuration”. Afther that, start the proxy by pressing the button labelled “Start SMTP proxy” on the “Control” tab. Next, press button “Test SMTP proxy” to test whether your settings will actually allow you to connect to a mail server.

Last, but not least: you’ll have to configure your mail client (probably the built-in Windows Mobile one) to use “localhost” as SMTP server. To do that, open the mail client and click “Menu”, “Tools”, “Options…” and select the mail account to edit. Click through all options until you see “Outgoing (SMTP) mail server”. That’s where you configure “localhost” (without any port configuration, just “localhost”). Most probably, you’d want to check the checkboxes “Outgoing server requires authentication” and “Use the same user name and password for sending e-mail”, but that completely depends on the configuration of your external SMTP server.

Now, try to send a message from the mail client. If everything works like it’s supposed to, you’ll see two lines popping up on the status log of MobileHermes:

17:04:12 Accepted new connection from 127.0.0.1:1446
17:04:20 Connection from 127.0.0.1:1446 closed.

Since communication between your mail client and the external SMTP server might be encrypted, MobileHermes doesn’t show you any detailed information about the connection. You might want to check “show detailed log information” on the “Configuration” tab to see more details about the data coming in and going out.

That’s it! To be able to use MobileHermes, you’ll have to install Microsoft’s .NET Compact Framework version 3.5 (or higher). After having installed that, you can install MobileHermes by downloading the CAB-file to your mobile device from: https://guust.tuxes.nl/~bas/MobileHermes/MobileHermes-1.0.cab and opening it. If you’re interested in the source code (don’t expect it to be very neat, optimal or bug-free!), you can download that too: https://guust.tuxes.nl/~bas/MobileHermes/MobileHermes-1.0.rar. Feel free to modify it, but be aware of the fact MobileHermes is licenced under the GPL!

Around June 2009 my HTC Touch Pro2 arrived. Since then, I’ve been trying to get it to work with Postfix on my mail server, using TLS and authentication. The last few weeks I have ben working on a Windows Mobile SMTP proxy application to debug the problem. Tonight, I finally found out what did prevent Windows Mobile from sending mail to Postfix…

It’s very hard to find out what exactly is going wrong. The only thing Windows Mobile tells you is:

The message(s) could not be sent. Check that you have network coverage and that your account information is correct. Then try sending again.

According to the Postfix logs, Windows Mobile disconnects directly after having established a TLS connection (using StartTLS). My transparent SMTP proxy for Windows Mobile confirms this observation:

20:48:40 s->c: 220 guust.tuxes.nl ESMTP Postfix (Debian/GNU)
20:48:40 c->s: EHLO Inbox
20:48:40 s->c: 250-guust.tuxes.nl
250-PIPELINING
250-SIZE 52428800
250-VRFY
250-ETRN
250-AUTH DIGEST-MD5 CRAM-MD5
250-ENHANCEDSTATUSCODES
250-8BITMIME
250 DSN
20:48:41 c->s: QUIT
20:48:41 s->s: 221 2.0.0 Bye

Note the “QUIT” issued by the client directly after Postfix’ 250 response to the client’s EHLO.

Entirely disabling authentication solves the communication problems, indicating that there might be a compatibility problem with the authentication mechanisms offered by Postfix (or, actually, by SASL). I’m using SASL authentication, configured in /etc/postfix/sasl/smtpd.conf:

pwcheck_method: auxprop
auxprop_plugin: sasldb
log_level: 3
mech_list: cram-md5 digest-md5

These mechanisms work perfectly with regular modern MUA’s (Mail User Agents) like Mozilla Thunderbird and Outlook… Might Windows Mobile be unable incapable of using cram-md5 or digest-md5? The answer to that question turns out to be “YES”. After adding “login” to the mech_list, Windows Mobile didn’t complain anymore!

Now, there’s still the problem that it seems to be impossible to specify an outgoing SMTP server port in the Windows Mobile messaging tool. Even specifying “guust.tuxes.nl:587″ will not prevent WM from connecting to port 25 on host “guust.tuxes.nl”. I’m on the road a lot and sometimes I’m using my phone’s internal WLAN radio to connect to the internet. Most providers (both mobile and internet service providers) restrict outbound traffic on port 25 as an anti-spam measure, should I reconfigure my mail client everytime I want to send an e-mail?

No! That’s why I wrote an SMTP proxy for Windows Mobile, called “MobileHermes”. It sits in the background, listening on port 25 and proxies traffic to a predefined mail server on a predefined port (which can be other than 25). Final version to be released soon. Very soon.

_smtpProxyMaster.stopServer();
updateMainButtons();

Als je een brood bakt kun je jezelf een bakker noemen, als je een fiets hebt gerepareerd een fietsenmaker en als je post rondbrengt postbode. Youp zegt dat pas als je je geld eraan kan verdienen, je een cabaretier bent.

Maar wanneer ben je chemicus? Ik gooi wel eens wat bij elkaar, maar ik kan absoluut m’n huur niet bij elkaar sprokkelen met mijn alchemie.

Ondertussen heb ik een bachelor diploma en mag ik ‘BSc’ achter m’n naam zetten. Dat mag je na drie jaar studeren. Ik heb niet zo’n ongelooflijk hoge dunk van die drie jaar. Ofwel, ik kijk meer op tegen m’n leraren dan daarvoor en krijg niet de indruk dat ik veel weet (ofwel, begrijp). Ik krijg ook niet het idee dat er werkgevers in Nederland zijn die me een scheikunde-gerelateerde baan aan kunnen (lees: willen) bieden.

Over een jaar hoop ik m’n masterdiploma te krijgen. Tegenwoordig zet je dan heel stoer ‘MSc’ achter je naam. Vroeger ‘drs.’ ervoor. Als je in Amerika na wat vakken toch niet besluit je PhD (hier: doctoraat) te halen, krijg je bij wijze van gouden handdruk (lees: oprotpremie) een Master of Science titel. Niet heel indrukwekkend, zo’n drop-out label. Niet dat een doctorandus titel (vertaald: ‘hij die nog doctor worden moet’) een mooie uitleg heeft. Ik heb begrepen uit ‘Onder Professoren’ je niet trots hoeft te zijn op een drs. titel, tenzij je bezig bent met je promotieonderzoek.

Stel — en ik zal in m’n handjes knijpen als die dag aan mag breken — ik behaal mijn doctoraat. Naast dat ik pseudo-status geniet en in een hogere salarisschaal ingedeeld wordt, is er geen twijfel meer over of ik chemicus ben. Na ondertussen negen jaar ervaring (een dan aanzienlijk deel van mijn leven) is mijn rugzakje wel vol. Vol genoeg om mezelf voor te stellen als volwaardig chemicus.

Maar wanneer ben ik (wordt men) nou chemicus? Op welk moment ben je mens-af en chemicus-aan? Er zijn wat duidelijke momenten (BSc, MSc, PhD) in het opleidingstraject van een chemicus, maar geen van die drie is duidelijk de overgang zelf. Welke van die drie bepaalt nou of je chemicus bent?

Of is het stiekem geen van drie? Is het ergens tussendoor gebeurd? Zijn het de zuurvlekken in m’n labjas die me gedoopt hebben? Is het eelt op m’n handen van het uittreksels schrijven genoeg teken van kennis? Of is spierpijn in m’n rug van het voorover hangen in een zuurkast genoeg? Is een gebroken fles ammonia (p.a. natuurlijk, heb ik weer) naast een leermoment, ook een omslagmoment?

Het tweede Oxfordse trimester, Hilary, is alweer in volle gang. In Oxford gebruikt men nauwelijks de gewone kalender, maar wordt de academische kalender gebruikt om alle data in uit te drukken. Op dit moment is het dan ook donderdag van de vijfde week van Hilary Term. De afgelopen weken waren, zoals gebruikelijk, behoorlijk druk; heb veel tijd doorgebracht in de bibliotheek om te werken aan Problem Sets, maar uiteraard is er in Oxford genoeg afleiding te vinden om even bij te komen van het studeren. Een terugblik op de afgelopen weken:

Sneeuw

Net als in Nederland stond januari hier ook in het teken van sneeuw. Misschien nog wel meer dan Nederlanders weten Engelsen hier bijna geen raad mee: de zoutvoorraden waren al bijna op toen dit in Nederland ook begon te spelen. Bovendien wordt het vrij spaarzaam toegepast: op de stoep was het vooral dan ook een glijpartij, mede dankzij het gegeven dat ook maar weinig mensen hun stoep schoonvegen.

Het gehele dagelijkse leven lijkt hier dan ook stil te vallen als er ook maar een beetje sneeuw ligt of het ook maar even dreigt te sneeuwen. Zo sloot de Social Sciences Library eerder haar deuren vanwege de “severe weather conditions”, ook al had het die dag alleen in de ochtend (licht) gesneeuwd en was een groot deel van de sneeuw alweer verdwenen.

Aan de andere kant leverde de sneeuw natuurlijk wel weer de nodige ijspret op: op de hoofdlocatie van Balliol College was een heuse, levensgrote iglo gebouwd.

IJspret op Balliol: een levensgrote iglo

Veel straten waren door de sneeuw ook vrij onbegaanbaar

Mijn straat in de sneeuw

Burns Night: we hae meat and we can eat

Balliol College is in 1263 opgericht door John de Balliol, en is daarmee een van de oudste colleges van Oxford (in het promotiemateriaal staat zelfs dat “Balliol has a reasonable claim to be called the oldest College of Oxford”, maar over het algemeen wordt aangenomen dat University College en Merton College toch nét iets ouder zijn). John de Balliol was een Schotse edelman en vader van de latere Schotse koning John of Scotland (1292-1296). Balliol College is nog steeds trots op de Schotse roots en om deze reden wordt Burns Night, een belangrijke Schotse feestdag ter ere van de Schotse dichter Robert Burns, nog steeds uitgebreid gevierd in het College.

Some hae meat and canna eat,

And some wad eat that want it;

But we hae meat, and we can eat,

Sae let the Lord be thankit.

Met deze woorden van de Selkilk Grace werd het diner in de College Hall begonnen. Hoofdgerecht van de avond was de haggis, een traditioneel Schots vleesgerecht. Geheel volgens de traditie werd de haggis onder begeleiding van een doedelzak de Hall binnengedragen en gezegend met een Ode aan de Haggis.

Van tevoren had ik behoorlijk wisselende verhalen gehoord over haggis. Een aantal studenten vonden het niet om te eten, en namen als alternatief maar de vegetarische variant, terwijl ik van anderen begreep dat het best lekker was om te eten. Zelf vond ik het best smakelijk en zeker iets om aan anderen aan te raden om uit te proberen. En waar het van is gemaakt? Niet te lang over nadenken, en zeker niet opzoeken op Wikipedia.

De avond ging verder met verschillende (satirische) speeches, onder andere een toast to the lassies (een toast op de vrouwen), gevolgd door een nog satirischer antwoord van de vrouwen. Na de avond in de Hall, waarin whiskey natuurlijk niet mocht ontbreken, zijn we achter de doedelzakspeler in optocht gelopen naar Holywell Manor, waar het feest zich voortzette met traditionele Schotse volksdansen, die meer weg hebben van rugby dan van stijldansen; maar erg vermakelijk waren, zeker aangezien er ook een liveband folkmuziek aan het spelen was.

De doedelzak mocht natuurlijk niet ontbreken

De haggis, met aardappelpuree.

Een glaasje Schotse whiskey mocht niet ontbreken

Op weg naar Holywell Manor, met doedelzakmuziek

Céilidh, een traditionele Schotse volksdans mocht niet ontbreken.

Meer foto’s zijn te vinden in het fotoalbum van Wojtek.

Verder is Femke nog een weekje langsgeweest eind januari; en zijn we nog een weekendje naar Londen geweest. Een van de hoogtepunten was toch wel het bezoek aan de Tower of Londen, waar we werden rondgeleid door een beefeater, een van de oud-soldaten die door de koningin is aangewezen om te dienen als bewaker van het kasteel (en als gids te fungeren). De volgende foto, genomen in de Tower of London wilde ik jullie niet onthouden:

Fem en ik in de Tower of London

Beefeater bij de Tower of London

Naast de Tower of London zijn we ook naar Oliver!, de West End musical geweest; zeer de moeite waard! En verder hebben we natuurlijk ook nog in Oxford de toerist uitgehangen…

Groeten uit Oxford!

Het beeld van de chemische industrie (of scheikunde in het algemeen) is bij de gemiddelde Nederlander niet echt positief. Chemie stinkt, is vies, slecht voor het milieu en nergens goed voor. Om dit beeld te verbeteren is het imagotraject Chemie is overal in het leven geroepen door de Regiegroep Chemie. Samen met de industrie, scholen en universiteiten willen ze de samenleving duidelijk maken wat chemie is en waarom het belangrijk is. Dit doen ze met opvallende posters, filmpjes, straatinterviews, workshops en dergelijke.

Op de website van Chemie is overal is ook het spel Mijn Chemie te spelen. Er is net een nieuwe ronde van start gegaan met 21 vragen binnen het thema “Chemie in het dagelijks leven.” Door het goed beantwoorden van de vragen scoor je niet alleen punten, ook krijg je elementen. Die elementen kun je gebruiken om producten te maken. Wil je een product maken, maar mis je hiervoor een element, dan zit er in het spel ook de mogelijkheid om elementen met andere spelers te ruilen.

Zo leer je dat je voor het maken van een laptop o.a. de elementen silicium en lithium nodig hebt, voor de computerchips respectievelijk accu. Helaas wordt ook vermeld dat silicium wordt gebruikt in LEDs, maar dit is onjuist: silicium is een indirecte halfgeleider en kan daarom niet (zomaar) gebruikt worden voor LEDs.

Op 16 april wordt bekeken wie de hoogste score heeft. Diegene wint een mooie prijs, maar dat is natuurlijk volledig ondergeschikt aan het bemachtigen van de felbegeerde titel Chemie Genie.

Afgelopen vrijdag kondigden we al aan dat we door RTL Autowereld werden geïnterviewd. Gisteravond (14 februari) werd het uitgezonden.

Heb je de uitzending gemist, dan kun je hem hier terug vinden. Het eerste item gaat al direct over over de betreffende auto (Fiat Punto Evo) en de 129 g CO₂.

Eerlijk is eerlijk, ik moet Paul en Krijn bedanken voor hun steun. Nu ben ik zelf in beeld geweest, maar Marks hulp mag niet onopgemerkt blijven. Bedenkd. (Dat is Engels voor bedankt.)

“Kun jij me eens uitleggen wat CO₂ precies is, waar we het tegenkomen en wat 129 g CO₂/km is?”

Die vragen kreeg ik een week geleden van Allard Kalff. Het tv-programma RTL Autowereld wilde graag een uitzending maken naar aanleiding van een nieuwe auto: de Fiat Punto Evo. De auto stoot 129 g CO₂ uit per (gestandaardiseerde) kilometer. En de makers van het programma wilden wel eens weten wat die 129 gram betekent.

Hiervoor hebben ze contact met ons gezocht. Vorige week woensdag (3 feb.) ben ik geïnterviewd door Allard Kalff in een laboratorium van de Universiteit Utrecht.

“We weten dat mensen zuurstof (O₂) inademen en koolstofdioxide (CO₂) uitademen. Bomen ‘eten’ CO₂ op en daar halen ze hun koolstof (C) vandaan om te groeien. Een boom ademt weer zuurstof uit en wij worden blij. Nu is het een kleine stap naar aardolie. Bomen gaan dood, komen onder een laag aarde te liggen, …(wacht een lange tijd)… en wat boom was is nu aardolie. Dat pompen mensen omhoog, maken er onder andere benzine van en dat verbranden wij. Bij verbranding van benzine komt diezelfde koolstof als CO₂ vrij die de boom ooit uit de lucht haalde.” Hier houden de feiten op en begint een enorme data-analyse en discussie over de hoeveelheid CO₂ in de atmosfeer. Daar waag ik me niet aan.

Het verhaal hierboven heb ik ook aan Allard verteld. Ook heb ik hem een hoop interessant glaswerk laten zien dat ik had gevuld met water en voedingskleurstof. Ik heb daarbij verteld dat dit de manier is om in Hollywood een interessant chemisch lab na te bootsen. Terwijl ik dat zeg, stort ik een enorme berg vast CO₂ (aka ‘droogijs’) in het gekleurde water. Dat begint te borrelen (verdampend CO₂) en te roken (condenserend watergas).

Spannend! Ik ben benieuwd wat ze allemaal uitzenden, of wat nog interessanter is, wat ze eruit geknipt hebben. Het verhaal waarin ik uitleg wat CO₂ is en wat 129 gram is, zullen ze er natuurlijk wel ingezet hebben, dus dan zien jullie dan wel. Wanneer?

Datum: Zondag 14 februari 2010
Tijd: 17.30h
Zender: RTL 7
Programma: RTL Autowereld

Wel allemaal kijken he? Maandag zal ik een linkje plaatsen. Hieronder alvast een preview van de onzinnige opstelling met water, voedingskleurstof en droogijs.

De bovenste foto is een screenshot van het tv-programma RTL Autowereld en de onderste foto is genomen door Ko Tilman. Bedankt.

While searching for something else I happened to come across one of my first posts to the ntdom list in November 2000.

My post is a simple question about a Samba crash that I myself no doubt had introduced. I'm sure I could have found a solution to it by using Google - excuse me, AltaVista - but I still received a friendly reply from Jerry explaining me to use GDB. I'm not too embarrassed, at least I used proper punctuation and wrote somewhat comprehensible English.

It's also strange to realize it's already been almost ten years since I started hacking on the Samba project.

In de natuurwetenschappen worden een heleboel eenheden gebruikt. Vaak worden hiervoor SI-eenheden gebruikt, bijvoorbeeld Watt voor vermogen, Joule voor energie, Coulomb voor lading en Newton voor kracht. Andere voorbeelden zijn de mol voor een hoeveelheid stof, meter voor afstand, seconde voor tijd en natuurlijk de kilogram voor massa. Maar niet al die eenheden zijn ‘fundamentele’ eenheden, het merendeel van de eenheden zijn zogeheten afgeleide eenheden.

Het SI-stelsel kent zeven basiseenheden, de meter, seconde, kilogram, mol, kelvin, ampère en candela. Alle andere eenheden kunnen hiervan worden afgeleid. Een newton is bijvoorbeeld de kracht die nodig is om een object van één kilogram te versnellen met één m/s², oftewel 1 N = 1 kg m/s². Een joule is weer de energie die nodig is om met een kracht van 1 N een object 1 m te verplaatsen, dus in feite is 1 J = 1 N m = 1 kg m²/s². De watt is weer één joule per seconde, dus 1 W = 1 J/s = 1 kg m²/s³.

Zo zijn er nog veel meer voorbeelden te verzinnen. Allemaal leuk en aardig, maar je zult wel moeten afspreken wát nu precies een meter, seconde en kilogram is. Het handigste is om basiseenheden te definiëren aan de hand van natuurconstanten zoals de lichtsnelheid. Bij de meter en seconde is dit ook gedaan. Eén meter is exact gelijk aan de afstand die licht in 1/299.792.458 deel van een seconde aflegt. Met andere woorden, de lichtsnelheid is per definitie 299.792.458 m/s. De seconde is op haar beurt weer gedefinieerd als de duur van 9.192.631.770 perioden van elektromagnetische straling afkomstig van (een overgang tussen de twee hyperfijne energieniveau’s van de grondtoestand van) een cesium-133 atoom.

Dit klinkt misschien een beetje ingewikkeld, maar zulke definities hebben een heel groot voordeel: je kunt ze overal en altijd reproduceren en gebruiken. Vroeger was de meter de lengte van een bepaalde platina-iridium staaf die ergens in Frankrijk lag, maar daar had de rest van de wereld natuurlijk weinig aan. De snelheid van het licht is daarentegen overal hetzelfde en ook cesium-133 atomen zijn overal identiek, dus iedereen kan deze definities gebruiken.

Maar dit geldt niet voor de kilogram. De kilogram is nog steeds gedefinieerd als de massa van die ene platina-iridium cilinder uit 1884 (!) in een kluis in Parijs, de IPK (International Prototype Kilogram). Er zijn een aantal replica’s van de IPK, maar dat helpt ook niet echt, vooral niet als blijkt dat de massa’s van deze replica’s en de IPK steeds meer beginnen te verschillen. Er wordt dus al een tijdje gesteggeld over wat nu een goede, reproduceerbare manier is om een kilogram te definiëren.

Er zijn een aantal opties, maar mijn favoriet, als chemicus, is dat we het getal van Avogadro vastzetten (in plaats van experimenteel bepalen). Je maakt gebruik van het feit dat één mol koolstofatomen exact 0,012 kg is, waardoor we atomen kunnen gaan tellen om tot een kilogram te komen.

Natuurlijk ga je niet één voor één atomen tellen. Een praktische uitwerking is bijvoorbeeld dat je een perfecte bol van silicium maakt. De straal van de bol is zeer nauwkeurig te meten, tot op 0,3 nm. Dankzij de halfgeleiderindustrie kan er super zuiver silicium worden gemaakt. Ook de relatieve atoommassa’s van de siliciumisotopen zijn nauwkeurig bekend. Verder heb je de afstand tussen de siliciumatomen in de bol nodig, dit kun je meten met rontgendiffractie. Samen met het volume van de bol (uit de straal) kun je dan het aantal atomen bepalen en dus de massa, zonder een weegschaal te gebruiken. De silicium bal kun je vervolgens als referentie gebruiken.

Het voordeel van zo’n definitie is dat iedereen zijn éigen kilogram kan maken en niet afhankelijk is van een kilogram in Parijs. Gaat het stuk, dan kun je weer een nieuwe maken zonder al te veel narigheid.

Jammer genoeg gaat er veel politiek achter het maken van een afspraak als deze. Het zal dus nog een tijdje duren voordat we een definitie van de kilogram hebben waar zelfs de exactste wetenschapper het mee eens is.

Hèhè, eindelijk. Hij is af en online.

In antwoord op een lezersvraag gaf Mark al eens wat ideeën voor een scheikundig profielwerkstuk (PWS). Al snel kwamen we erachter dat dit enorm veel bezoekers (middelbare scholieren?) trok. Het blijkt dat veel bezoekers ons vinden met zoekwoorden als ‘profielwerkstuk’, ‘onderwerp’ en ‘scheikunde’.

¹H en ¹H is ²He — al is dat meer natuurkunde — dus dus deden wij de oproep om met ideeën te komen voor een profielwerkstuk over scheikunde. Dit hebben we allemaal verzameld tot één pagina: de Profielwerkstuk pagina. Sinds gisteravond is deze pagina ook bereikbaar via het menuutje bovenaan de pagina.

*applaus en gejuich*

Neemt niet weg dat we nog altijd graag ideeën binnen krijgen en ze met liefde toe zullen voegen aan de bestaande lijst. Als het maar naar chemie ruikt.

Een studiegenoot van mij wees me op een chemische landkaart die hij samen met Jasper Landman en Marte van der Linden heeft bedacht. Jasper heeft deze kaart later uitgewerkt, samen met Marte. Fantastisch werk. Veel woordgrappen en chemische verwijzingen. De enige inside joke die niet-Utrechtse scheikundestudenten er niet uit zullen halen is ‘PK’ (dat staat voor Proton Kamer, de studentenkamer voor mensen van mijn studentenvereniging).

Het copyright van deze afbeelding ligt bij Jasper Landman, Marte van der Linden en Roel Baars. Klik op de afbeelding voor een vergroting. Klik hier voor super groot.

Kunnen jullie alle woordgrappen en verwijzingen eruit halen?

Eclipse TPTP (Test & Performance Tools Project) is a very cool and nifty tool to monitor your application performance. Especially when designing, implementing and testing algorithms (for example, on huge graphs, like I’m working on) it is very useful to know the exact amount of memory an algorithm is using. Important information when comparing multiple algorithms to each other. But what to do when TPTP refuses to profile your project, complaining “IWAT0435E An error occurred when connecting to the host”?

Error messages you might encounter are like: “an error occurred when connecting to the host” and “the launch requires
at least one data collector to be selected”.

Actually (you wouldn’t say!), TPTP is complaining about not being able to connect to the Integrated Agent Controller. That’s the part of TPTP responsible for monitoring your application and sending information to Eclipse. Most probably, TPTP was installed to your Eclipse plugins directory (“/home/bas/.eclipse/org.eclipse.platform_3.5.0_155965261/plugins” in my case).

Check out whether you’re able to start the IAC by hand, this is what happened when I tried to do so:

$ ~/.eclipse/org.eclipse.platform_3.5.0_155965261/plugins/org.eclipse.tptp.platform.ac.linux_em64t_4.4.201.v200909111644/agent_controller/bin/ACStart.sh

Starting Agent Controller.
ACServer: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
ACServer failed to start.

Clearly, the Agent Controller was built against old C++ libraries which were no longer available on my system (Ubuntu 9.10 Karmic Koala, amd64). The package “libstc++5” from Ubuntu 9.04 Jaunty Jackalope contains the missing library, installing the package will solve the problem:

wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/g/gcc-3.3/libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb
sudo dpkg -i libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb

Now, trying to manually start the IAC should generate an entirely different message, like this:

$ ~/.eclipse/org.eclipse.platform_3.5.0_155965261/plugins/org.eclipse.tptp.platform.ac.linux_em64t_4.4.201.v200909111644/agent_controller/bin/ACStart.sh

Starting Agent Controller.
sh: ./SetConfig.sh: not found
Error reading the Agent Controller configuration file. Please check for valid configuration.Could not start Agent Controller.ACServer failed to start.

Although it looks a bit dramatic, it’s nothing to get too worried about. Just restart Eclipse and try the “Profile” button once more. TPTP should work like a charm!

I went to Jonathan Corbet's yearly update of the status of the Linux kernel. He talked about the various big changes that went into the kernel over the last year as well as the development processes. The Linux kernel is probably one of the largest open source projects, and very healthy - there are a lot of individuals and companies contributing to it. With this size
comes a few interesting challenges coping with the flow of changes into Linus' tree. Their current processes seem to deal with this quite well, and don't seem to need a lot of major changes at the moment.

His talk also included the obligatory list of features that landed in the last year. The only one that really matters to me is the Nouveau driver, which I'm looking forward to trying out.

The second talk I went to in the morning was Selena Deckelmann's overview of the Open Source database landscape. She mentioned there's new projects started daily, but it was still a bit disappointing not to see TDB up there.

After lunch Rob gave a talk about Subunit, introducing to the ideas behind the Subunit protocol as well as presenting an overview of the tools that are available for it and the projects that have Subunitized as of yet. It's exciting to see the Subunit universe slowly growing, I wasn't aware of some of the projects that are using it. The recently announced
testrepository also looks interesting, even though it is still very rudimentary at the moment.

In the evening Tridge, Rusty, Andrew, Jeremy,AJ and I participated in the hackoff as the "Samba Team".

The hackoff was a lot of fun, and consisted of 6 problems, each of which involved somehow decoding the data file for the problem and extracting a short token from it in one way or another, which was required to retrieve the next problem. We managed to solve 4 problems in the hour that the organizers had allocated, and ended first because we were a bit quicker in solving the 4th problem than the runner-ups. No doubt the fact that we were the largest team had something to do with this.

I hung out with some of the awesome Git and Github developers in the Malthouse in the evening, and talked about Dulwich, Bazaar and Launchpad ("No *really*, I am not aware of any plans to add Git support to Launchpad.").

On Tuesday we had the "Launchpad" mini-conf, which featured talks from various Launchpad developers about different parts of Launchpad as well as from community members about their use of Launchpad. It wasn't necessarily about hosting projects on Launchpad, but rather about how various projects could benefit from Launchpad.

I popped out of Launchpad track for a bit to attend Andrews talk about the current status of Samba 4. He did a nice job of summarizing the events in the last year, the most of import one of course being the support for DC synchronization. I'm proud we've finally managed to pull this off - and hopefully we'll actually have a beta out next year. We have been saying "maybe next year" for almost 4 years now when people asked us for estimates of a release date.

In the afternoon I gave the talk about Launchpad code imports and code reviews that I had prepared with Aaron earlier. We had planned to give the talk together, but I unexpectedly ended up giving it by myself because of some confusion about the schedule.

Linux.Conf.Au has a reputation for being one of the best FLOSS conferences in the world, and it more than met my (high) expectations. The last one I attended was also in New-Zealand, but further south - in Dunedin.

As usual there were miniconfs the first two days before the actual conference. On the first day I attended some of the talks in the Open Languages track.

mwhudson gave a talk about pypy - Python implemented in Python. He discussed the reasons for doing what they do and the progress they've made so far. Like so many of the custom Python implementations, one of the main thing that's holding them back is the lack of support for the extensions written in C for CPython.

Rusty gave a quick tutorial to talloc/ after lunch ("it's a shame K&R didn't think of this!") and explained why it's so great.

In the afternoon I caught some of the talks in the distro summit track. Both of the talks that I attended happened to be Ubuntu-related - first Dustin gave a quick introduction to the components of Launchpad, followed by a talk from Lucas about the
relationship between Ubuntu and Debian. There was a discussion afterwards about
interoperability between the various hosting sites and bug trackers. Several audience members questioned the relevance of Debian and suggested everything should just switch to Launchpad, but this seemed to be founded in ignorance. (none were actually Launchpad developers, contrary to the impression Martin seems to have).

De wereld van de vloeibare kristallen stond kort geleden even op zijn kop. De “Assepoester van de vloeibare kristallen” was eindelijk, veertig jaar nadat deze theoretisch was voorspeld, onomstotelijk experimenteel gevonden. Voordat ik ga uitleggen wat er nu precies is gevonden, zal ik eerst vertellen wat een vloeibaar kristal eigenlijk is.

Veel stoffen komen voor in drie fasen: als vaste stof, vloeistof en gas. Van de vaste stoffen hebben er veel een kristalstructuur, de atomen, moleculen of ionen zijn in alle richtingen netjes gerangschikt. Je kunt ook zeggen dat er in een kristal orde is in alle drie de dimensies.

Ga je een kristal verwarmen zodat het smelt, dan verdwijnt die orde tegelijk in alle drie de dimensies, zo zou je denken. Bij de meeste stoffen in ons dagelijks leven is dit ook zo, maar dat is alleen maar zo omdat de atomen/moleculen/ionen waaruit die stof bestaat, ongeveer bolvormig (of erg flexibel) zijn.

Wanneer de moleculen niet ongeveer bolvormig zijn, gebeurt het soms dat de wanorde niet tegelijk in alle richtingen toeslaat. Je krijgt dan iets dat tussen een kristal en een vloeistof in zit, vandaar de naam vloeibaar kristal. Voor staafvormige deeltjes krijg je bijvoorbeeld een vloeibaar kristal waarin alle staafjes dezelfde kant op wijzen, terwijl ze wel vrij alle kanten op kunnen bewegen, zoals in het plaatje hiernaast. Dit heet met een duur woord een nematische fase.

Vloeibare kristallen kun je niet alleen krijgen met niet-bolvormige moleculen, maar ook met colloïden. Colloïden zijn deeltjes tussen de 1 nm en 1 µm. Ze kunnen van allerlei materialen (zoals plastic en silica) en in allerlei vormen worden gemaakt. Wanneer je staafvormige colloïden in een oplosmiddel stopt, kun je net als bij de staafvormige moleculen een nematische fase krijgen. Dit gebeurt puur doordat de afmetingen van de deeltjes in één richting (de lengte) duidelijk anders zijn dan in de andere twee richtingen.

Maar wat gebeurt er als we colloïden maken waarvan de afmetingen in alle drie de dimensies anders zijn? Dit is bijvoorbeeld het geval voor plaatvormige deeltjes met lengte L, breedte B en dikte D die alledrie van elkaar verschillen, zoals in de afbeelding hiernaast. Uit theoretische voorspellingen is gebleken dat wanneer de verhouding van lengte en breedte ongeveer gelijk is aan de verhouding van breedte en dikte er een zogeheten biaxiale nematische fase zou moeten vormen.

Met een biaxiale nematische fase wordt bedoeld dat deeltjes oplijnen langs twee assen (bi-axiaal). De deeltjes wijzen dus niet alleen dezelfde kant op, ze staan ook nog eens met dezelfde kant naar elkaar toe, zoals in onderstaand plaatje is geschetst.

Het spannende is nu dat dit type vloeibaar kristal al veertig jaar geleden was voorspeld. Tot nu was echter nog nooit onomstotelijk experimenteel bewezen dat het ook écht bestond. Promovenda Esther van den Pol aan de Universiteit Utrecht is er in geslaagd om deze fase aan te tonen. Dit is gedaan met plaatvormige goethiet (α-FeOOH) colloïden met afmetingen van 254 x 83 x 28 nm, oftewel L/B = 3,1 en B/D = 3,0. Zoals je ziet zijn L/B en B/D inderdaad ongeveer gelijk aan elkaar, zoals de theorie voorspelde.

At the moment I am returning home after three very productive and awesome weeks in Wellington, Sydney and Strasbourg.

I spent the first week in the West Plaza in Wellington, working together with fellow Launchpad developers on getting the basics of building from branches working. We eventually managed to get something working at the end of Friday afternoon. We split the work up at the beginning of the week and then worked on it in pairs for a couple of days before integrating all work on Friday. At the end of the week William managed to get a basic source package build from recipe through the queue.

Pair-programming with Jono and Michael was very educational, I suspect I'll be a fair bit quicker when I get back to hacking on Launchpad by myself. It's scary to see how some people can make the changes that would take me a full day in a mere hour.

Tim picked up my initial work on support for Mercurial imports and completed and landed it during the sprint. Since the rollout on Wednesday it is possible to request Mercurial imports on Launchpad. Most imports (e.g. mutt, dovecot, hg) seem to work fine, with the main exception being the really large Mercurial repositories such as OpenOffice.org and OpenJDK. This is because of (known) scaling issues that will be fixed in one of the next releases of bzr-hg.

This was the first time I was back in Wellington since 2006, and the weather this year was exactly as I remembered it; showers and wind, with the occasional day of sunshine. For a capital the city centre is quite small, but it has its charm and the view from the various hills around the bay is
amazing.

On the weekend I met up with Andrew and Kirsty and we did some hiking around Wellington (where the weather allowed it).

Wat is dit? Waarom? Wat is het idee hierachter? Is opa één geworden? Of is er één iemand bij gekomen? Heet deze familie ‘Hydrogen’ van achteren? De foto heet ‘james.jpg’. Is dat een hint? Waarom heeft deze familie (?) dit gedaan? Zit er een logica achter de kleur van de shirts, of hebben ze zelf een kleur uit mogen kiezen? WAT IS DEEZ?

Foto gevonden op Awkward Family Photos, bedankt voor de tip Ionica

Sometimes a hard disk is hinting on an upcoming failure. Some disks start to make unexpected sounds, others are silent and only cause some noise in your syslog. In most cases the disk will automatically reallocate one or two damaged sectors and you should start planning on buying a new disk while your data is safe. However, sometimes the disk won’t automatically reallocate these sectors and you’ll have to do that manually yourself. Luckily, this doesn’t include any rocket science.

A few days ago, one of my disks reported some problems in my syslog while rebuilding a RAID5-array:

Jan 29 18:19:54 dragon kernel: [66774.973049] end_request: I/O error, dev sdb, sector 1261069669
Jan 29 18:19:54 dragon kernel: [66774.973054] raid5:md3: read error not correctable (sector 405431640 on sdb6).
Jan 29 18:19:54 dragon kernel: [66774.973059] raid5: Disk failure on sdb6, disabling device.

Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180513] sd 3:0:0:0: [sdb] Unhandled sense code
Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180516] sd 3:0:0:0: [sdb] Result: hostbyte=DID_OK driverbyte=DRIVER_SENSE
Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180521] sd 3:0:0:0: [sdb] Sense Key : Medium Error [current] [descriptor]
Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180547] sd 3:0:0:0: [sdb] Add. Sense: Unrecovered read error – auto reallocate failed
Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180553] sd 3:0:0:0: [sdb] CDB: Read(10): 28 00 4b 2a 6c 4c 00 00 c0 00
Jan 29 18:20:11 dragon kernel: [66792.180564] end_request: I/O error, dev sdb, sector 1261071601

Modern hard disk drives are equipped with a small amount of spare sectors to reallocate damaged sectors. However, a sector only gets relocated when a write operation fails. A failing read operation will, in most cases, only throw an I/O error. In the unlikely event a second read does succeed, some disks perform a auto-reallocation and data is preserved. In my case, the second read failed miserably (“Unrecovered read error – auto reallocate failed“).

The read errors were caused by a sync of a new RAID5 array, which was initially running in degraded mode (on /dev/sdb and /dev/sdc, with /dev/sdd missing). Obviously, mdadm kicked sdb out of the already degraded RAID5-array, leaving nothing but sdc. That’s not something to be very happy about…

The only solution to this problem, was to force sdb to dynamically relocate the damaged sectors. That way, mdadm wouldn’t encounter the read errors and the initial sync of the array would succeed.  A tool like hdparm can help you with forcing a disk to reallocate a sector, by simply issuing a write command to the damaged sector. First, check out the number of reallocated sectors on the disk:

$ smartctl -a /dev/sdb | grep -i reallocated

5 Reallocated_Sector_Ct   0×0033   100   100   005    Pre-fail  Always       -       0
196 Reallocated_Event_Count 0×0032   100   100   000    Old_age   Always       -       0

The zeroes at the end of the lines indicate that there are no reallocated sectors on /dev/sdb. Let’s check whether sector 1261069669 is really damaged:

$ hdparm –read-sector 1261069669

/dev/sdb: Input/Output error

Now, issue the write command (note that hdparm will completely bypass regular block layer read/write mechanisms) to the damaged sector(s). Note that the data on these sectors will be lost forever!

$ hdparm –write-sector 1261069669 /dev/sdb

/dev/sdc:
Use of –write-sector is VERY DANGEROUS.
You are trying to deliberately overwrite a low-level sector on the media
This is a BAD idea, and can easily result in total data loss.
Please supply the –yes-i-know-what-i-am-doing flag if you really want this.

Program aborted.

$ hdparm –write-sector 1261069669 –yes-i-know-what-i-am-doing /dev/sdb

/dev/sdb: re-writing sector 1261069669: succeeded

$hdparm –write-sector 1261071601 –yes-i-know-what-i-am-doing /dev/sdb

/dev/sdb: re-writing sector 1261071601: succeeded

Now, use hdparm again to check the availability of the reallocated sectors:

$ hdparm –read-sector 1261069669

/dev/sdb:
reading sector 1261069669: succeeded
(a lot of zeroes should follow)

And using SMART we can check whether the disk has registered two reallocated sectors:

$ smartctl -a /dev/sdb | grep -i reallocated

5 Reallocated_Sector_Ct   0×0033   100   100   005    Pre-fail  Always       -       2
196 Reallocated_Event_Count 0×0032   100   100   000    Old_age   Always       -       2

It’s actually quite simple to force mdadm to continue using sdb as if nothing ever happened:

$ mdadm –assemble –force /dev/md3 /dev/sdb6 /dev/sdc6

(mdadm will complain about being forced to increase the event counter of sdb6)

$ mdadm /dev/md3 –add /dev/sdd6

And a few minutes later, the array is as good as new!

Nu de helden van de Periodic Table of Videos het periodieke systeem compleet hebben, zijn ze begonnen met het maken van video’s over moleculen. Ging hun eerste video nog over koningswater, nu praten ze in een tweedelige video over een minder exotisch, maar wel problematisch molecuul: CO₂. In deel één laten ze koolstofdioxide niet alleen in haar normale verschijningsvormen als gas en vaste stof (droogijs) zien, maar laten ze ook zien dat bij hoge druk koolstofdioxide vloeibaar kan worden.

Dat we in normale omstandigheden alleen vast en gasvormig CO₂ tegenkomen, kunnen we zien als we naar het fasediagram ervan kijken. In een fasediagram kun je vinden in wat voor fase (vast, vloeibaar, gas) je een stof tegenkomt bij een bepaalde druk en temperatuur. In onderstaand fasediagram zie je dat CO₂ bij standaard temperatuur en druk (aangegeven met “STP” van “Standard Temperature and Pressure”, 25 ºC en 1 atm) een gas is. Ga je naar lagere temperaturen —in het fasediagram ga je dan naar links— dan zie je dat je direct van een gas naar een vaste stof gaat.
Wil je CO₂ in haar vloeibare fase krijgen, dan zul je de druk flink moeten verhogen; minimaal tot de druk die hoort bij het tripelpunt. Het tripelpunt is als een drielandenpunt. Op exact de druk en temperatuur van het tripelpunt is een stof tegelijk in de vaste, vloeibare en gasfase. Bij bijvoorbeeld water is de druk van het tripelpunt lager dan de atmosferische druk. Daarom zien we vast water —ijs— eerst smelten en daarna pas koken. Dat kooldioxide hierin afwijkend is, ligt dus alleen maar aan de ligging van het tripelpunt.

Terug naar de video. Al eerder schreven we dat je een metaalbrand echt niet moet blussen met een CO₂ blusser, tenzij je een pyromaan bent natuurlijk. Dit laten ze mooi zien in deel twee van hun video:

Wie weet waar ik zo’n droogijskanon kan kopen?

Recht vanuit de ‘virtuele’ cultuur van het Internet, een website vol hipheid: Nerdfighters.

“Here at Nerdfighters.com, we’re about bringing nerdfighters together to increase awesome and decreasing world suck.”

Ze hebben een blog, een forum, video’s en foto’s, een wiki en nings. Helemaal het nieuwe cool-zijn en meedoen met alles waar post-modernistisch internetten om draait. Brought to you since 2007. Ze promoten het Fantastische Koninkrijk der Nerderigheid. Fantastisch.

Okay, ik geef het toe: ik had nog nooit van deze plek op Internet gehoord. Tot gistermiddag, toen onze trouwe girl-fan Ionica mij de volgende tip mailde. Een van de Nerdfighters Hank “Eco Geek” Green legt hier uit wat scheikunde is. Jammer dat de video zo verknipt is. En hij ruikt naar organicus.

Dank je voor de tip, Ionica.

Ik hou enorm van een goeie film met een origineel verhaal, goeie acteurs, sterke dialogen en een nieuw wereldbeeld.

Nu kun je de verhaallijn origineel maken, maar ook de wereld waarin het verhaal zich afspeelt: Lord of the Rings, Harry Potter en vooral Avatar. De wereld waarin het verhaal zich afspeelt bestond al, maar door er een creatieve en originele draai aan te geven, ziet iedereen een nieuwe wereld. Een succesformule.

Nu kun je ook nog een stapje dieper gaan. Science-fiction. Ik ben enorme fan van zowel science als fiction, net als de combinatie ervan. Natuurlijk moet ik als ik zoiets kijk, wel wat flexibeler zijn in m’n hoofd. Ik moet accepteren dat de fysica achter een improbability drive niet helemaal sluitend is, maar daardoor niet minder grappig. Ook heb ik er geen problemen mee als iemand opschept over z’n ruimteschip dat wel drie keer sneller kan dan de lichtsnelheid. En dat hij een race uitvloog onder de zoveel parsec.

Maar nu is er een categorie sci-fi waar ik wél problemen mee heb. De soort waarbij het wereldbeeld niet fictief is, maar waarbij fenomenen niet lijken te kloppen. Gisteravond ‘genoten’ van Resident Evil met de mooie Milla Jovovich in de hoofdrol. Voor iedereen die de serie (films) niet kent: het grote bedrijf Umbrella heeft een virus gemaakt. Verrassend genoeg ontsnapt dit virus en laat mensen in zombies veranderen. Natuurlijk komt de kijker dit twee scènes eerder te weten dan Het Reddingsteam. Gelukkig is daar een goed getrainde marinier met een scherp deductievermogen. Hij toont aan dat er iets niet in orde is met het bloed dat hij op de grond vind: “There’s something wrong with this blood. Blood only coagulates when you’re dead.”

Nadat de film afgelopen was en op IMDb becijferd, ben ik maar een meer chemisch ingestelde film met Milla Jovovich gaan kijken: The Fifth Element.

Vanmiddag zag ik een TED talk door de fysicus Steven Cowle. Hij pleit voor het versnellen van het onderzoek naar kernfusie. Omdat de energiebronnen die we nu gebruiken over een tijdje op zijn, moeten we gaan inzetten op zonne-energie (waaronder ook windenergie en waterkracht vallen), kernsplitsing en kernfusie. In deze TED talk legt hij simpel uit hoe en waarom.

Vorige week zag ik een TED talk door gerontoloog Aubrey de Grey. Een fantastisch praatje omdat alles in je schreeuwt dat hij niet gelijk heeft, maar je kan niet zeggen waarom. Hij zegt waarom hij ongelijk zou kúnnen hebben, maar geeft direct tegenargumenten. Waarover hij praat? Mensen moeten stoppen met ouder worden. Hij vertelt gelukkig ook wanneer we dat moeten doen.

Een periodiek systeem dat bestaat uit échte elementen. Het bestaat echt, maar het kost je wel een serieuze zak geld. Op een onderwijsbeurs vlakbij de Universiteit van Nottingham was zo’n periodieke collectie te zien en De Professor van Periodic Videos nam een kijkje.

Dergelijke displays zijn te koop vanaf zo’n 4000 euro. Dus, hierbij een voorstel. We houden een inzamelingsactie. Iedereen doneert minimaal 10 euro en bij 4000 euro kopen we zo’n ding. Natuurlijk zal onze universiteit een grote donatie geven. We zetten hem neer op een mooie plek waar veel mensen (en natuurlijk ook aankomende studenten) er van kunnen genieten.

Terug naar de realiteit. Ik zie het niet snel gebeuren dat de universiteit dit zou aanschaffen, maar het zou natuurlijk wel super gaaf zijn om alle elementen bij elkaar te hebben. Want zeg nou zelf: hoeveel elementen heb jij in elementaire vorm in je handen gehad? Ik kom niet veel verder dan 26 elementen, waaronder maar een paar exotische, zoals silicium, argon, palladium, platina, kwik, en bismut. Dit terwijl er 92 elementen zijn die van nature voorkomen. Dat betekent dat ik dus zo’n 70% nog nooit in elementaire vorm heb gezien. Stiekem best wel jammer. Misschien moet ik maar eens een verzameling beginnen.

Ik kijk nu al een tijdje naar het periodiek systeem en ik denk dat bismut mijn favoriete element is. Waarom? Kijk maar naar onderstaand plaatje. Dat ziet er toch prachtig uit!

Wat is jullie favoriete element?

Het bedrijf O2 Spa Bar verkoop vloeibaar zuurstof. Opgelost in water.

Hallo! Oplichterij-alarm!

Goed, nog een keer. Er is een bedrijf, dat vloeibaar zuurstof verkoopt. Niet onder druk, niet voor de industrie en al helemaal niet op temperaturen die je lichaam kapot maken. Waarom? Een vertaling van de site:

De chemische componenten in Liquid Oxygen zijn gedestilleerd water, natriumchloride, opgelost zuurstof en essentiële spoormineralen. De soorten zuurstof die gevonden kunnen worden in Liquid Oxygen zijn onder andere O2 en O4. Het actieve ingrediënt in Liquid Oxygen is een relatief stabiel ontluikend molecuul van zuurstof in de vorm van O4.

Dus ze verkopen kraanwater. En er zit maar één ding in waar ik nog nooit van gehoord heb. O₄. Ik ken gewoon zuurstof (O₂), ik ken ozon (O₃) maar O₄? Het bedrijf claimt dat het stabieler is dan opgelost O₂ en ozon. Waar gebruik je deze onzin dan voor? Ik vertaal:

Liquid Oxygen is een geconcentreerd zuurstofproduct waarvan bewezen is dat het de algemene gezondheid verbetert. Gebruik O2 Spa Bar Liquid Oxygen druppels als een alternatief gezondheidsproduct voor stress management, gezondheid en fitness, om beschadigingen aan het lichaam sneller te herstellen, en nog veel meer.

Legendarisch op dit soort sites zijn natuurlijk de Blije-Klanten-Verklaringen. Dit zijn korte bekentenissen waarin quasi-anonieme Amerikanen uit verschillende staten vertellen over hun ervaringen. Dit keer begint de lijst met het genezen van hoofdpijn, vermoeidheid en jetlags. Dan gaat het verder met katers, slapeloosheid en afvallen. Tussendoor nog wat verklaringen over hoe natuurlijk dit product is, om af te sluiten met berichten over het stoppen met roken, genezen van astma, bronchitis en griep. En je voelt je er jaren jonger door.

Waar ik het hardst om moest lachen is dat dit fantastische product beschikbaar is in een mannen- en vrouwenuitvoering (iets met zoutconcentraties) en dit allemaal voor een marginale prijs van $24.99.

Als je Ester heet, kun je de structuurformule van een esterbinding op je pols tatoeëren. Dan kun je aan al je vriendjes en vriendinnetjes trots laten zien hoe je heet, nerdstyle.

Als serotonin je favoriete neurotransmitter is, kun je die ook op je zijkant tatoeëren. Wel een beetje groot natuurlijk.

Op het Science Tattoo Emporium laten rechtgeaarde nerds (lees: natuurwetenschappers) zien wat zij belangrijk genoeg vonden om op hun lichaam te tatoeëren. Ik heb me slap gelachen, maar heb diep respect voor hun toewijding. Mijn vraag aan jullie: welk (scheikundig) thema/denkbeeld/theorie/voorwerp zouden jullie als tatoeage voor altijd bij je willen dragen?

Meer hoogtepunten hieronder.

Het is toch wat met die televisieprogramma’s. Eerder schreven we al over de Keuringsdienst van Waarde. Zij beweerden dat er gemalen fietswrakken in cornflakes zaten. Maar ook op het consumentenprogramma TROS Radar moet je niet blindelings vertrouwen, als we emeritus hoogleraar consumententechnologie Paul Terpstra mogen geloven, zo bericht de Telegraaf.

Radar voerde begin 2009 een wasmiddelentest uit (uitzending, uitslag). De test werd uitgevoerd door studenten en docenten van het Hoger Laboratorium Onderwijs Leiden. Een wasmiddel genaamd ‘Formil’ van de Lidl kwam als beste uit de test en hier wordt nog steeds mee geadverteerd. Helaas, volgens Terpstra is de test niet goed uitgevoerd. Alle tests zijn maar één keer uitgevoerd, er is geen gebruik gemaakt van gestandaardiseerde vuil- en vlekkendoeken, de resultaten zijn niet objectief genoeg bekeken en de resultaten zijn niet statistisch getoetst, aldus Terpstra.

Terpstra heeft de resultaten van Radar vergeleken met resultaten van onderzoeksinstituut Sohit. Dit instituut voert vergelijkingsonderzoeken uit voor consumentenorganisaties volgens internationaal erkende normen. De tests van Sohit geven een ander beeld en Formil is volgens Sohit zeker niet de beste. Radar doet de kritiek af met: “Wij hebben echter niet het budget om het onderzoek bij een dergelijk instituut te laten doen.” Doe goed onderzoek of doe het niet!

Waar ik zelf nog twijfels bij heb, is de zetmeeltest die wordt uitgevoerd. Bij een oplossing van zetmeel in water wordt wat jood (I₂) gevoegd. Er wordt een complex tussen het jood en het zetmeel gevormd wat voor een diepblauwe kleur zorgt. Vervolgens wordt er wasmiddel toegevoegd en wordt er gekeken hoe snel de blauwe kleur verdwijnt. Dit zou een maat zijn voor de hoeveelheid zetmeel die door het wasmiddel wordt afgebroken. Ze vergeten dat de blauwe kleur ook verdwijnt als het jood wordt gereduceerd tot jodide (I^-). Dit is niet onwaarschijnlijk: het op deze manier laten verdwijnen van de kleur wordt in de praktijk zelfs veel gebruikt, bijvoorbeeld bij jodometrie. Hierbij is zetmeel dus de indicator voor de aanwezigheid van jood.

Sterker nog, de reductie van jood (dit keer in afwezigheid van zetmeel als indicator) wordt ook gebruikt in reclames! Zie bijvoorbeeld onderstaande, hele oude, reclame voor Vanish Oxi Action.

Er wordt gezegd: “…zelfs als je de was extra vies maakt met jodium, verwijdert Vanish moeiteloos de meest lastige vlekken.” Jodium is een oplossing van jood (I₂) en natriumjodide (NaI) in een mengsel van water en ethanol. De vieze bruine kleur is afkomstig van jood; natriumjodide is kleurloos. Je ziet in het filmpje inderdaad de kleur snel verdwijnen, maar waardoor komt dit? Simpel: het jood wordt gereduceerd tot het kleurloze jodide door een reductor. Hier wordt vaak een milde reductor zoals natriumthiosulfaat (Na₂S₂O₃) voor gebruikt. Deze reactie is middelbare school redoxchemie en is als volgt (Binas tabel 48):

Het jood is dus zeker niet weg. Je ziet het alleen niet meer.

Terug naar de wasmiddelentest van Radar. Het is op basis van de tests van Radar niet te zeggen of de kleur verdwijnt omdat het zetmeel wordt afgebroken of omdat het jood wordt omgezet tot jodide door de aanwezigheid van een reductor zoals thiosulfaat in het wasmiddel.

Hoe zou je wel kunnen aantonen welke van de twee wordt afgebroken? Simpel, door opnieuw een beetje zetmeeloplossing toe te voegen aan de ontkleurde oplossing. Blijft de oplossing dan kleurloos, dan was het jood gereduceerd. De oplossing zou dan opnieuw kleur moeten krijgen door het toevoegen van wat joodoplossing. Deze controle is niet gedaan, dus aan deze test zou ik dus maar niet teveel waarde hechten.

Vanaf vandaag zijn de Scheikundejongens te volgen op Twitter. We zullen daar vooral melden wanneer er een nieuwe blogentry is verschenen, maar ook wat voor Scheikundejongens-gerelateerde ongein we uithalen. Ook zullen we groot nieuws aankondigen. Natuurlijk alles scheikunde-gerelateerd.

Jullie kunnen ons vinden @SJs_nl. Volg ons vooral als je niks wil missen.

Last period I had a course about development of knowledge systems for which I had to do weekly (and quite large) assignments. The assignments were more suited for information science majors and therefore easier on the technical side. So I found this a good opportunity to invest some time in learning some more LaTeX by doing (most of) the exercises in LaTeX.

Anyway, one of the problems I had while working with LaTeX was the lack of larger examples. The documentation for LaTeX and the packages I used was pretty good most of the times, but larger examples still help a lot when you're just starting out. So hoping some people will get use out of it, I've uploaded the sources of my solutions to the exercises. (Of course these solutions are not 100% correct.)


Some of the packages I used were amsmath and amssymb. These really helped a lot to do the proofs. (Some documentation can be found here and here.)

For Assignment 2 I also learned to use graphviz to draw my graphs. So some example DOT files are included in the extras. (The guide I used was here.)


I split the assignments into the original problem description (the part I had to deliver was the hand-in part), the LaTeX source and other sources such as pictures, the final outputted PDF and possibly additional sources such as the solutions in the tools.


Assignment 1 (Logic):
Problem description | LaTeX + other source files | Outputted PDF | Extra files
(Extra files include the python files I used and edited to generate the truth tables in LaTeX, thanks to midorikid)


Assignment 2 (CLIPS):
Problem description | LaTeX + other source files | Outputted PDF | Extra files | CLIPS
(Extra files include the DOT files I used for graphviz, Microsoft Visio Drawing of the family tree and the CLIPS files I made.)

Assignment 3 (Protégé):
This was not done in LaTeX because I did not have access to my own computer. If you're interested, tell me, and I'll find the sources from Protégé and Microsoft Word anyway.

Assignment 4 (Hugin/Probability Theory):
Problem description | LaTeX + other source files | Outputted PDF | Extra files | Hugin
(Extra files include the multiple probabilistic networks.)

Assignment 5 (Fuzzy Logic/Systems):
Problem description | LaTeX + other source files | Outputted PDF | Extra files
(Extra files include the Maple 13 file to model the functions.)

Wat ik me eigenlijk pas vrij laat realiseerde, is hoe kennis stroomt. Ik lees wel eens een boek en daar leer ik dan uit. Misschien klinkt de vraag wat suffig en lijkt het antwoord voor de hand te liggen, maar toch wist ik een hele tijd niet hoeveel gedoe het is voordat we iets tot ‘waar’ bestempelen.

Alles wat ik ooit over (bijvoorbeeld) scheikunde weet, heeft iemand ooit uitgezocht en opgeschreven. Dat is weer door anderen gelezen, misschien eens vertaald en nog een keer opgeschreven. Weer iemand anders… enzovoorts. Nu is het mooie aan natuurwetenschappen (scheikunde, biologie en natuurkunde, maar ook paleontologie, aardwetenschappen en sterrenkunde) en wiskunde, dat het niet uit maakt hoe de vertaling plaatsvindt. Je kan zeggen dat onze kennis over de natuur robuust is. Er is nou nooit (of in ieder geval extreem weinig) gebakkelei over wat een ander-talige auteur nou precies bedoelde. In de literatuurwetenschappen is dat praktisch een van de hoofdvragen.

Onze taal is de wiskunde. Hoe we dat weten? Ik denk niet dat daar een antwoord op is. Het is een beetje als het kip en het ei. Zijn natuur en wiskunde hetzelfde en heeft de mens alleen maar op hoeven letten om achter de wiskunde te komen, of heeft de mens de wiskunde uitgevonden en is dat de reden waarom we sommige dingen niet kunnen bewijzen? Voor deze levensvragen wijs ik jullie door naar de Wiskundemeisjes. Ik weet dat Jeanine een masters degree heeft in de filosofie van de wiskunde.

Wat voor ons interessant is, is dat wij regels hebben om de natuur te beschrijven. Die regels zijn niet in een natuurlijke taal, zoals Nederlands, Engels of Duits, maar in de fantastische taal, de wiskunde. En dit is de reden waarom de natuurwetenschappen (samen met wiskunde) ‘De Exacte Wetenschappen’ worden genoemd. Geen gezeur over wat er bedoelt wordt. Het is zo, of niet.

Volgende keer vertel ik over wanneer en waarom we iets ‘waar’ noemen en hoe groot de korrel zout is die we er bij nemen.

In de vorige post schreven we al dat er afgelopen jaarwisseling zo’n 65 miljoen euro aan vuurwerk de lucht in is gegaan. Voor economen is dat natuurlijk allemaal leuk en aardig, maar wat ik als chemicus veel interessanter vind, is hoe al dat siervuurwerk aan haar prachtige kleurtjes komt. De theorie hierachter is niet heel ingewikkeld.

Voor de kleuren in siervuurwerk zijn in feite drie stoffen belangrijk: een brandstof, een oxidator (door mijn scheikundedocent altijd “zuurstofleverancier” genoemd) en de kleurstof zelf. De kleurstof is geen organisch molecuul, maar meestal een anorganisch zout zoals strontiumnitraat, bariumchloride of koper(II)chloride. Wanneer de brandstof wordt verbrand, wordt de temperatuur hoog genoeg om het zout in de gasfase te brengen. In de gasfase komt het zout niet langer voor als ionen, maar is het grotendeels uiteengevallen in losse ongeladen atomen. In feite is dit een soort redoxchemie. Bijvoorbeeld voor bariumchloride:

Ba²⁺ + 2e^- ⇌ Ba (g)
2 Cl^- ⇌ 2 Cl• (g) + 2 e^-

De losse bariumatomen zorgen voor de kleur van de vlam. Door de enorm hoge temperatuur komt een elektron van het bariumatoom zo nu en dan in een hogere energietoestand terecht (ook wel aangeslagen toestand genoemd). Wanneer het elektron weer terugkeert naar de grondtoestand, wordt het verschil in energie uitgezonden in de vorm van een foton: we zien licht! Dit effect is overigens exact het principe achter de vlamkleurproefjes die je op de middelbare school misschien wel eens hebt gedaan.

Vlamkleuren zijn niet alleen erg mooi, ze worden in de praktijk ook voor analyse gebruikt. Met atomaire-emissiespectroscopie (AES) kun je de aanwezigheid en concentraties van vele elementen bepalen door nauwkeurig naar de emissies van de atomen in een vlam te kijken. Nauw verwant hieraan is atomaire-absorptiespectroscopie (AAS), waarbij je niet kijkt naar de emissie van licht van atomen in de vlam, maar juist naar de absorptie ervan.

Tot slot vond ik nog deze mooie demonstratie van de vlamkleuren van verschillende zouten op de JijBuis:

Hèhè, daar zijn we dan weer. 2010. Wel even wennen hoor. Iedereen genoten van de 65 miljoen euro aan pyrotechnische meuk die we verbrand hebben?

Waar ik me al een tijdje over verwonder — maar gelukkig is dat nu weer eventjes voorbij — is dat er zoveel journalisten en andere schrijvers lijstjes maken. Elk jaar opnieuw en elk jaar dezelfde andere lijstjes. Wat me afgelopen oudjaar opviel is dat iedere lijstjesmaker zijn proza begint met op te merken dat er zoveel lijstjesmakers zijn. Iets met een pot en een ketel. En zwart zien.

Op oudejaarsavond vroeg een mede-feestganger mij of ik nog goede voornemens had. Natuurlijk heb ik die. Sterker nog, ze zijn ieder jaar hetzelfde.

Maar dit jaar heb ik een speciaal voornemen.

Lieve kranten- en magazineredacteuren, met liefde zou ik voor jullie uitgave een maandelijks of wekelijkse column schrijven over de misstanden in en het opvallend nieuws over échte scheikunde. Deze weblog is mijn portfolio en mijn drijfveer is mijn liefde voor wetenschap en de Nederlandse taal.

Lieve lezers, ik wens jullie namens alle andere Scheikundejongens, een fantastisch nieuw decennium vol Nerderigheid.

Een paar dagen geleden las in in het NRC next dat een journalist op zoek was naar een benaming voor ons decennium. Na de roaring twenties en de swinging sixties moet de jaren nul ook een naam. Na een veel te lange overweging komt je journalist eindelijk tot zijn punt: dit waren de jaren van de Nerd.

Heil ons, Nerds, waar wij zijn de typerenden en de toonzetters. Wij hebben de toekomst in deze verstreken tien jaar. Wij hebben de kennis en de macht en wij zijn het gezicht. Wij Nerds gebruikten het Internet zoals niemand; wij houden van gadgets en wij zetten de trend.

Met liefde houd ik een lange verhandeling over waarom wij de visionairs zijn van onze tijd. Ik zou ook graag ingaan op de betekenis van het woord ‘nerd’ en wat ons nerds onderscheid van geeks. Maar wat is er nou zaliger dan walgen van andermans ge-nerd, maar je stiekem meer met hen verbonden voelen dan met wat dan ook?

Misschien dat ik later over bovenstaande verschijnselen schrijf. Ik laat jullie graag een goed idee zien. Als ik later een eigen lab heb, dan wil ik ook een kerstboom waarin iedereen zijn favoriete molecuul kan hangen.

Liefs, een zalig kerstfeest en een gezond nieuw jaar,

De Scheikundejongens

ps. Wij houden ook kerstvakantie. 4 Januari zal de eerste SJs van 2010 verschijnen.

With the whole of the Netherlands covered in snow, the traffic is completely jammed. But that didn’t bother my flatmates and me, because we stayed home all day. In the afternoon we rolled the biggest snowball in the street; at the end it reached a meter in diameter and it took three of us to push it around. We guessed it weighed approximately 250 kg at that point.

While dinner was cooking I went outside again to take some pictures.

Our giant snowball. At the end it took 3 people to push it around.
In the background is the orange-lit road.		Looking up at the snowy foliage. Some stars are visible in the sky.

Een maand geleden schreven we over Liesegang ringen. Toen beloofden we om het maken van deze ringen zelf ook uit te proberen. Dat hebben we diezelfde dag nog gedaan, maar de eerste ringen waren pas begin deze week zichtbaar: diffusie is super traag. Super sorry.

Onze ingrediënten:

Dit is het recept dat wij gevolgd hebben:

• Doe 1.5 g gelatine en 2.5 g cobalt(II)chloride hexahydraat in een 100 mL bekerglas.
• Voeg 50 mL water toe.
• Roer en verwarm tot alles is opgelost.
• Giet de oplossing, terwijl deze nog warm is, over in een lange buis. Een reageerbuis is een goede optie.
• Dek de oplossing af en laat de gel rustig afkoelen totdat deze mooi stevig is en niet meer vloeit.
• Breng 1 mL geconcentreerde ammonia bovenop de gel
• Sluit het mengsel goed af, zodat het water en de ammonia niet verdampen.
• Laat de buis rustig staan.

Hieronder zie je onze mooie lichtrode gel voordat we de ammonia toevoegden.

Na het toevoegen van de ammonia zagen we al snel een mooie groenblauwe neerslag, maar voor lange tijd zagen we geen ringen ontstaan. Totdat we begin deze week dus het volgende zagen. Hadden wij even mazzel dat we zo’n lange buis hebben gebruikt!

In onderstaande afbeelding zie je de ringen een stuk duidelijker. Tussen de ringen is de oplossing volledig helder en lijkt deze ook kleurloos te zijn. We zullen het experiment nog een tijd laten doorlopen, dus als we nog spectaculaire dingen zien, zullen we dat zeker laten weten.

Voor degenen die dit zelf willen gaan uitvoeren, lijkt het handig om eens te proberen om een stuk minder ammonia toe te voegen, bijvoorbeeld slechts 0.2 mL. We hopen/denken/verwachten dat de Liesegang ringen dan eerder zichtbaar zullen zijn. Dat zou mooi zijn, want een maand is wel een erg lange duur voor een vrijdagmiddagexperiment.

Tot slot werden we er op gewezen dat er 14 december een artikel is verschenen over het ontstaan van Liesegang ringen in dispersies van nanodeeltjes met tegengestelde ladingen (UU studenten: PDF hier). Gaaf om te lezen dat er nog steeds onderzoek naar dit fenomeen wordt gedaan.  Daniela, bedankt voor de tip!

De Wiskundemeisjes hadden het gister al over Newton. Maar er is meer. Dit is wel zulk gaaf nieuws, dit kán ik jullie niet onthouden. Het is stiekem keiharde natuurkunde, maar zo spannend dat iedere bèta dit opwindt.

Ik weet het precieze er nog niet van, maar een Nederlandse theoretisch fysicus schijnt een afleiding te hebben gegeven waaruit de zwaartekracht volgt. We hebben het over prof. dr. Erik Verlinde (de identieke tweelingbroer van Herman). M’n prof wist direct een aantal anakdotes uit z’n mouw te schudden. We hebben het namelijk over een Utrecht alumnus (gepromoveerd bij onze Nobelprijswinnaar Van’t Hooft) die nu aan de UvA werkt. Hij doet daar onderzoek naar een mooie unificatietheorie voor de kwantumtheorie en de algemene relativiteitstheorie.

Zoals de Volkskrant (edit: volledige artikel) zaterdag al zo mooi schreef: “In zijn theorie leidt Verlinde op een relatief eenvoudige manier de klassieke wetten van Newton af, als een natuurlijke aantrekking tussen massa’s”. Wat ik nu zo eng vind is het woord ‘eenvoudige’. Nu kun je er donderop tegen zeggen dat dit een doorbraak (met bijbehorende Nobelprijs) wordt.

Zwaartekracht is de zwakste kracht die we kennen en over enorm grote afstanden nog voelbaar. We kunnen met ons kleine lichaam best tegen de kracht van de aarde in werken, terwijl de massa van de aarde gigantisch is. <vul hier je favoriete zwaartekrachtweetje in>

Ik heb begrepen dat volgens Verlindes theorie, er met wat (quantummechanische) aannames en wat statistiek de zwaartekracht niet zo heel lastig af te leiden is. In zijn theorie bestaat zwaartekracht door een verschil in concentratie van de informatie in vacuüm tussen twee massa’s en de omgeving. Ik las zelfs dat zwaartekracht vergelijkbaar is met druk, in de zin dat het niet goed op gaat op kleine schaal. Één molecuul heeft geen druk, maar een kist vol wel. Zo gaat het ook met zwaartekracht. Wat Verlinde precies met deze metafoor bedoelde, begrijp ik niet helemaal, maar ik krijg wel een goed idee. Als iemand me dit kan uitleggen, of een linkje kan sturen naar een fatsoenlijke site, zou ik erg dankbaar zijn.

Als nu ook nog iemand uitlegt waar massa vandaan komt, zijn we klaar.

In december 2005 hebben een aantal biologiestudenten van de Harvard universiteit een artistic impression gemaakt over het leven van een cel. De cel is wat wij noemen, de kleinste eenheid van leven. Eerlijk is eerlijk, alleen de kleuren kloppen niet, maar verder vind ik niks artistieks aan de animatie. Levensecht.

Dit filmpje is wat valt onder de categorie ‘goud van oud’ en zeker de moeite om af en toe eens te bekijken. Als je in je biologieklas zit, vraag je docent eens alle processen die langskomen op te noemen. In de YouTube versie hieronder staan ze opgesomt, maar als je op deze link klikt, zie je een versie met meer resolutie en zonder de procesnamen. Hier staat de originele versie, verschillende resoluties, zonder muziek en met docerende mannenstem.

Alle biochemici en biofysici smullen van dit soort kunst.

Vandaag nam de Midwinter Fair 2009 plaats in het Archeon in Alphen aan den Rijn. Muziek, dans, markt, vechtshows, ambachten, lezingen en speltoernooien kwamen bijeen op deze zeer succesvolle en gezellige dag. Beter weer hadden de bezoekers zich niet kunnen wensen: winters koud, blauwe lucht en prachtige zonsopkomst en -ondergang.

Erica van Brenk, Lies Sommer en Marco van Asperen van de folkband Orfeo.	Lies Sommer bespeelt de draailier; in de achtergrond Marco van Asperen op de gitaar.	Paul van de folkband Orfeo op de contrabas.	Er werd flink gedanst in de kloosterzaal van het Archeon.
Eén van de vele marktkraampjes.	Modellen in het zwart en wit tonen graag hun mooie kleding.	Laag, warm zonlicht valt op de muren van deze schuur.	Tussen de huizen in één van de straten in het Archeon.
Verkoop van stenen in een winkeltje.		Vuurspuwers zorgen voor een spetterende vuurshow.	Vuurspuwers zorgen voor een spetterende vuurshow.
Met brandende pijlen werd getracht een haard aan te steken.	De haard vat vlam en vuurpijlen schieten omhoog.	Eén van de winkeltjes.	Het verlichte klooster bij het vallen van de avond.
Macaél van de Keltische folkband Rapalje.	Dieb en William van de Keltische folkband Rapalje.	William van de Keltische folkband Rapalje.

Praktisch iedereen die scheikunde leuk vindt, houdt van kleurtjes en proefjes. Omdat er zoveel van onze bezoekers op zoek zijn naar kristallen, gaan we in deze tweedelige serie het hebben over kristallen. Dit is de gaafste soort doe-het-jezelf-kristallisatie die ik ken. De ‘chemische tuin’.

In deze serie van twee zullen we eerst vertellen hoe je zelf een chemische tuin kan maken. Later wat we weten en wat we vooral nog niet weten over de (fysische) chemie van een chemische tuin. We zullen hier vertellen hoe je aan de materialen komt en een (lange) opsomming maken van chemicaliën die je wel en beter niet kunt gebruiken.

Benodigdheden

1. Aquarium
   Natuurlijk wil je je tuin ergens in kwijt. Je kunt een aquarium van een liter gebruiken, maar natuurlijk ook van 60 L. Let op dat als je een groot aquarium gebruikt, je ook veel waterglas nodig zal hebben om het op te vullen.
2. Waterglas
   Waterglas is een oplossing van natriumsilicaat in water en dus een kleurloze en visceuze vloeistof. De stof is een sterke base, dus reageert heftig met zuren en is corrosief ten opzichte van o.a. aluminium en zink. Irriterend voor de ogen, de huid en ademhalingsorganen, dus draag een bril en let op je hygiëne.
3. Gedestilleerd water (‘demiwater’)
   Dit kun je meestal wel kopen bij een doe-het-zelf-winkel. Dit is heel zuiver water, dus met minder zouten erin opgelost dan in kraanwater.
4. (Zilver)zand (optioneel)
   Spoel het zand een aantal keren met water om eventuele verontreinigingen uit te wassen en laat het daarna een paar dagen drogen.

Chemicaliën

• IJzer(III)chloride: FeCl₃
  Bruingele hygroscopische kristallen of amorfe brokken. De oplossing in water is een matig sterk zuur en tast vele metalen aan onder vorming van waterstofgas. Veroorzaakt brandwonden! Luchtdichte verpakking toepassen. IJzer(III)chloride wordt o.a. gebruikt als etsmiddel voor printplaten. Veiligheidsbril.
• Calciumchloride: CaCl₂
  Witte sterk hygroscopische kristallen, tast vele metalen en andere bouwmaterialen aan. Kan huidirritatie veroorzaken. Schadelijk bij inslikken en inademen. De watervrije vorm (zonder kristalwater) is te koop als ‘vochtvreter’.
• IJzer(II)sulfaat: FeSO₄.7H₂O
  Lichtgroene kristallen. De oplossing in water is een matig sterk zuur. Oxideert met zuurstof uit de lucht tot bruin ijzer(III)sulfaat.
• Kobaltchloride: CoCl₂.6H₂O
  Donkerrode kristallen, werken irriterend op de ogen, huid en ademhalingsorganen. Blootstelling vermijden. Kan kanker veroorzaken bij inademing.
• Koper(II)chloride: CuCl₂
  Lichtgroene hygroscopische kristallen. De stof irriteert de ogen, de ademhalingswegen en de huid. Schadelijk bij opname door de mond.
• Kopersulfaat: CuSO₄.5H₂O
  Helderblauwe kristallen of lichtblauw poeder. Schadelijk bij opname door de mond, irriterend voor ogen en huid. Watervrij kopersulfaat is wit gekleurd.
• Nikkelnitraat: Ni(NO₃)₂.6H₂O
  Blauwgroene kristallen, ontleden bij verhitting boven 200°C in o.a. stikstofoxiden en zuurstof wat brandbevorderend werkt. Schadelijk bij opname door de mond, mogelijk carcinogeen.

Uitvoering

Gebruik tijdens de uitvoering van dit experiment handschoenen en zet een (veiligheids)bril op. Voer dit experiment uit in het bijzijn van iemand die er verstand van heeft, zoals je docent scheikunde, omdat de chemicaliën die je gebruikt, vaak kankerverwekkend kunnen zijn.

Als je een zandlaag onderin je tuin wil, moet je dat eerst gewassen hebben. Klinkt raar, maar wel nodig. Let op dat er geen zand mag rondwervelen in de waterglas oplossing, dus wacht totdat alles is bezonken.

Verdun 250 ml waterglas met gedestilleerd water tot 750 mL, dus 1 deel waterglas op 2 delen water. Roer totdat de oplossing volkomen homogeen is. Het soortelijk gewicht na verdunnen is ongeveer 1.2 g/mL.

Als je alles klaar hebt staan, voeg je brokken zout toe. Het is belangrijk dat je geen poedervormig zout toevoegt, omdat dit geen fancy effecten geeft. Zoek dus mooie brokjes uit die tussen de 2-10 mm groot zijn.

Met dank voor de beschrijving van de chemicaliën en de afbeelding aan Experimenten Online!

Roughly a week ago I joined Julian, Muharem and Michael, working on the Soyuz component of Launchpad. For now I've been working on easy Soyuz bugs, as a way of becoming more familiar with the internals. I'm working from home but I had the chance to hang out with some of the other Launchpad developers, including the full Soyuz team, at UDS Lucid in Dallas.

Launchpad is different from most other FOSS projects I have worked on so far. Some things I noticed during my first week:

The codebase is big and well tied together. I don't think I've ever used grep and ctags as often as I have in the last week. Fortunately, the directory structure makes it relatively easy to predict where to look for things.

Reviews are really quick - no long round-trips between author and reviewer trying to get a branch landed. This is a really *really* great thing.

It's easy to find somebody familiar with a particular piece of code and it doesn't take long to get an answer when you ask questions. I'm still getting used to this - I tend to ask questions sporadically because I have gotten used to having to wait a couple of days for an answer that's actually useful.

Setting up the development environment takes some time. Or perhaps I'm spoiled by Bazaar where "bzr branch lp:bzr bzr &&amp; ./bzr/bzr selftest" is all you need to start hacking. And it seems like karmic is the only platform on which things work - I tried with Debian Sid and Lucid as well, but things broke in strange and unusual ways.

The test suite is heavy and takes long to start up, something that makes proper TDD too hard. I also managed to run into some unexplainable problems where the librarian wouldn't shut down on one of my systems. Since there is only one instance of the database it is not really possible to run multiple instances of the testsuite at the same time unless you use chroots or something like that - this makes it hard to work on multiple branches at the same time, something which would especially be nice since the testsuite is slow (so you can run the testsuite in one branch, hack in another and alterate).

Doctests, while fast, a bit of a nuisance. Because of the setup/teardown overhead that is paid for every single test, doc tests are a lot faster than unit tests. On the other hand, pdb doesn't play well with doc tests - it doesn't show any context. Conceptually I also prefer small unit tests over doc tests, since they're quicker to read, easier to understand and there's less side-effects from previous instructions in the test that could affect the code that's being tested.

And for those that know me well; yes, getting used to somewhat regular working hours was indeed a challenge, but I seem to have managed.

In de eerste week van december komt het leven in Oxford steeds meer tot stilstand. De terms, de onderwijsperioden met de namen Michaelmas, Hilary en Trinity, zijn slechts acht weken lang en in de achtste week loopt het meeste dan ook op z’n eind. De meeste undergraduates (bachelorstudenten) moeten in de vakanties hun kamer verlaten en gaan in het weekend na eighth week al weg. De eetzaal van het college sluit eveneens, bibliotheken zijn minder lang open en de meeste studentenactiviteiten komen tot stilstand. Maar niet voor de graduate-studenten! Veel promovendi werken nog door en ook de MPhil Economics gaat een weekje langer door met colleges…

Gelukkig gaat het deze week allemaal wel op een iets lagere snelheid dan normaal. Deze week heb ik slechts drie dagen college in plaats van iedere dag en bovendien zijn er veel feestjes en andere festiviteiten. Dinsdag vond het MCR kerstdiner plaats, in de Balliol Hall en dit was een groots festijn, geheel in de Britse traditie. De tafels in de College Hall waren prachtig gedekt met Christmas crackers, een klein kerstcadeautje voor iedereen (waarover later meer). De wijn moesten we zelf meenemen, maar voor het eten werd gezorgd. De kalkoen met stuffing mocht natuurlijk niet ontbreken.

Christmas crackers tijdens het diner

Kalkoen met stuffing (opgerold in een balletje)

Maar lang niet alle aandacht ging uit naar de Christmas crackers, het eten of de wijn. In het cadeaudoosje zaten een aantal feestartikelen: party poppers, een feestfluitje, maar de meeste aandacht trok toch wel de fluitende ballonnen. De bedoeling was simpel: deze zoveel mogelijk opblazen en vervolgens loslaten in de Hall. Dit had als resultaat dat er op een gegeven moment door de hele Hall ballonnen vlogen, als een soort van vliegende slangen. Sommige wisten het plafond te bereiken, terwijl anderen de weg vonden naar iemand anders gezicht. Het leverde toch wel een vrij ‘magisch’ geheel op, in een toch al magische eetzaal. Het volgende filmpje geeft wel een idee van de hele situatie:

Het was al met al toch een mooie vrolijke boel. Na het dessert (een piramide van chocolade met binnenin hazelnootachtige crème brûlée-vulling) vond er in Holywell Manor nog een afterparty plaats, met port en chocolade. Ook werd er nog een klein toneelstukje opgevoerd, waarin de Dean en de Master van het College op de hak werden genomen.

Het nagerecht

Shakira in de Oxford Union

Het kerstdiner was niet het enige evenement deze week. Een ander evenement waar een groot gedeelte van de mannen in Oxford naar uitkeken was de komst van Shakira naar de Oxford Union. Een aantal studenten van de MPhil Economics hebben zelfs geprobeerd een hoorcollege verplaatst te krijgen, zodat ze alvast eerder in de rij konden staan (en queuing is serious business hier in Engeland!). Zelf heb ik niet bijzonder veel met Shakira, maar ben wel met een aantal Shakira-fanboys meegegaan. Maar veel bijzonders had Shakira niet te vertellen, behalve dan dat onderwijs belangrijk was voor iedereen en een investering waard is. Alsof je dat in Oxford moet gaan vertellen. Ik kreeg de indruk dat veel studenten haar dan ook niet al te serieus namen, zeker toen ze verklaarde zelf armoede mee te hebben gemaakt toen ze ooit terugkwam van vakantie in Los Angeles en vanwege haar ouders’ faillissement de kleurentelevisie vervangen was door een kleine zwart-wit-televisie. Ook toen ze verklaarde met charity begonnen te zijn toen ze acht jaar oud was, konden we nauwelijks ons lachen inhouden.

Shakira van bovenaf

De laatste week

En zo komt alweer bijna een einde aan de laatste week van Michaelmas hier in Oxford. Gisteren zijn we nog uit eten geweest met een grote groep economiestudenten en waarschijnlijk gaan we vrijdag nog stappen met een groepje. Dinsdag 15 december maak ik dan eindelijk weer de grote oversteek (met de Eurostar dit keer) en ben ik weer een maandje in Nederland. Tot dan!!

Afgelopen weekend was ik al even kort in Nederland om Femkes verjaardag en sinterklaas te vieren…

…in een onbekend en ver weg gelegen stukje Nederland…

Laatst schreef ik over een artikel op NU.nl onnodig ongenuanceerd richting de wetenschappers over wie het artikel ging en niet ongenuanceerd genoeg over NU.nl.

Eerst wil ik opmerken dat ik niet weet of NU.nl het artikel met of zonder toestemming heeft overgenomen van Eddy Echternach. Hij schreef op allesoversterrenkunde.nl over het onderzoek dat leidde tot het artikel in het wetenschappelijke tijdschrift “Geochimica et Cosmochimica Acta” dat heet “Origins of magnetite nanocrystals in Martian meteorite ALH84001.” De nieuwsredacteur bij NU.nl verwijst slecht naar zijn bron en heeft zelfs slecht ge-copy-pasta’ed.

Ik heb commentaar gekregen over mijn opmerking: “De laatste keer dat ik iets over atomen hoorde, waren ze allemaal nog chemisch.” Wat ik hiermee bedoel is dat alles chemisch is en dat er niet een onderscheid is tussen natuurlijke atomen (of kristalstructuren) en chemische. De oorsprong kan natuurlijk zijn (al dan niet biologisch) of synthetisch (door mensen gemaakt in een lab, door de natuurwetten te gebruiken). Meer smaken zijn er niet.

Tot slot wil ik terugkomen op de afbeelding die bij elke berichtgeving wordt gegeven. In het originele artikel uit “Geochimica et Cosmochimica Acta” wordt er gesproken over TEM afbeeldingen. Mijn vraag aan iedereen die hierover schrijft: hebben jullie enig idee wat deze afbeelding voorstelt? Ik heb geen rechten om het originele artikel te downloaden (en betalen gaat me wat ver). Wat is dit? Waarom plaatst iedereen hetzelfde plaatje maar geeft niemand uitleg?

In de introductie (`abstract’) van het artikel staat niks over elektronenmicroscopie. Toch weten wetenschapsjournalisten me te vertellen dat er TEM tomografie werd gebruikt ter analyse. De samples worden dan gekanteld waardoor met geavanceerde computersoftware een drie-dimensionaal effect ontstaat. Op dit filmpje zie je een tomografie-opname (van mesoporous KIT-6, maar dat doet er nu niet toe) door middel van TEM.

In de afbeelding boven zie ik niet wat er aan de hand is. Het is geen TEM afbeelding denk ik, maar SEM. Ter vergelijking, twee typische voorbeelden van een TEM en een SEM afbeelding. Links een SEM afbeelding van een afgebroken stuk bainitic (een staalsoort). Rechts een TEM afbeelding van cluster van ijzeroxide nanodeeltjes. Zie je dat er bij SEM een drie-dimensionaal effect is en bij TEM (met de T van transmissie) niet? Wat is er nou afgebeeld?

Gezien op GeekDad, periodieke cubcakes:

Het nieuwste nanogerucht, vers van de pers: het Nieuwe Influenza A (H1N1) virus (voormalig ‘De Mexicaanse Griep‘) wordt door veel overheden, waaronder zowel de Amerikaanse als de Nederlandse, gebruikt om het volk te temmen.

Er is niks gevaarlijks aan het virus, maar toch wil de overheid dat iedereen ingeënt wordt. Waarom? In het vaccin zitten nanobots.

Hoe hype is deez?

Afgelopen donderdag deed NU.nl verslag van het volgende nieuws:

Dit is wat er op Wikipedia is geschreven over meteorieten:

Een meteoriet is het deel van een meteoroïde dat op de aarde inslaat na vanuit de ruimte door de atmosfeer te zijn gevallen. Tijdens de tocht door de dampkring wordt het materiaal sterk afgeremd en zeer heet; dit kan als een meteoor te zien zijn. In wezen is een meteoriet puin uit de ruimte.

Het woorden ‘restanten’ en ‘van leven’ in ‘fossiele restanten van leven’ zijn wat overbodig, omdat fossiel ‘restanten of afdrukken van organismen in steen’ betekent. Kommaneukerij.

Er is dus een stukje van Mars op aarde gevonden. De onderzoekers claimen (volgens NU.nl) dat ze daarin tekenen van voormalig leven hebben gevonden. Lijkt mij interessant. Het artikel gaat verder:

Wat voor twijfel? Waarom twijfelen wij? Ik krijg wat jeuk van ‘indirecte aanwijzingen’. Wat is er trouwens afgebeeld? Het is zwart-wit en vertoont diepte, dus ik gok SEM, maar wat zien we? We lezen door, het wordt zo interessant.

De microscoop is de afgelopen 13 jaar verbeterd. Jeetje.

Magnetiet is een bepaalde kristalstructuur van ijzeroxide (Fe₃O₄ in dit geval). Niet heel speciaal. Het komt veel voor, vooral in gesteentes die ‘onlangs’ onder het aardoppervlak vandaan komen. Het is daar erg warm. Wat ook warm is, is een meteoroïde die onze dampkring passeert. Toeval? Magnetiet is een ferromagneet, dus altijd magnetisch.

Natuurlijk vertonen ze overeenkomsten want als het magnetiet is, is het magnetiet. Kan iemand me uitleggen wat een ‘chemische oorsprong’ is? Komt daar altijd een chemicus bij aan te pas, of mag ook een fysicus de synthese gedaan hebben? Of wilde de (anonieme) (wetenschaps?)journalist niet de term ‘natuurlijke oorspong’ gebruiken? Snap ik, want wat is nou ‘chemisch’? De laatste keer dat ik iets over atomen hoorde, waren ze allemaal nog chemisch.

Het understatement van het jaar: ‘geen spijkerhard bewijs’. Ik zie inderdaad niet zo goed waarom je uit overeenkomsten in zuiverheid en kristalstructuren, het opeens over een biologische oorsprong kan hebben.

Tot slot stond er vrijdag nog een extra slotzin in dit artikel: “Hun bevindingen zullen verschijnen in het novembernummer van het tijdschrift”. De rest van het artikel is onveranderd hierboven weergegeven, dus geen idee over welk tijdschrift ze het hebben.

Les: willen de journalisten die artikelen in wetenschappelijke secties schrijven beter op hun taalgebruik letten? Niet-chemici zullen het wel wat mierenneukerig vinden, maar ik vind het wat vervelend. Ook mogen ze wel wat netter om gaan met bronnen.

Met dank aan Rob voor de tip.

Want als je een ingewikkeld concept uit wil leggen, gebruik je honden?

Via Boing Boing

De afstand tussen Utrecht en Oxford is eigenlijk helemaal niet zo groot. Hemelsbreed is de afstand zo’n 440 km. Alleen maakt het stukje zee tussen Nederland en Engeland de reis lang. Vorig weekend heb ik voor de eerste keer in acht weken de grote oversteek gemaakt: na zo’n 4,5 uur reizen vanaf Oxford stond ik vrijdagavond opeens weer op de Neude in Utrecht!

Terwijl Engeland inmiddels alweer in een kerststemming te vinden is, is Nederland (nog) één en al Sinterklaas. Het bood me direct de kans om wat pepernoten te kopen, die inmiddels gretig aftrek vinden bij m’n medestudiegenoten… Fietsen aan de rechterkant was wel weer even wennen, maar voor de rest voelde eigenlijk alles wel vertrouwd.

Aangezien ik afgelopen maandag jarig was, bood het direct ook een kans m’n verjaardag met familie in Utrecht te vieren. Op zondagavond ben ik vervolgens weer met de Eurostar teruggegaan naar Oxford; wat op zich een lange reis is, maar wel een stuk comfortabeler dan het vliegtuig.

In Oxford heb ik vervolgens m’n verjaardag nog twee keer gevierd: op de dag zelf met wat volleybalteamgenoten en de dag daarna heb ik nog een klein feestje gegeven voor studiegenoten en mede College-studenten. Iedere dinsdag wordt er in de Balliol dining hall een formeel diner gegeven, waarvoor je je als student mee kunt doen. We hebben hier in ieder geval lekker gegeten: onder andere zalm met tapenade en aardappeltjes met aubergine en basilicumpesto. Van mijn studiegenoten heb ik nog een toepasselijke Oxford-trui gekregen, met daarop een toepasselijke cartoon:

“Staring at the ceiling, she asked me what I was thinking about.”

“I should have made something up.”

“The Real Business Cycle model makes terrible pillow talk.”

Balliol formal dinner.

Twee weken eerder is Femke nog op bezoek geweest, en hebben we samen de toerist in Oxford uitgehangen. Bezoeken aan verschillende colleges mochten natuurlijk niet ontbreken! Daarnaast hebben we ook nog even een dagje Londen gedaan en onder andere de kerstafdeling van Harrods bezocht. Een aantal foto’s:

Femke en ik bij Christ Church, een van de meest elitaire Colleges van Oxford (traditioneel gezien veel studenten van adellijke afkomst).

De eetzaal van Christ Church, waar onder andere ook Harry Potter is opgenomen.

Londen at night

Bepaalde video’s zijn erg bekend bij bepaalde typen scheikundigen. Hier drie voorbeelden van bedrijven die muziekvideo’s maken om hun producten meer bekendheid te geven. Jaja, keiharde reclame.

The PCR song

GTCA

Automatisch pipetteren met epMotion

Dank jullie wel voor de tip, Miriam & Inger